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在內鏡下切除胃腸息肉，一般都選擇在無痛麻醉下進行的微創手術，術後可能會出現下列不適和異常反應：
（1）胃鏡操作可能出現上腹脹痛、咽喉疼痛、下頜關節脫位、氣道誤吸咳嗽、活檢部位出血等；
（2）腸鏡操作可能出現腹痛、腹脹、肛門部痛、便意感、腸穿孔、活檢部位出血等；
（3）無痛麻醉可能出現頭昏嗜睡、倦怠無力、氣短胸悶、噁心嘔吐、氣道誤吸咳嗽、藥物過敏等；
（4）息肉切除後可能會切口部位出血、胃腸穿孔、病灶殘留復發、病理異常等；
（5）其它意外還包括心腦血管意外、感染、難以預料的併發症等。
內鏡下切除息肉微創治療通常是安全的，胃腸息肉的大小、多少、切除的方式、麻醉的時長和用藥、個人體質和耐受性不同，術後出現的不適和異常反應的嚴重程度也不相同，患者個體間的差異也很大。
絕大多數反應較輕，多數單發、小的息肉可以在胃腸檢查同時切除無須住院，只有多發或較大的息肉需要住院治療，少數出現出血、穿孔等，需緊急處理或轉外科剖腹手術治療。
出現上述不適異常在術後24小時內較為明顯，需要觀察、需要家人或護理人員的陪伴，大多數術後2~3天恢復正常，也就是說一般息肉切除後住院1~3天就可出院回家休養和繼續治療。
有關胃腸息肉術後處理，目前尚無統一的診治規範，本文所示內容根據多年本院臨床經驗、結合麻醉和圍手術管理規範和多家綜合醫院目前處理方法匯集而成，僅供參考。