《仁學》開篇就提出了「仁」、「通」、「以太」、「平等」、「心力」這幾個重要範疇。在對「仁」進行解釋時，譚嗣同指出「仁以通為第一義。以太也，電也，心力也，粗淺之具也，借其名以質心力。」而「通」之象為「平等」。譚嗣同以「仁」作為《仁學》的中心思想，以「以太」為背景，以「通」為基礎，以「平等」為目的，構建了一個「以太—仁—通—平等」的哲學思想體系。雖然《仁學》誕生於晚清，帶有時代的局限性，其內容龐雜，思想也有頗多矛盾之處，但書中的民主、平等、革新等進步思想已經深入人心，成為中華民族寶貴的精神財富，時至今日，我們仍然可以從中吸取營養，開拓新時代的偉大事業。
「以太」一詞來源於古希臘，是「ether」的音譯，最初是一個假想的物質概念。如亞裡斯多德就認為「以太」是水、火、土、氣之外的「第五元素」，泰勒斯認為是空氣的蒸騰，畢達哥拉斯學派甚至把氣稱之為冷的以太，阿拉克薩格拉則把「火」稱之為以太。隨著自然科學的進一步發展，「以太」一詞始終沒有脫離物質概念，最終演變為一種人感覺不到的微小介質。
譚嗣同借用「以太」說，創造性地將「以太」改造為世界的本質。他認為「以太」瀰漫於整個宇宙空間，無所不在，無始無終，不生不滅，萬事萬物因「以太」而聯為一體，如「腦氣筋通五官百骸為一身」，「無形之腦氣筋如以太者，通天地萬物人我為一身」，表現出仁學思想的唯物主義色彩。 仁是儒家思想核心概念和道德終極目標，也是《仁學》一書的核心命題。孔子論仁則有「克己復禮為仁。一日克己復禮，天下歸仁焉。」「非禮勿視，非禮勿聽，非禮勿言，非禮勿動。」
「仁」的基本作用是約束個人的行為使之合乎於「禮」。《論語》記載,樊遲問仁，子曰：「愛人」。孔子用「愛人」概括了傳統儒家「仁」的精神實質。「己所不欲，勿施於人」，是「仁」由己到人，而孝、悌，溫、良、恭、儉、讓，寬、信、敏、惠，都是從不同側面踐行仁的途徑。孔子的「仁」，強調個人的自我規範，從而達到仁的最高標準。而禮則是實現仁的方法和手段。通過「克己復禮」將外在的「禮」化為內心強大的道德準則來約束自己，規範自己。 那麼譚嗣同為什麼把「以太」和「仁」聯繫起來了呢？《自序》中，譚嗣同對「仁」作了以下說明：「『仁』從二從人，相偶之義也。『元』從二從兒，『兒』古人字，是亦『仁』也。『無』，許說通『元』為『無』，是『無』亦從二從人，亦『仁』也。
故言仁者不可不知元，而其功用可及於無。」由於「仁」、「元」、「無」都是「從二從人」，所以「仁」與「元」、「無」有異曲同工之妙。這種解釋雖有牽強附會之嫌，但是一旦「仁」變為世界的本原，它就具有了「以太」的特性，是無所不能的。對於「以太」是世界的本原一說，譚嗣同說到：「遍法界、虛空界、眾生界、有至大、至精微、無所不膠粘、不貫洽、不箋絡、而充滿之一物焉，目不得而色，耳不得而聲，口鼻不得而臭味，無以名之，名之日『以太』 法界由是生，虛空由是立，眾生由是出。」
在無邊無際、無窮無盡的宇宙以及微觀世界中，「以太」決定著萬事萬物的生滅變化，也就是說，「以太」是一種物質實體。即便是人的身體、器官，也是由「以太」構成的，「夫人之至切近者莫如身，身之骨二百有奇，其筋肉、血脈、臟腑又若干有奇，所以成是而粘砌是不使散去者，曰惟以太。」不僅人的身體是這樣，人與人之間的社會關係也是由「以太」所決定的。
總的來看，譚嗣同的「以太」是一種不生不滅的，充滿宇宙之間，能夠產生萬物的客觀存在物，也稱之為「原質之原」。 那麼「以太」和「仁」二者是怎樣的關係呢？譚嗣同的觀點是「夫仁，以太之用。」譚嗣同在描述二者的關係時，以「體用」關係加以概括，也就是「以太」是「仁」的物質實體，「以太」作為物質實體，具有「仁」的作用和功能，「仁」則為「以太」之功用和外在表現。譚嗣同提醒學者只有認清「以太之體用」，才可以「與言仁」。