傳說，朱元璋下葬時搞了一個「迷魂陣」，當天，十三城門同時出棺。這個說法已傳講了六百年，是南京民間最經典的段子之一。
南京過去有個民謠：「南京有三怪，龍潭的姑娘像老太，蘿蔔當作小菜賣，十三個城門抬棺材。」朱元葬當年這個怪異下葬傳說，竟然被當成了南京的城市符號之一。
可能有人覺得是無稽之談，其實並非空穴來風，史料上有記載，如明人朱國楨的《皇明大政記》上便有這樣的文字，朱元璋下葬那天，「而發引，各門下葬」。
埋葬各種各樣的門是一種掩飾，秘密埋葬的步驟之一，這是反盜墓的典型特徵。作者在他的《中國人盜墓史》和其他書中也是這樣認為的，但是作者後來想了想，覺得很奇怪，因為每個人都知道朱元璋的墓在哪裡。你給誰看了這個？根據朱元璋死后妃子被殺的事實，那些棺材裡可能裝滿了被殺的後宮美女。
殉葬本是秦漢以前的喪葬制度，活活殺死者身邊的妃妾新侍，到陰間給死者站崗放哨當「服務員」。
秦始皇死後，秦二世處死了他生前眾多的妻妾，引起了廣泛的不滿。當劉邦成為皇帝時，他確實廢除了這種不人道的習俗。然而，幾個朝代的祭祀儀式已經消失了。朱元璋登基後，這一制度得以恢復和復興。
後來，朱棣文的後代也效仿了。明朝皇帝朱迪死後，30多名妃子被殺。甚至封臣國王也被殺了。例如，湖北鍾祥市英王靜朱東墓被盜後，當地考古學家在進行「搶救」發掘時發現了烈士。
在左右耳室裡，各發現了六口棺材，從遺骸鑑定分析來看，年齡都不是很大，且都是女性，由於年輕，骨頭早都爛了，只剩下牙齒和金屬飾物。這些女人應當是朱棟生前年輕漂亮的妃侍，她們不可能同時生病死去，惟一的解釋是非正常死亡——殉死。
再說回朱元璋。在皇太子朱標早喪的情況下，朱元璋依傳統禮制，立長孫朱允炆為皇太孫。朱元璋死後，朱允炆承繼大位，史稱「建文帝」。
根據遺詔和古代制度，朱允炆下令處死朱元璋後宮中所有生前未生育的妃子，並安葬他們，其他幾名女僕也相繼去世。至於如何處決這些活著的烈士，一直是個謎，有人說是水銀毒害了他們。有人說是勒死。但是根據《朝鮮李朝世宗實錄》，它應該被絞死。
「帝（明成祖朱棣）崩，宮人殉葬者三十餘人。當死之日，皆餉之於庭，餉輟，俱引升堂，哭聲震殿閣。堂上置木小床，使立其上，掛繩圍於其上，以頭納其中，遂去其床，皆雉頸而死。」
從上面可以看出，這是為了讓殉難的公主站在小床上。她的脖子伸進套索後，太監突然從下面的小床上抽走了。當時，朱迪——新繼承人的長子明仁朱高熾也親自到場向他們道別，這實際上是一種「監禁判決」。兩名美女，韓石和崔石，被朝鮮選中帶到皇宮，也被處死。
韓氏臨死前哭喊，「媽媽，我去了！媽媽，我去了！」未等話說完，太監就抽去了她腳下的小床。
形勢如此悲慘，皇帝甚至不能看不起它。後來，明英宗和朱祁鎮堅決廢除了殉難制度。朱祁鎮在位時曾被瓦拉俘虜，這對他來說是一大恥辱。然而，由於殉難的廢除，他有著良好的聲譽和歷史形象。《明史·英宗後紀》(卷12)給他最後的判決，「如果皇妃被殺，盛德之事可以為後人所用。」
給朱元璋殉葬的人具體有多少人，史上並無確切的記載。據明末人毛奇齡所著《彤史拾遺記》記載，「太祖以四十六妃陪葬孝陵，其中所殉，惟宮人十數人。」
後來，朱允炆對這些生殉后妃宮女的家屬進行了表彰和封賞。張鳳、李衡、趙福、張弼、汪賓、孫瑞、王斌、楊忠、林良、李成、張敏、劉政等人都被封賞，授以「千戶」、「百戶」之職，其官皆世襲。他們都是給朱元璋殉葬宮人的父兄，即所謂「朝天女戶」。
殉葬也是一種榮譽。但這些殉葬者可能並未全部進入孝陵，而是葬在陵外，具體地點成謎。
據中山陵園管理局稱，1937年，當在明陵東側的夏紫湖修建水壩時，發現了阿明皇陵。墳墓大約有3米高，分為內外兩個房間。然而，奇怪的是房間裡什麼也沒有。它是為烈士準備的嗎？
1976年，在明墓以西約300米的山腳下，又發現了一座磚墓，出土了大量的金飾。裡面印有「工藝局」字樣的金手鐲，是官方皇家珠寶製作車間。由於這裡曾是明朝的禁地，非皇族親屬不能葬在這裡，所以這兩座墓很可能是祭祀墓。
著名考古學者、南京大學自然與文化研究所所長賀雲翱教授，在負責明孝陵「申遺」時曾作專門做調查，朱元璋殉葬的宮妃葬地可能分布在三個地方，一處在今天陵西側百米處。
今植物園內；其在孝陵陵宮牆外西南角處，第三處位於明孝陵右側，與東陵（太子陵）遙遙相望。
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