從順治年間開始，漕運就被清朝提到一個極高的位置。北京的錢糧供給，都需要依靠漕運提供。康熙曾把漕運、河道、鹽政列為「三大政」。而負責全國漕運事務的漕運總督，地位自然也高於尋常官員。
從官職人選就可以看出。在清朝前期，漕運總督基本都是八旗為主。到後期，到後期才逐漸轉為漢人官員。
從官階品級來說，漕運總督本身就是二品官員，又可兼任兵部侍郎，以及都察院右都御史。這樣一來，就成了一品官員。
所以，在待遇上，漕運總督的帽飾可以鑲嵌紅寶石，穿九蟒五爪的蟒袍、有仙鶴圖案的補服，每年享有1.5兩至3萬兩的養廉銀。
待遇之上，便是職權。對漕運總督而言，這一職位所負責的食物，主要是漕運和軍務。其餘民政事務，如興辦教育、賑濟救災，雖有參與，卻非專任。
對漕運事務來說，如何護送漕糧，自然是第一要務。漕運總督要保證整個過程的萬無一失，才能繼續享受現有的待遇。
從漕糧徵收、勘驗、起運、送達通州，回程準備下一年漕糧。冬天時，北方的部分運河會結冰。如果運漕糧的船隻被擋在北方，無法南歸，就會耽誤第二年的漕運。
在皇帝眼中，漕運總督就會成為一個不稱職的官員。所以，整個過程，漕運總督必須親自參與。
到北京後，只要條件允許，皇帝會親自接見，詢問有關地方漕運的相關事務。但前提是不能耽誤漕運。在護送漕糧以外，漕運總督也要督造船隻，管理漕員，能及時整頓漕運內的積弊。
這是一項重任，也是一項厚禮的職務。需要老成實幹，德才兼備的官員才可以放心。但這樣的官員並不號召。所以，清朝漕運總督被罷免也是常有的事。
漕運以外，軍務是漕運總督的另一項重任。他們除了掌管轄區內的各衛所軍隊外，還有八旗、綠營、漕標，以及淮安駐地內的守備軍。這些軍隊加起來的數目並不少。
他們不僅需要一同協助，運送漕糧，還要幫助朝廷鎮壓叛亂，平定叛匪。
不過，這些軍隊雖然歸漕運總督管轄，但在指揮上，卻又有一些特殊。例如漕標。這是一支歸漕運總督所屬的綠營兵。一個標大概有二到五個營。每個營人數不固定。多則上千人，少則數十人。
從順治年間開始，漕運總督一直上折，增加漕標軍事力量。因為漕標主要催促漕糧，保證漕運。在這種情況下，這些軍隊會聽從漕運總督指揮。因為這是朝廷賦予漕運總督的職權。
但如果是戰時，或者投入一些軍事行動。漕運總督調動軍隊，則需要奉命行事。順治年間，漕運總督王文奎奉命鎮壓叛亂。
乾隆年間，漕運總督帥顏保奉命從漕標中挑選一千人，奔赴南昌，後又馳援廣州。這兩次調動，漕運總督都需要得到皇帝的旨意，接到兵部的調令。否則，私自調兵，視為謀反。
對總督軍權的防範，貫穿清朝始終。不只漕運總督，直隸總督、兩江總督想要大規模調動，都需要得到皇帝的旨意。因為總督本身職權極大，如果他們徹底掌握兵權。朝廷擔心他們割據一方。所以，才會把調兵指揮的權力，大部分收歸朝廷，集中到皇帝手中。
漕運總督這一職位，經歷順治、康熙以後，隨著漕運的衰落，地位也不斷下降。一些地方督撫開始兼任漕運總督的職權。直到光緒年間，漕運總督被徹底裁撤，改為江淮巡撫而結束。