Tet雙加氧酶介導的DNA氧化去甲基化

2020-12-01 科學網

 

DNA甲基化作為一種重要的表觀遺傳修飾,在生物體內發揮著舉足輕重的功能。在哺乳動物中,DNA甲基化主要以5mC(胞嘧啶第5位碳原子的甲基化)的形式存在於CpG雙核苷酸位點。5mC廣泛分布於轉座子以及重複序列中,幫助維持基因組的穩定性。同時5mC還參與多種生物學功能,基因調控、遺傳印記、X染色體失活以及胚胎發育等都受到DNA的甲基化調控。DNA甲基化的異常可能會引起癌症等一系列人類疾病。

DNA甲基化的重要功能表明其必然受到了精確的調控,也暗示DNA的甲基化譜式並不是一成不變的。在小鼠胚胎發育過程中,DNA甲基化譜式會出現兩次大規模的重編程。在原始生殖細胞期,全基因組包括印記基因在內的大部分基因都發生去甲基化,並很快被重新甲基化推動雌雄配子發生。另一次的DNA去甲基化發生在受精到著床前的早期胚胎發育階段,受精卵內的雌雄原核分別發生DNA去甲基化。DNA去甲基化還會在特定時期發生在基因組特定的位點,參與調控局部的基因表達。

在哺乳動物中,DNA的甲基化主要由DNMT蛋白家族催化完成。其中DNMT3a/3b主要負責起始性DNA甲基化,而DNMT1則主要負責在DNA複製過程中甲基化狀態的維持。DNA的去甲基化可以分為主動去甲基化與被動去甲基化。當DNMT1表達被下調或不具有活性的時候,DNA的甲基化隨著其複製被逐步稀釋的過程被稱為被動去甲基化。而科學家們更專注於研究DNA主動去甲基化的機制。隨著2009年Tet雙加氧酶家族的發現,DNA主動去甲基化的研究也取得了重要進展。

由上海生化細胞所徐國良研究員與華東師範大學的翁傑敏教授共同撰寫的綜述文章「Oxidative DNA demethylation mediated by Tet enzymes」從多個角度歸納總結了近年來關於Tet介導的DNA氧化去甲基化的作用機理,並總結了其在小鼠胚胎發育過程中所發揮的重要作用。該文於發表在National Science Review(NSR)(《國家科學評論》)2015年第3期。全文下載:http://nsr.oxfordjournals.org/content/2/3/318.full

綜述首先介紹了Tet介導的氧化去甲基化的兩種不同功能:即擦除部分基因原有的高甲基化,同時維持另一部分基因的低甲基化狀態。在小鼠受精卵中,Tet3參與了雄原核中Nanog等基因的去甲基化。而在MEF細胞向iPS重編程過程中,高甲基化的microRNA通過Tet介導的去甲基化被激活表達。同時在Tet1敲除的小鼠大腦中,部分低甲基化基因的甲基化水平顯著提升,說明Tet1能對抗甲基化的發生。

綜述重點總結了近年來關於Tet介導的氧化去甲基化的機理研究。Tet雙加氧酶可以將5mC逐步氧化成5hmC(5-羥甲基胞嘧啶),5fC(5-醛基胞嘧啶)以及5caC(5-羧基胞嘧啶)。這些高級氧化產物無法被DNMT1識別,因此在DNA複製過程中阻礙了甲基化譜式的維持,間接促進了DNA去甲基化。而更被關注的是,5fC與5caC能夠被DNA糖苷酶TDG特異性識別並切除,同時啟動BER途徑將其修復成未甲基化的C,從而完成了DNA的主動去甲基化過程。這與植物中ROS1等基因參與DNA主動去甲基化有異曲同工之處,但哺乳動物中對甲基化的調控顯得更為複雜。

Tet作為DNA去甲基化的關鍵因子在小鼠發育過程中也起到了重要作用。Tet1或Tet2單敲除的小鼠都能正常發育。但Tet1敲除小鼠的神經幹細胞的增殖以及海馬體的成體神經發生過程受到一定的阻滯。而Tet2敲除的小鼠則傾向於出現髓系白血病。Tet3敲除的小鼠在出生後很快死亡,主要原因可能體現在早期胚胎的基因組主動去甲基化受阻,雄原核內Oct4,Nanog等多能性基因的激活過程受抑制。Tet3同時也參與雌原核的DNA主動去甲基化。進一步的研究表明,存在一種依賴於Tet3但不依賴於DNA複製的DNA主動去甲基化,且在這個過程中已知的能夠特異識別並切除5fC和5caC的TDG在受精卵父本基因組的重編程過程中不起作用,這暗示存在一種未知的DNA主動去甲基化機制需要進一步探索。

