為了朱明王朝世代永繼，朱元璋空前加強中央集權，洪武九年廢除行中書省，設置市政使司、提刑按察使司都指揮使司分管地方民、刑、兵之權；洪武十三年在中央取消中書宰相制度，分相權於吏、戶、禮、兵、刑、工六部；設都察院監察百官，設錦衣衛等特務機構控制臣民。朱元璋還大興文字獄和製造大規模株連的冤案為子孫削棘。朱元璋認為太子柔弱，難以駕馭桀驁不馴的功臣，他要在死前為子孫剷除障礙。太子老師宋濂，早年追隨朱元璋襄贊軍事，立有大功，官至學士承旨知制誥。
朱元璋藉故殺他，太子見老師問斬，流著眼淚替老師求情。朱元璋為了開導太子，就拿來一根滿是棘刺的木杖放在地上，命太子去拾取。太子面有難色。朱元璋就教訓說:「有刺的木杖你不取，我替你削掉棘刺怎麼樣？」太子十分聰明，明白朱元璋之意，但並不以為然，委婉地勸諫父皇朱元璋說:「上有堯舜之君，下有堯舜之民。」言外，為君不能殘暴。朱元璋十分惱怒，隨手抄起一把椅子向太子砸去。這故事說明朱元璋坐上龍椅以後，把功臣視為棘刺。他深知，取天下要在馬背上，守天下要在馬下。狡兔死，走狗烹。天下一統，用不著武臣，朱元璋為了子孫的安全就要向他們開刀。用文臣治天下朱元璋仍不放心，所以從中央到地方大力加強皇權，把中央集權制度發展到頂峰，成為歷史上權力最大的君主。朱元璋興大獄。
洪武十三年胡惟庸「謀反」案，株連冤殺達3萬多人，洪武二十六年藍玉「謀反」案，株連近兩萬人。朱元璋一批又一批削棘，總計達六、七萬人朱元璋還讓特務機關錦衣衛公開活動，從幕後走向前臺。朱元璋在晚年還頒布《皇明祖訓》條例，要求子孫及臣工遵守「祖宗之法」，規定後代有改祖制者「殺無赦。朱元璋把閉關也列為「祖訓」，顯然這是消極守成的「祖訓」，給明王朝政治帶來深遠影響。如果朱明不為清朝所滅，按明朝堅守長城的閉關政策，中國能否保有現代疆域，卻是一個問號。
朱元璋為大明萬世江山苦心安排，為子孫削棘，頒示「祖訓」，但事與願違，朱元璋死後墳土未乾，叔侄爭權，他的「祖訓」就被第四子朱棣所破壞。朱棣就是明成祖，他搶了帝位，遷都北京。朱元璋誅殺功臣，以致內戰爆發，無人可使獨當一面，自己選定的繼承人長孫朱允炆死於兵火。他立鐵榜嚴禁宦官幹政，而明成祖擴大宦官為二十四衙門，宦官掌管特務機關，明朝成了宦官為禍最劇烈的朝代。朱元璋置重兵於遼東，囑子孫固守北疆，明王朝恰為關外少數民族所顛覆。歷史證明，一切雄主、暴君美夢都不會長久，因為雄主和暴君個人主觀欲望最強烈，距離客觀也就更遠。
中國落後於西方開始於明代。造成這種落後有多種原因，而其中墨朱元璋專制統治的成法，尤其是高度集權的政治體制，極權政治下的權力經濟，束縛經濟發展的關津制、海禁止、匠戶制、濫發通貨等等是主要原因。此外，明朝束縛人們思想的八股取士和文化專制主義，也是構成中國發展停滯落後的重要原因。朱元璋對歷史的功與過，都是值得人們深思的。