莫扎特一生在音樂上取得了諸多偉大的成就，同時他還創作了22部歌劇作品，這源於莫扎特對管弦樂的運用豐富多樣，他能夠在快速移動的戲劇動作和喜劇片段中，通過音樂的變換，精準表達角色的情感狀態，以下這幾部是他在歌劇中的代表作品。
《伊多梅尼奧》（Idomeneo）
《伊多梅尼奧》於1781年1月首演，這部歌劇在結構上無疑是充滿創新的。在古典歌劇中，合奏的形式並不常見，但是在《Idomeneo 》中，莫扎特使用了二重奏，三重奏以及四重奏來表現，而這也產生了很大的影響，獨特的音樂反映出了緊張的情節。
這部歌劇是根據古希臘的故事改編的：戰爭英雄伊多梅內歐（Idomeneo）發誓要殺死他從溺水中被救出後遇見的第一個人，而沒想的是他遇到的第一個人是他的兒子，伊多梅內歐感到悲痛欲絕，由於他沒有辦法對自己的兒子下手，導致眾神傷害了他成千上萬的子民。
《伊多梅尼奧》是莫扎特的第十三部歌劇作品，也是他精緻的作曲風格的典範。
《費加羅的婚禮》（The Marriage of Figaro）
《費加羅的婚姻》是莫扎特與詩人洛倫佐·達·蓬特之間的首次合作。這個故事是根據博馬舍（Beaumarchais）的戲劇改編的，該戲劇於1784年首次上演。該劇在巴黎很受歡迎，但由於故事情節繁瑣，在維也納遭到禁止。
儘管如此，在達龐特的建議下，莫扎特還是同意了將其編寫為歌劇。該歌劇於1786年5月首映。
整部歌劇是基於一天的時間，即費加羅和蘇珊娜的結婚日，費加羅的主人伯爵誘騙了蘇珊娜，被費加羅發現後他決定尋求報仇。經過一系列搞笑的復仇情節，最終費加羅寬恕了伯爵，同時和蘇珊娜有了一個幸福的結局。
《唐·喬瓦尼》（Don Giovanni）
《唐·喬瓦尼》於1787年10月首映，故事情節以主人公唐·喬瓦尼為主線，講述了他心碎和謀殺的故事。儘管周圍的人付出了巨大的努力想要幫助他，但他卻因為受到暴力和邪惡的誘惑拒絕悔改，最終人們將他送入了地獄。
莫扎特豐富而生動的配樂使劇情更加戲劇化。時至今日，人們對於《唐·喬瓦尼》這部歌劇依然有著不同的解讀。一些人認為這部歌劇感情豐富，充滿悲劇色彩，而另一些人則認為它只是一部惡作劇而已。
《科西範圖蒂 》（Cosìfan tutte）
繼《費加羅的婚禮》和《唐·喬瓦尼》之後，這是莫扎特和達龐特合作的最後一部歌劇。《費加羅的婚禮》以其詼諧搞笑而聞名，《唐·喬瓦尼》則以其豐富的情節而聞名，而《科西範圖蒂 》卻以其妙趣橫生的機智故事而令人難忘。
最初的故事是根據真實的維也納故事改編的，原故事中聽起來有些歧視女性，但改編後的歌劇實際上展現的是男性糟糕的地方。在歌劇中，古列爾莫和費朗多各自吹噓他們的戀人有多麼的忠誠。於是她們決定對自己的丈夫進行測試，他們偽裝成阿爾巴尼亞人，並引誘他們的丈夫以此測試他們的忠誠度，最終他們的丈夫並沒有通過測試。
《魔笛》（The Magic Flute）
這部歌劇描寫的故事是：在日月之間的一片神秘的土地上，一位叫做塔米諾的王子被怪物所抓走，三個神秘的女士將王子從怪物中救出，但他卻無意之中看到了「夜之女王」薩拉斯託的女兒帕米娜的照片，便一見鍾情，並發誓將她從邪惡的薩拉斯託手中救出。
對於這部歌劇，常見的解讀是《魔笛》是莫扎特被迫寫下的一篇歌劇，但也有人認為莫扎特長期以來一直是席卡納德劇院老闆伊曼紐爾·史卡寧德（Emanuel Schikaneder）的朋友，寫一部歌劇在席卡納德劇院表演是很自然的。同時劇院是展現維也納文化的一個重要載體，因此莫扎特希望以此做出一些貢獻 。
莫扎特一生成就無數，其創作的歌劇總讓人們充滿了無限的想像與解讀，同時這也展現出了莫扎特驚人的創作天賦！