1926年的上半年，在上海的碼頭，林風眠走下自歐洲回國的輪船。他吃驚地發現人們正揮動著寫有：「歡迎，林校長！」的小旗子迎接他。教育部長易培基曾發電報給他，電文中聘請他出任北京藝術專科學校的校長職務。這項任務只是一種策略，目的是避免扶正對代理校長頭銜感到不快的陳延齡。但林風眠並沒有收到帶電報。
當林到達北京時，北京的文化生活已陷入了沉悶的低谷。但他一接手就愛是尋求學校的發展。餘紹宋教藝術史，李超士教西畫。林風眠還從法國迪戎聘請了他留學時認識的同學安椎·克羅多擔任油畫教師。
正當林風眠大刀闊斧地改革國立北京藝術專科學校並賦予它新的生命時，保守畫家們緊密地聯合起來，站在這位狂熱的「空降」現代派藝術家的對立面。與此同時，政治陰霾密布於北京上空。1926年3月18日，學生們遊行請願，反對政府向在中國進行擴張的日本人妥協，政府開槍射擊，打死了47名學生。段祺瑞政府下令逮捕了50多位「激進」的教授和知識分子。
隨之而來的是大批重要人物的紛紛離去。由於政治的介入，北京作為進步思想中心的地位開始動搖了。魯迅正是成百上千逃往相對安全的上海外國租界地避難的人之一。
北京成了具有林風眠式激進思想的人們的不易長呆的地方。林在當時得到了「少帥」張學良的幫助和保護，逃亡了新首都南京。在那裡，遊歐多年回國的蔡元培正竭盡全力在中國大陸發展高等教育。他在藝術界具有很高的威望，1927年，他為林風眠提供了一個在杭州創辦藝術學院的機會，在那裡林有可能把他的進步思想付諸實踐，林對此興奮不已，後來的事實也證明了這一點。
如果林一直留在北京，他以極大的勇氣和熱情所進行的現代主義教學和實踐完全有可能在北京紮下根。1927年5月，在他南行之前，他以組織北京藝術大會和發表挑戰宣言的方式，勇敢地播撒新思想的種子，恰如對1917年陳獨秀的作家宣言的迎合。
打倒模仿的傳統藝術！
打倒貴族的少數獨享的藝術！
打倒非人間的離開民眾的藝術！
提倡創造代表時代的藝術！
提倡民間的表現十字街頭的藝術！
但是林風眠之後的繼任者、正統的徐悲鴻的目標是相當不同的，那種院動力也不復存在了。1928年徐悲鴻南下到了南京，不懈努力的蔡元培在南京大學（後稱第四中山大學）建立了藝術系。國立北平大學藝術學院在徐悲鴻之後，先後由比較重要或者不太重要的人物擔任校長，到來1930年則根本沒有校長。自那以後，藝專隨著校長及人事的頻繁變動勉強維持，只由一批北京國畫家擔任著幾乎是掛名教授的職務。儘管1934年嚴智開任校長時重新籌建國立北平藝術專科學校，開設繪畫、圖工、藝術師範和雕塑四科，但仍未能恢復它在1920年代早期所具有的中心地位。隨著新藝術運動的中心在上海、南京、杭州和廣州牢牢地確立。畢業於北京的重要西畫家大大減少了。