基因組所生物信息高性能計算機投入使用

隨著中科院北京基因組研究所第二代測序儀陸續投入使用，海量的數據日益產出，原有基因組所的計算能力和數據存儲能力已經遠遠不能滿足新的需求，為此，2008年10月基因組所啟動了採購計劃。2009年2月下旬，基因組所生物信息高性能計算機到位，經過緊張的安裝調試，已正式投入使用。這次選用的浪潮伺服器，屬於國產自主品牌高性能計算系統，其運算分析能力達到每秒10萬億次，數據存儲能力達到400TB，隨著高性能計算系統的投入使用，加之2008年，3臺SOLiDTM系統基因分析儀的安裝運行，基因組所在硬體環境系統實施了更新換代，全力搭建的基因組測序和生物信息處理平臺初步完成。

2月6日，隨著大型計算機的到位，基因組所的工作人員開始緊鑼密鼓的設計與安裝系統，初步完成了計算集群硬體和軟體的安裝，目前已經進入整個系統測試和調優階段，該大型計算機計劃在2月底將全部投入使用。此次到位的高性能集群式伺服器主要採用了浪潮的刀片伺服器以及存儲，分為計算節點和存儲節點兩部分：計算部分採用12臺刀片中心，配置了112片刀片，每顆刀片配置了兩顆2.83G Intel Xeon 5440 CPU，有92片配置了16GB 內存，20片配置了32GB內存並配置了infiniband 高速交換網絡，總體的運算速度達到10萬億次/秒。存儲部分採用9套48 TB的盤陣，達到432 TB的總容量，滿足海量生物數據存儲的需求。網絡部分集中了萬兆、千兆、Infiniband、FC等多種網絡環境搭建而成。系統將集群監控軟體、生物信息軟體、資料庫等集成，構成高性能生物信息專用集群系統。

2008年引進的SOLiDTM (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection)的高通量測序系統。其每輪運行可以產生超過30億鹼基（相當於一個人類基因組全序列）的可定位數據。可對多種菌株進行極高覆蓋度的測序分析；能夠對包括特殊疾病或者藥物表型等在內的完整基因進行精確的序列分析；也能用於高通量的基因表達研究，而其成本和時間消耗大大低於傳統測序技術。特別是在開展靶基因重測序研究、基因表達分析、MicroRNA(非編碼小分子RNA)的發現、染色質免疫共沉澱研究以及其它物種全基因組序列測定等相關研究方面將給予強大的支持。

目前，基因組所的高通量測序儀和高性能生物信息處理計算機已經被列入北京生命科學大型儀器共享系統，實施平臺資源共享。