1894年，日本發動了中日戰爭（甲午戰爭），次年3月攻佔澎湖。1895年4月17日，清政府與日本籤定《馬關條約》，將臺灣和澎湖列島割讓給日本。臺灣淪為日本殖民地，開始了長達50年的日本統治時期。
1895年3月，日佔澎湖。5月入臺灣本島，在臺北城設「臺灣總督府」。6月廢除原有行政建制：改臺北府為臺北縣；臺灣府為臺灣縣；臺南府大部及臺東州為臺南縣；臺南府澎湖廳為澎湖島廳。但被軍民抵制，除臺北局部地區外，其餘徒具虛名。
1895年8月，日本重新勉強設治：原臺北府淡水、宜蘭、新竹三縣、基隆、南雅二廳合併為臺北縣，原臺灣府臺灣、苗慄、彰化、雲林縣和埔裏社廳以及臺南府嘉義縣合併為臺灣民政支部，將原臺南府安平、鳳山、恆春縣及臺東直隸州（含卑南縣、花蓮港廳）合併設立臺南民政支部，改原臺南府澎湖廳為澎湖島廳。11月，將原臺南府嘉義縣劃歸臺南民政支部。1896年4月，改臺灣民政支部為臺中縣。改臺南民政支部為臺南縣。
1897年5月，析原宜蘭縣地設立宜蘭廳；析原臺東州設立臺東廳；改澎湖島廳為澎湖廳；以原臺東州地設臺東廳，駐卑南（原臺東州駐地）；合清末新竹縣與苗慄縣設立新竹縣；析原嘉義縣和原雲林縣大部設立嘉義縣；析原鳳山縣和恆春縣設立鳳山縣。1898年5月：析新設的新竹縣分別劃歸臺北縣、臺中縣。裁嘉義縣、鳳山縣，所轄區域劃回臺南縣、臺中縣。1901年5月：析臺南縣設立恆春廳。
1901年11月，實行廳制：廢臺北縣、臺中縣、臺南縣，保留宜蘭廳、恆春廳、澎湖廳；以原淡水縣地設立臺北廳和深坑廳；以原基隆廳地設立基隆廳；以原新竹縣地（分隸臺北、臺中二縣）設立新竹廳；以原南雅廳地設立桃仔園廳（桃仔園廳地屬清末淡水縣與新竹縣），尋改名桃園廳，設治桃園街；以原臺灣縣地設立臺中廳；以原苗慄縣地設立苗慄廳；以原彰化縣地設立彰化廳；以原雲林縣地設立鬥六廳；以原埔裏社廳地設立南投廳，治南投；以原嘉義縣地設立嘉義廳和鹽水港廳（今臺南縣鹽水）；以原安平縣地設立臺南廳；以原鳳山縣地設立鳳山廳、蕃薯寮廳（今高雄縣旗山）和阿猴廳（今屏東縣）。
1909年10月，裁深坑、基隆二廳入臺北廳，裁苗慄廳入新竹、臺中二廳，裁彰化廳入臺中廳，裁鬥六廳入嘉義廳，裁鹽水港廳入嘉義廳和臺南廳，裁鳳山廳入臺南廳，裁蕃薯寮廳、恆春廳入阿猴廳，析臺東廳設立花蓮港廳，駐花蓮港。
1920年9月：實行州廳制（廳和州平級）。在實行州廳制之後，各州及個別廳之下設市，其餘區域為州廳轄下的郡或支廳。並臺北、宜蘭二廳為臺北州；並新竹、桃園二廳為新竹州。原苗慄廳劃歸新竹廳的部分屬新竹州；合併臺中、南投二廳設臺中州。原苗慄廳劃歸臺中廳的部分屬臺中州；以臺南廳西部（原安平縣）和嘉義廳（含原雲林縣）合併設立臺南州；以臺南廳東部（原鳳山縣）、阿猴廳以及澎湖廳合併設立高雄州，治打狗港。1926年7月：析高雄州原澎湖廳地仍設立澎湖廳。
1920年9月：劃臺北城郊設立臺北市，為臺北州治；劃臺中城郊設立臺中市，為臺中州治；劃臺南城郊設立臺南市，為臺南州治。1924年12月：於打狗港附近設立高雄市，仍為高雄州治；劃基隆城區設立基隆市。1930年，劃嘉義城區設立嘉義市，隸臺南州；劃新竹城區設立新竹市，為新竹州治。1933年，劃彰化城區設立彰化市，隸臺中州；以阿猴街設立屏東市，隸高雄州。1940年，劃宜蘭城區設立宜蘭市；劃花蓮港廳城區設立花蓮港市，為花蓮港廳治所。
1945年，二戰結束，根據《開羅宣言》和《玻茨坎公告》，臺灣和澎湖列島重新回歸祖國懷抱。
（來源：行政區劃網）
編輯：秋日