事發地：南京玄武湖
1986年，南京玄武湖首次暴發藍藻，4月，玄武湖出現了「黑水」，湖水發臭；5月，全湖發現大面積死魚，有時一天能打撈起萬斤以上的死魚。2005年7月，玄武湖再次暴發藍藻，從8月6日開始，每天能清理出藍藻200卡車，至9月18日，玄武湖3平方公裡的湖面就像鋪了一層厚厚的綠地毯，嚴重的地方因藍藻腐爛還發出陣陣惡臭。
事發地：雲南滇池
滇池自上世紀90年代開始，藍藻水華暴發的次數越來越多，面積越來越大，1999年達到最高峰，水華覆蓋面積達到20平方公裡，厚度達到幾十釐米。
科技部2000年4月投入5000萬元經費，啟動了「滇池水汙染治理技術研究」。
事發地：安徽巢湖
安徽省巢湖自上世紀70年代以來，藍藻頻發。2003年8月，巢湖東半湖煬至巢湖閘段藍藻暴發，遍及湖心，最厚的地方深度達1米以上，有浪無波，幾乎形成「凍湖」。2006年6月，巢湖水域再次出現大面積藍藻，使湖水呈翠綠色、粘稠狀。
事發地：雲南洱海
今年8月上旬，洱海藍藻數量明顯增加，局部區域出現連片聚集現象。9月13日，藍藻出現大面積聚集現象。