重磅!m5C-RNA—掀起表觀轉錄組學研究新浪潮

2021-02-12 易基因

參考文獻：

1. Yang et al. RNA 5-Methylcytosine Facilitates the Maternal-to-Zygotic Transition by Preventing Materna mRNA Decay. Molecular Cell ,2019; 1–15


2. Xin Chen et al. 5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs Nature. Cell Biology, 2017; 978–990


3. Xin Yang et al. 5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader Cell Research 2017; 1-20.


4. Schaefer M, Pollex T, Hanna K, Lyko F. RNA cytosine methylation analysis by bisulfite sequencing. Nucleic Acids Res.

相關焦點

  • 基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
    原標題：基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展 　　2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室「百人計劃」研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所「百人計劃」研究員劉峰研究組合作開展的「m6A甲基轉移酶複合物鑑定」研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein
  • Nature:RNA 修飾研究有助表觀轉錄組學進一步發展
    隨著科研人員逐漸揭開 RNA 修飾的奧秘，幫助我們了解表觀轉錄組學（epitranscriptomics）的工具也變得越來越多了。 近五年來，學界掀起了一股研究 RNA 表觀遺傳學修飾的熱潮，很多課題組都將目光集中在 N6 - 甲基腺苷（N6-methyladenosine, m6A）這個核酸分子上。大家都在研究全轉錄組水平上的這種化學修飾，以及該修飾與人體健康和疾病的關係。
  • 表觀轉錄組學-m6A簡介
    DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學標記，研究的非常廣泛。與DNA相對應，在RNA水平也存在著多種化學修飾，已經發現的就有100種以上，在編碼和非編碼RNA上都存在。Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modificationshttps://www.nature.com/articles/nmeth.4110m6A是其中最常見，數量最多的一種轉錄後修飾
  • 單細胞轉錄組+蛋白組+bulk RNAseq！多組學繪製全面肺衰老圖譜
    本文作者使用單細胞轉錄組學和基於蛋白質組學的質譜分析（mass spectrometry-based proteomics）來量化年輕和年老小鼠肺部30種細胞類型的細胞活性狀態變化。作者發現，衰老會導致轉錄噪聲增加，並且放鬆對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對於細胞類型特異性的影響，發現2型肺細胞和脂肪成纖維細胞膽固醇合成的增加，以及呼吸道上皮細胞的改變，是肺部老化的幾大標誌。
  • 單細胞轉錄組+蛋白組+bulk RNAseq!多組學繪製全面肺衰老圖譜
    本文作者使用單細胞轉錄組學和基於蛋白質組學的質譜分析（mass spectrometry-based proteomics）來量化年輕和年老小鼠肺部30種細胞類型的細胞活性狀態變化。作者發現，衰老會導致轉錄噪聲增加，並且放鬆對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對於細胞類型特異性的影響，發現2型肺細胞和脂肪成纖維細胞膽固醇合成的增加，以及呼吸道上皮細胞的改變，是肺部老化的幾大標誌。
  • 多組學揭示胰腺癌發展早期Kras基因突變調控的表觀與轉錄網絡
    首次系統地闡述了，胰腺癌前體細胞的轉錄組與表觀遺傳組信息，並闡明了Kras突變基因通過協同調控胰腺炎誘導的轉錄網絡，來促進胰腺癌的產生與發展。Kras突變基因對胰腺癌的發展早期轉錄組與表觀遺傳組的影響，作者找到了Klf5轉錄因子作為一種marker，來進行胰腺癌早期細胞的分選。
  • 彭廣敦教授:空間轉錄組測序技術轉錄組學研究領域的新方向
    4月21日，由生物谷主辦的2017多組學研究與臨床轉化前沿論壇在上海隆重開幕。本次會議多組學研究和臨床轉化研討會以邁向臨床精準醫療為主題，聚焦基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學等多組學技術聯用研究臨床疾病，以及多組學數據的整合交叉分析應用，會議涉及基因變異、測序分析、轉錄調控、代謝研究、RNA幹擾等，力圖打通多組學研究到臨床應用的通道，推動多組學技術在醫學轉化上的應用。來自中國科學院上海生化細胞所的彭廣敦教授分享了「空間轉錄組測序技術」精彩議題。
