從普羅提諾開始，柏拉圖學園教育中就主要圍繞形上學和神學議題，幾乎沒有政治學內容，在德性的序列中有政治德性，但只是起點，更高的德性才是目的地，因此討論《理想國》和《法義》在普羅克洛看來都主要涉及低階問題。
所以《理想國》評註成為唯一一部現存的未受揚布裡柯太大影響的作品，也就是討論形上學和神學較少的作品。全書也分七卷，其中第六卷逐句解讀了《理想國》卷十的厄爾神話，其餘部分是一些關涉到《理想國》內容的論文和講義。
對《理想國》中的主要議題進行了分別研究，而非逐句評註。其中對很多議題的關注也是後世研究《理想國》的重點，不同的是，他在解讀柏拉圖主義思想體系內容時，採用融貫的整體論思路來解釋，這一點，直到今天也有助於我們了解古代整體論的思路及其哲學意義。
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下面我們依據普羅克洛的系統性哲學創作和散論，分論題來看他的主要哲學思想，以及他和其他柏拉圖主義者的思想關聯。在談到柏拉圖主義形上學核心思想太一時，普羅克洛強調太一不只是一個脫離於我們的具體世界之外的、單純的形上學抽象物，而是能將其超越性作用於我們周遭所有事物的有實際力量的東西。沒有它，世界就沒有統一性，不可能凝聚。用他自己在著名的《神學要義》中的話說就是：
一切多樣性都以某種方式參與統一。假設某多樣性食物不參與統一。既不作為整體也不作為部分成為一；其每個部分就是一個多樣性食物，直到無窮；這些無窮的元素中的每一個又可以成為無窮的多樣性食物；因為如果多樣性食物不參與任何統一，那麼也就不以其自身整體或者其個別部分的方式參與，那麼就是在所有方面和作為整體都無窮。
這是通過反證法，說明具體多樣的事物一定需要統一性，而這個統一性的來源不是其自身，而是太一。為什麼事物必須有統一性呢？如果沒有統一性保證，我們就無法認識任何事物，因為他們都會無窮分解，就像我們看到一個老虎和一隻老鼠，他們無窮分解成部分後，都是電子、原子等基本粒子的運動，那麼作為百獸之王的老虎和過街流竄的老鼠就沒有分別，也沒法被認識，這與我們的常識相悖。
此統一性是需要的，也是我們實際上獲得了的，這樣就反推出太一在讓事物得以統一和被認知方面一直在發揮積極作用，而非虛懸的預設。有了太一，我們就不會只見樹木不見森林，不會只見區別不見統一，反之，萬物就成了混沌，因而無法被認識。
因此，普羅克洛得到了一個信條，太一遍及一切，無物不受其控制。這個想法也來自新柏拉圖主義的形上學預設：一旦我們預設了太一是萬物的唯一根源，那麼所有事物就都根植於它。同理，與太一同體，但有倫理和道德意義的"至善"，也就與個別事物有了聯繫。普羅克洛說：每個善好的事物都趨向於統一參與其中者；一個統一著就是善好的事物；至善則與太一同一。
因為如果說保存一切存在屬於至善（而且也因為全部理由在於萬物都渴慕至善），而且如果同樣的，保存和擁有個體之存在是統一體（因為通過統一體每個事物才保有存在），那麼至善不論它表現為何，都讓參與者為一，參與者也憑藉這種統合而擁有其存在。其次，如果讓並保持每個事物在一起是屬於統一，經由其出場它會讓每個事物完成。
那麼，以這種方式統合的狀態對所有事物而言就是好的。但是，如果統合本身就是好的，而一切好的事物趨向於統一，那麼不受限的至善和不受限的太一就會融合在一個單一的原理中，這個原理讓事物為一，並且經過這樣做而使其為善。
因此那些已經以某種方式遠離其善的事物，同時就被剝奪了它參與的統一；同樣類似的失去了其在統一中的份額的事物，就會受到區分的影響，而其善好也被剝奪。善好就是統合，統合的善好；至善就是一，太一是原初的善好。
這是同樣的原理，太一沒有倫理意義，但是至善就是太一之倫理意義的面相，統一性和善好聯繫起來後，就說明了太一和至善的關係，也說明了各個具體事物之善好與至善的關係，同時也呼應了太一與具體事物之統一性的關係，也說了太一和至善都是積極參與具體事物建構的，具體事物是有其正當性來源和保證的，這樣一來，多與一的關係得到加強，形上學原理對於世界多樣性的解釋力和對道德生活的指導能力也得到了加強。
神學一詞早在亞里斯多德時就已經與形上學關聯起來，研究萬物第一原理的就叫神學。在普羅克洛的神學中，有後世稱之為否定神學傾向的思考。誠如上文所說，他一方面強調太一和至善對具體事物發揮的積極性，但另一方面，他也強調太一之至上性，終極超越性。
普羅克洛認為任何更高的原因同時既遍在又不在任何地方，它之所以遍在是因為萬事萬物都分有它，而它不在是因為它從來不會與它的遍布者相混淆，它總是在超越的純粹性中保持其自身。也就是說，太一雖然不光是超越的，但同時本質上也是無法理解的，任何理解都是一種局限，使其受拘束而不再完美。他在《柏拉圖神學》中說：
然而，我們既然努力描述他是"至善"和"一"，我們也同樣把"原因"、"終極者"或"父親"的名稱冠予他，我們必須寬恕靈魂圍繞這種不可言喻的原理進行的生產，她渴望以理智之眼看見他，談論他，這是情有可原的。
但同時，"一"的獨立性和超驗性是巨大的，必須認為它超驗於這樣的一種暗示。我們可以從這些事物中得到柏拉圖的神聖觀念，以及與事物自身相適應的等級。我們可以說，這種主張的第一部分充分表明了大全之王的單一性、超驗性，總之，他不與萬物同等並列。
因此，我們要企及太一和至善，就不能全靠理性認知，普羅克洛認為，讓我們與善相連的，導致我們的活動和運動停止的，以及把一切神性確立在最初、不可言喻的善之統一性裡的，"是對神的信仰，以不可言喻的方式將所有神，所有靈明，所有快樂靈魂與'至善'聯合。
對至善的考察，既不能是認知式的，也不能是不完全的，而要任我們自己上升到神聖之光，再閉上心眼，由此漸漸確立在未知、神秘的存有之一上。這樣的一種信仰比認知活動更古老，不只是在我們裡面，也與諸神自己同在，並且所有神都據此合而為一，將他們的全部權能和進程統一地聚集在一個核心"。因此這種對至高者的理解其實是一種信仰。
總之，普羅克洛的神學思想主要反映在其《神學要義》和《柏拉圖神學》中，《神學要義》實際上是其形上學的導論，包括211個相聯繫的論題，大致可以分兩部分，第一部分是前112個論題，論證太一、沒有任何"多"的統一，是實在的終極原因，並且確立了一個基本的形上學概念結構，如原因、分有、整體與部分、無限和永恆等。第二部分處理三種真正的實在的原因：諸神（即"諸一"或"諸統一"）、理智和靈魂。普羅克洛的神學就建基於此。