全世界畜牧牛品種有200多種，主要分為奶牛、肉牛、耕牛及肉奶牛四類。其中奶牛和內生的數量佔較大比重，除了日本享譽全球的黑毛和種牛，還有其他四種品類。
日本主要牛種
日本特有的肉牛品種有黑毛和種、日本短角種、褐毛和種及無角和種，只有這四個品種之間雜交出的肉牛才能被稱為「和牛」。除此之外，諸如在日本本土進行養殖培育的奶牛「荷斯坦牛」、或是荷斯坦牛與和牛進行交配的雜交牛種「F1」等等，這些都不能被稱為和牛，只能被稱為「日本國產牛」在日本，數量最多的牛種就是黑毛和種牛，佔所有牛種比例的45%，同時也是和牛中數量最多的牛種，佔比高達95%。
日本短角種
採用放牧方式進行牧草餵養，肉質油脂較少，瘦肉含量高
日本短角牛數量佔和牛整體數量的1%，是以東北地區的耕牛「南部牛」與從英國引進的短角牛交配改良而成，在巖手、北海道、青森、秋田等地均有養殖，通常採用高原放牧方式，以母乳和牧草進行飼育；冬天則將其關在牛舍中進行肥育。由於日本短角牛瘦肉含量高而油脂含量少，在日本肉牛排行中名次靠後，價格也比較便宜。然而近些年來隨著養殖技術的發展，其肉質口感也有了顯著改善。母牛體重約為590千克。
無角和種
養殖數量僅為200頭的稀有品種，肉質多為瘦肉，油脂含量極少
以山口縣阿武郡的原生牛種與歐美國家口碑極佳的安格斯牛交配改良而來，由於皮下脂肪較厚且瘦肉含量高、幾乎不含油脂，導致其市場評價極低，曾度因數量銳減至250頭而面臨絕種危機。所幸該品種可使用牧草或族類植物進行餵養，具有繁殖迅速、肉量較多的特點，屬於可在短期內肥育的赤牛種。
目前山口縣相關部門正在摸索，如何振興無角和牛市場的方法。母牛體重約為450千克。
荷斯坦牛與雜交種(F1)
奶牛或奶牛與和牛雜交之日本國產牛，肉質隨飼料種類和養殖方法不同而變化
不同品種交配出的牛種稱為雜交種」 或是「F1」。在日本，通常採用肥育技術對荷斯坦公肉牛以及荷斯坦母奶牛與黑毛和牛交配出的雜交牛種進行養殖。其肉質也相當鮮美。
黑毛和種
大理石紋路般的霜降油脂與瘦肉交錯分布，乃是世界頂級肉牛
黑毛和牛數量佔和牛整體數量的95%，是以日本近畿、中國地方的原生牛種「見島牛」等耕牛與德溫牛、短角牛、瑞士黃牛等外國牛種交配改良而來，肉質柔嫩且口味濃鬱，瘦肉與油脂交錯分布，以穀物等天然飼料餵養可提高其霜降油脂的密集程度。日本各地均有養殖，培育出了諸如「松阪牛"「神戶牛」 「前澤牛」等日本各地特有牛種。母牛體重約為470千克。
褐毛和種
油脂密度僅次於黑毛和牛，為熊本及高知地區改良品種
褐毛和牛是熊本及高知兩縣獨有的改良品種，分為兩大分支。其中熊本縣改良種稱為「熊本赤牛」，是以阿蘇地區原生牛種與瑞士西門塔爾牛交配改良而成，毛色呈褐色，母牛體重約為600千克；高知縣改良種則稱為「土佐赤牛」是以明治時期引進的韓牛(朝鮮牛)與西門塔爾牛交配改良而成。其眼、鼻周圍及尾巴前端為黑色，肉質所含油脂密度僅次於黑毛和牛，味道也相當鮮美，很適合用牧草進行飼養。母牛體重約為450千克。