  • 顛覆先前的認知,首次系統獲得新冠病毒轉錄組及表觀轉錄組學數據
    儘管最近報導了SARS-CoV-2基因組，但其轉錄組結構尚不清楚。2020年4月8日，韓國基礎科學研究所Dongwan Kim等人在Cell 在線發表題為「The architecture of SARS-CoV-2 transcriptome」的研究論文，該研究利用兩種互補的測序技術，展示了SARS-CoV-2轉錄組和表觀轉錄組的高解析度圖。
  • 轉錄組研究新利器:ONT直接RNA測序,鹼基修飾、轉錄異構體一網打盡!
    直接RNA測序服務升級 希望組自成立以來致力於三代測序技術應用於服務，自2017年搭建Oxford Nanopore測序平臺便開展基於Nanopore測序技術的研發工作。2018年便開展ONT直接RNA測序服務，並承擔了國內首篇ONT直接RNA測序相關研究的建庫測序工作[2]。希望組ONT直接RNA測序服務隆重升級，4大優勢助力轉錄組深入研究。
  • 研究揭示肺中髓系細胞多樣性的轉錄組和表觀遺傳機制
    研究揭示肺中髓系細胞多樣性的轉錄組和表觀遺傳機制 作者：小柯機器人 發布時間：2020/1/25 10:53:38 美國加州大學聖地牙哥分校Eniko Sajti等研究人員的一項最新工作揭示了肺中髓系細胞多樣性的轉錄組和表觀遺傳機制
  • 靶向單細胞多組學方法,可在低深度下同時檢測蛋白表達和低豐度轉錄組
    研究團隊將該方法應用於免疫細胞異質性研究，並採用大規模細胞數據分析工具One-SENSE來可視化蛋白質轉錄組的數據集。（AbSeq），並使用納米孔捕獲單細胞以進行靶向轉錄組學分析。研究發現，靶向轉錄組學方法與蛋白質檢測相結合不需要其他方法那樣高的測序深度，並仍然保持對低豐度轉錄組的高靈敏度。結果顯示，該方法可同時檢測492個免疫相關基因和41個表面蛋白。 為驗證該方法，研究團隊將來自三個健康對照組的27,258個外周血單核細胞分成兩批，一批進行多組學流程分析，另一批進行基於流式細胞的表型分析。
  • 基礎研究 | 我區省部共建國家重點實驗室取得最新科研成果：開發分析RNA端帽表觀轉錄組新方法並發現了新端帽
    》（Nucleic Acids Research）上發表了題為「定量分析RNA 端帽（cap）表觀轉錄組揭示了細胞和病毒RNA中的新端帽」（Quantifying the RNA cap epitranscriptome reveals novel caps in cellular and viral RNA）的最新科研成果。
  • 一個超簡單的轉錄組項目全過程--iMac+RNA-Seq(四)featureCounts
    前期文章一個超簡單的轉錄組項目全過程--iMac+RNA-Seq（一）一個超簡單的轉錄組項目全過程-
  • GC-MS非靶向代謝組+轉錄組學助力羅學剛團隊再發多組學植物鈾研究
    繼2019年10月，歐易/鹿明生物合作客戶西南科技大學環境與資源學院羅學剛教授團隊在一區期刊Journal of Hazardous Materials（IF=7.650）發表題為「植物鈾毒性機制的代謝、轉錄組分析和礦物質營養代謝研究」的文章之後。點擊查看【多組學深度解讀】客戶文章 | 西南科技大學運用多層組學整合分析對植物鈾毒性機制研究。
  • NGS在多組學研究中的作用
    包括基因組，轉錄組， 蛋白質組及代謝組學， 都是系統生物學的組成部分。 面對龐大的研究體量，基因測序技術是研究的基石。NGS（Next Generation Sequencing）即下一代測序，又名高通量測序（High-Throughput Sequencing）是相對於傳統的桑格測序（Sanger Sequencing）而言的，該技術的飛速發展大大推動了組學研究。
  • 【盤點】2019年一季度組蛋白修飾重大學術研究
    解讀/景傑學術2019年年初，我們回顧了過去一年表觀遺傳領域的亮點研究（回顧 | 2018年表觀遺傳學亮點研究（上）、表觀遺傳學亮點研究（下）），了解到組蛋白修飾在癌症發生、衰老、HIV與宿主互作、腸道微生物代謝等領域的關鍵調控作用
  • 西南民族大學最新文章:基於RNA-Seq的轉錄組研究
    目前針對每期的重點內容，生物通將展開詳細推薦，歡迎讀者共同參與……　　生物通報導：RNA-Seq 作為近年來新發展起來的高通量轉錄組測序技術, 為大規模轉錄組學研究提供了一種全新的且更為有效的方法，近期來自西南民族大學，深圳華大基因的研究人員以犛牛卵巢組織作為研究對象, 應用RNA-Seq技術對其進行高通量轉錄組測序分析,獲得了卵巢測序文庫，並進行了深入分析。
  • 樟科植物比較轉錄組學研究獲進展
    然而，這一類群的遺傳學與基因組學研究背景十分薄弱，目前僅有鱷梨（Persea americana）、山胡椒（Lindera glauca）和山雞椒（Litsea cubeba）等少數種類的轉錄組學數據公布。
  • iPS細胞的表觀遺傳特徵研究取得進展
    近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員姚紅傑課題組與同濟大學生命科學與技術學院教授江賜忠課題組合作，揭示出化學小分子來源ips細胞的表觀遺傳特徵更加接近於ES細胞的表觀遺傳特徵。據報導，使用經典的四個轉錄因子Oct4，Sox2，Klf4和c-Myc誘導獲得的誘導多能幹細胞（4F-iPS細胞）與ES細胞存在表觀修飾差異的現象。北京大學教授鄧宏魁最早採用化學小分子誘導獲得多能幹細胞（C-iPS細胞）的方法，開啟了全新的iPS細胞獲取的方法。但是當前研究對C-ips細胞表觀遺傳特徵了解較少。