Tet蛋白所具有的多個結構域也暗示其可能存在5mC氧化作用以外的其它功能。Tet與多種重要的蛋白具有相互作用,並在功能上相互調控。而多年來關於DNA主動去甲基化的研究也提出了許多其它的可能機制。例如DNMT在體外可催化5mC,5hmC以及5caC直接轉變為C,還有一類脫氨酶例如AID可介導C或5mC的脫氨,進而受糖苷酶切除而引發BER途徑完成主動去甲基化。但這些研究在證據上仍存在一定的不足。後續關於DNA主動去甲基化的研究仍將會是這一領域的研究熱點,而Tet在其中起到的作用也還需要進一步的探索。(來源:科學網)

相關焦點

  • 上海生科院合作揭示受精卵DNA去甲基化重要機制
    ,並且DNA雙加氧酶Tet3介導了主動去甲基化的發生,而糖苷酶TDG並不參與該過程。徐國良研究組與李勁松研究組以往的研究表明,DNA雙加氧酶TET負責5-甲基胞嘧啶(5mC)的氧化,並且其氧化產物5-醛基胞嘧啶(
  • ...衣藻中去甲基化酶CMD1催化以維生素C為底物的5mC去甲基化修飾機制
    DNA甲基化能夠在不改變DNA序列的前提下改變遺傳表現,是表觀遺傳學的核心研究領域之一。目前的研究表明,DNA甲基化與基因組印記、X染色體失活、轉座因子抑制、衰老和癌症發生等密切相關,因此是表觀遺傳學研究的重點和熱點之一。CpG二核苷酸中的胞嘧啶上第5位碳原子在甲基化轉移酶(DNMTs)的催化下,發生甲基化的形成5mC。目前發現5mC廣泛分布於原核與真核生物中。
  • 生物物理所等發現SALL4A蛋白調節增強子上的DNA去甲基化
    11月10日,《分子細胞》(Molecular Cell)雜誌在線發表了題為Cooperative Action between SALL4A and TET Proteins in Stepwise Oxidation of 5-Methylcytosine 的研究文章,報導了在小鼠胚胎幹細胞中,SALL4A蛋白與TET家族雙加氧酶共同調節增強子上
  • 化學所在預測雙鐵加氧酶含氧活性中間體結構方面獲進展
    研究雙鐵加氧酶含氧活性中間體的結構,對揭示其活化O2的機制十分關鍵。然而,由於含氧活性中間體的活性高/不穩定,傳統的X-ray單晶衍射方法獲取其結構非常困難,通過理論化學預測雙鐵加氧酶含氧活性中間體的結構,成為當前該領域的研究前沿。  中國科學院化學研究所光化學院重點實驗室研究員陳輝在理論計算預測雙鐵加氧酶含氧活性中間體結構研究方面取得系列進展。
  • 胸腺嘧啶DNA糖基化酶作用機制研究獲進展
    在高等生物中比較普遍的DNA修飾方式主要是胞嘧啶甲基化,生成5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC),這一過程可以通過Tet家族雙加氧酶(dioxygenases),轉化成另外一種修飾形式:5-羥甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)。這些表觀遺傳學修飾也被稱為DNA的第5種和第6種鹼基。
  • DNA甲基化 |「雙面間諜」或將為癌症治療帶來新思路!
    毫無疑問,胞嘧啶甲基化的缺陷與發育異常、遺傳疾病以及癌症有關。最新的一項研究中,La Jolla免疫研究所的研究人員揭示了DNA的甲基化和去甲基化之間的平衡是如何阻止基因組不穩定性,進而阻止癌症發展的。
  • 研究揭示維生素C參與產生一種全新的DNA修飾
    近年來,包括徐國良研究組在內的三個實驗室發現TET雙加氧酶可以將5mC依次氧化產生5-羥甲基胞嘧啶 (5hmC)、5-醛基胞嘧啶但有關TET雙加氧酶在進化過程中的保守性,以及其在低等生物中的酶活與功能還有待進一步探索。  在最新發表的工作中,研究者以萊茵衣藻作為模式生物,鑑定到了8個TET同源蛋白。
  • 研究揭示裂解多糖單加氧酶與底物相互作用機制
    近日,中國科學院大連化學物理研究所天然產物及糖工程研究組研究員尹恆團隊與分子反應動力學國家重點實驗室分子模擬與設計研究組研究員李國輝團隊合作,在裂解多糖單加氧酶(LPMO)與不可溶的纖維素底物相互作用機制方面取得新進展。
  • 研究揭示染色質重塑因子PKL在RNA介導的DNA甲基化中的功能
    該研究揭示了染色質重塑因子PKL在RNA介導的DNA甲基化過程中的重要調控作用。在植物中,RNA介導的DNA甲基化(RdDM)是一種重要的建立全新DNA甲基化式樣和轉錄基因沉默的機制,通過小幹擾RNA(siRNA)與支架RNA(scaffold RNA)的鹼基配對引導DNA甲基轉移酶到特定的位點進行全新DNA甲基化。
