微生物組學從入門到精通(9) :功能組成快速鑑定-HUMAnN2

2021-01-14 科研貓

作者：科研貓 |  叮噹

責編：科研貓 | 依米



第九節


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HUMAnN2簡介


HUMAnN2.0是一款基於宏基因組或宏轉錄組測序數據獲得微生物群落功能通路信息的分析流程，旨在描述群落成員及其代謝潛能。

工作原理


先用metaphlan2（default）處理DNA或RNA的reads，產出物種鑑定結果，然後選擇相對豐度大於0.01%的物種的泛基因組（即某一物種不同菌株的全部基因）進行bowtie2建庫，然後所有樣本的reads 以sensitive mode進行比對並計算豐度。然後比對到泛基因組資料庫的reads，通過DIAMOND（推薦）、RAPSearch2或者USEARCH進行翻譯比對到用戶指定的蛋白資料庫（UniRef90/UniRef50），並輸出read-vs-protein的blast m8格式比對結果，最後計算genefamily、pathway等層級豐度信息。

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