鹹豐十一年(1861)，鹹豐帝駕崩於承德避暑山莊，鹹豐帝獨子載淳繼位，慈禧、皇后、生母慈安並尊為皇太后，同年十二月二日，改年號為「同治」，兩宮太后御養心殿，簾幕下聽政。為鞏固同治帝的絕對權力，保住後宮地位，慈禧太后聯合恭親王奕欣發動「辛酉政變」，成功地奪取政權。
當鹹豐皇帝駕崩後，年幼的同治帝就被推上了皇位，因為他的年紀還小，還不能治理國家，所以有些手握實權的文武大臣就開始蠢蠢欲動。因此，為維護同治皇帝的威望，也為保住自己在後宮萬人之下的地位，作為同治皇帝的生母，慈禧是坐不住的。慈禧太后憑藉眾多皇室家族的支持和掌權大權的勝保將軍，成功地樹立起自己在朝中的威信，逐漸成為其幕後操縱者。
清代後期，皇室出現繼承人危機，鹹豐帝有兩子，其中一子夭折，而同治、光緒帝無子。此外，清末皇帝的壽命也較短，鹹豐帝31歲去世，同治帝19歲去世。這些問題直接導致了皇室繼承人的年幼，從而成為慈禧太后掌權的絕佳機會。雖然慈禧太后第一次垂簾聽政只有十一年，但由於同治帝早亡，慈禧太后趁機再次垂簾聽政，擁立了醇親王奕金之子載湉。
但這樣做有悖於清朝的祖制，也有損於許多皇室的權利，因此慈禧主動把幼女撫養成人，並把教誨他的權力交給皇太后，這樣做不能維護慈安太后的話語權和後宮地位，也完全符合自己的目的，他比皇太后更好地掌管，因此得到了醇親王的支持，幾乎是所有皇室的支持，這才是慈禧的真正目的，也正因為如此，慈禧的統治才得以延續。
在他統治期間，慈禧籤署了一系列不平等條約，玩弄權勢，加速清朝的滅亡。而她又重用李鴻章、張之洞等人，發起洋務運動，開創了「同治帝中興」。「庚子後新政」、「大力辦女校、禁止婦女裹足等，慈禧似乎也不全是大錯特錯。