土壤鹽漬化是農業發展面臨的強大阻力，事實上，在我國不僅在新疆、青海等中西部邊陲土壤鹽漬化嚴重。在廣袤肥沃的東北黑土地上，土壤鹽漬化問題同樣十分突出。保護地生產過程中盲目施肥是造成土壤鹽漬化的重要原因之特別是偏施氮肥。生產者對各類肥料特性了解不夠全面，對作物需肥特點了解不夠透徹，經常偏施一種肥料，而且還誤認為多施肥就能高產出，忽視了作物需肥量和營養需求種類，盲目地大量施肥，人為地增加了土壤的含鹽量，使作物產生鹽害。
例如有人偏施雞糞、人糞尿，雞糞、人糞尿的養分含量雖高，但含鹽量也高，無形之中就破壞了土壤的pH值，造成土壤中氮、磷鉀比例嚴重失調，不能被利用的成分殘留並積累於土壤中，引起土壤鹽分偏高。大棚溫室等保護設施內部的環境穩定，雖可進行反季節栽培，但是由於蓋膜時間過長，特別是連棟大棚，一年之中換膜間隔期過長，雨水衝刷時間太短，造成土壤鹽分積累，致使土壤含鹽量過高，從而影響了作物的生長。
在保護地蔬菜生產中多採用小型旋耕機耕翻，使耕作層變淺，這種耕地方式還會形成一層較硬的犁底層，水肥聚集於耕作層，也會使耕作層的鹽分濃度逐年增高。由於耕作方式單一，長期連作，不合理的施肥、灌溉，使土壤的氨化菌、硝化菌等有益微生物受到抑制，有害微生物相對增加，破壞了土壤微生物的平衡，影響了肥料的分解。同時，重茬連作也使得作物所需的營養元素得不到補充，土壤鹽離子也不能正常進行交換，從而造成鹽分在耕作層內積累，也就直接加快了保護地土壤鹽漬化進程。
危害鹽漬化程度高的土壤，在冬季或早春地表乾燥時，在突出地表的土壤表面會析出一層白色鹽類物質；如果過量施用化肥，使鈣、鎂等陽離子在土壤表面大量聚集，與氯離子、硫酸根離子碳酸根離子等發生化學反應也會出現返霜現象，也叫返白鹼。當溼度大時顏色有些發綠，有時候土壤比較溼潤時土表會有紫藻繁殖，所以會呈現出紫紅色，在棚室的局部地方如滴水處，這種現象更加明顯，有時候還會生長一些苔蘚，如果氮肥過量，苔蘚會大量滋生。
紅色紫球藻是一種很好的鹽鹼指示植物，如果田間出現紅色紫球藻，說明土裡的鹽分已經很高了，土壤含鹽量至少已經達到0.5%左右。土壤出現鹽漬化會使蔬菜作物根部吸水困難，出現生理乾旱，也會給蔬菜的生長發育造成障礙。在鹽漬化的土壤中播種會出現種子發芽受阻、出苗緩慢、出苗率低的現象，或者出苗後逐漸死亡，最開始白天出現萎蔫夜間直立的現象，一旦出現這種情況，小苗很快就會死亡。
異地育苗雖可解決苗期問題，但把蔬菜定植到鹽漬化程度高的土壤裡，植株緩苗非常慢而且生長緩慢甚至生長停滯，在鹽鹼士裡生長的作物莖稈纖細柔弱、植株非常矮小。作物之所以出現生長受抑制情況，是因為鹽漬化的土壤滲透壓高，造成植物的根吸水困難，根系生長也會受到抑制，作物的根又短又淺，根尖易被高濃度的土壤溶液燒灼出現壞死現象。嚴重時，作物的整個根系發黑腐爛，失去活力。
根的吸收能力差，直接影響作物地上部分的生長，鹽鹼地裡的植物葉色會呈深綠色或暗綠色，有閃光感，嚴重時葉色變褐，在植物的葉緣會出現有波浪狀枯黃色瘢痕，下部葉片下垂或反卷，有時候葉片會捲曲失綠，葉尖枯黃萎縮。重者中午凋萎，早晚可恢復，受害嚴重時莖葉枯死。由於土壤鹽分含量大，除了不發棵外，還直接影響一些果菜類蔬菜的果實生長發育，首先是坐果率低，即使結了果也會發育不良，畸形果增多，沒有商品價值。
當土壤含鹽量<0.1%時，對作物生長的影響還不算大；當土壤含鹽量為0.1‰%~0.3%時，茄子、辣椒的生長開始受阻，並且果實的商品性變差；而像番茄、草莓等會出現僵苗現象，不發棵，果實小，品質極差；黃瓜會形成小老苗，根系生長嚴重受阻，植株會早衰，果實畸形，出現大量細腰瓜、瓜苦味較重；如果是甜瓜受害，葉片會出現萎蔫，發黃，嚴重的會造成植株大量死亡。當土壤含鹽量>0.3%時，絕大多數蔬菜都不能正常生長。