  • Genome Biology:染色質重塑因子PKL在RNA介導的DNA甲基化中的功能
    該研究揭示了染色質重塑因子PKL在RNA介導的DNA甲基化過程中的重要調控作用。在植物中,RNA介導的DNA甲基化(RdDM)是一種重要的建立全新DNA甲基化式樣和轉錄基因沉默的機制,通過小幹擾RNA(siRNA)與支架RNA(scaffold RNA)的鹼基配對引導DNA甲基轉移酶到特定的位點進行全新DNA甲基化。
  • Mol Cell:戚益軍等擬南芥RNA介導DNA甲基化通路研究獲進展
    5月17日,國際著名雜誌Molecular Cell在線刊登了北京生命科學研究所戚益軍實驗室的最新研究成果「Cytoplasmic Assembly and Selective Nuclear Import of Arabidopsis ARGONAUTE4/siRNA Complexes,」,文章中,研究者報導了擬南芥RNA介導
  • 研究發現RNA介導DNA甲基化參與調控草莓成熟
    Genome Biology 期刊在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所上海植物逆境生物學研究中心郎曌博研究組和植生生態所張一婧研究組合作完成的題為Downregulation of RdDM during strawberry fruit ripening 的研究論文,該研究揭示了RNA介導
  • 揭示DNA去甲基化與DNA損傷修復之間的調控作用—新聞—科學網
    中科院昆明動物所
  • 在MOFs中合理構建人工雙核銅單加氧酶
    美國芝加哥大學Wenbin Lin團隊報導了一種在MOFs中合理構建人工雙核銅單加氧酶的策略。相關研究成果刊登於1月7日出版的《美國化學會志》。
  • 維生素C參與產生一種全新的DNA修飾—新聞—科學網
    徐國良研究組長期致力於DNA修飾酶和新修飾的發現工作,對哺乳動物DNA去甲基化過程中產生的DNA修飾及其生物學功能進行了深入研究。在真核生物中,DNA修飾的最主要形式是5-甲基胞嘧啶(5mC)。 近年來,包括徐國良研究組在內的三個實驗室發現TET雙加氧酶可以將5mC依次氧化產生5-羥甲基胞嘧啶 (5hmC)、5-醛基胞嘧啶 (5fC) 、5-羧基胞嘧啶 (5caC)。
  • 甲基化DNA IP(MeDIP)抗體大比拼
    CST 5-甲基(5-mC)和 5-甲醯基胞嘧啶(5-fC)兔單克隆抗體表現出強大的特異性在DNA胞嘧啶(cytosine)殘基的甲基化會造成基因沉默,通常由一些DNA甲基轉移酶介導產生。TET(Ten-ElevenTranslocation)家族蛋白催化5-甲基胞嘧啶(5-mC)的氧化,進而形成5-羥甲基胞嘧啶(5-hmC),這種DNA修飾反而會促進基因的激活。TET家族蛋白可進一步將5-hmC氧化為5-甲醯基胞嘧啶(5-fC)和5-羧基胞嘧啶(5-cac)兩種修飾,並促進TDG糖苷酶和鹼基切除修復(BER)通路介導的胞嘧啶主動去甲基化過程。
  • 文獻解讀|一種新的FLI 1外顯子circRNA通過協同調控TET 1和DNMT 1促進乳腺癌轉移
    DNMT1是哺乳動物DNA甲基化維持所必需的關鍵甲基轉移酶。它主要催化半甲基化CpG二核苷酸的甲基化。考慮到FECR1誘導FLI1啟動子中的DNA去甲基化,作者檢測了DNMT1是否參與了這一表觀遺傳控制過程。作者首先分析了FECR1 RAT測序數據,發現FECR1富集於DNMT1啟動子區域(圖6A),且該區域組蛋白3賴氨酸27 (H3K27)高度乙醯化。然後定量測定了DNMT1在處理細胞中的豐度。
  • 青島能源所開發出丙烷選擇性羥化的人工過加氧酶系統
    小分子烷烴碳-氫鍵的選擇性羥化是長期以來面臨的科學挑戰,主要瓶頸在於烷烴分子碳-氫鍵的鍵解離能比相應醇產物更高,導致傳統的化學氧化容易產生過度氧化產物等。雖然自然界中存在可以直接選擇氧化小分子烷烴的天然酶(如甲烷單加氧酶MMO、丁烷單加氧酶BMO、真菌過加氧酶AaeUPO),但無論催化效率還是種類數量都還不能滿足工業應用的需求。
  • 張蘅團隊揭示染色質重塑因子PKL在RNA介導的DNA甲基化中的功能
    在植物中,RNA介導的DNA甲基化(RdDM)是一種重要的建立全新DNA甲基化式樣和轉錄基因沉默的機制,通過小幹擾RNA(siRNA
  • MOFs中合理構建人工雙核銅單加氧酶
    MOFs中合理構建人工雙核銅單加氧酶 作者:小柯機器人 發布時間:2021/1/10 19:45:40 美國芝加哥大學Wenbin Lin團隊報導了一種在MOFs中合理構建人工雙核銅單加氧酶的策略。