王陽明哲學思想的特點在於其有機主義的哲學立場。有機主義乃是包納豐富的實在、生命、價值之一切方面為一個相互依存、本質相關且互利互惠的綜合的整體，它的基本特點就是拒絕純粹的二分方法。具體而言，有機主義反對如下立場：將物與人置於孤立的系統中；將人與宇宙的動態本性局限於封閉、停滯、貧乏的系統中。這種有機主義便是王陽明哲學思想的出發點。
有機整體是個非常複雜的概念，包含身、心、意、知、物等多重且不可分割的體系，言語是難以給予充分的解釋的，這裡我們就暫且跟著王陽明的思路前行。王陽明以其先天直覺之洞察確信，(作為有機整體核心的)價論整體之理想毫無疑問地內在於人。這一點在他給《大學》作形而上的解 釋中很好地得以論證，據此王陽明將必須通過超越外界而實現理想價值的 追求原則轉化為可在人心深處追求理想價值的內在性原則。這樣，「人心」 就突顯為存在與價值整合的支點。心學也由此得以產生。
以這樣一種視角，王陽明以為《大學》裡的哲學真理(「《大學》之道，在明明德，在親民，在止於至善。」)正表明了君子的「明德」。他說：「大人者，以天下萬物為一體者也。其視天下猶一家，中國猶一人焉。若夫間形骸而分爾我者，小人矣。大人之能以天地萬物為一體，非意之也，其心之仁本若是。其與天地萬物而為一也。」不僅如此，小人也會因為惻隱、憐憫之心而救入井之孺子。所有人，無論是大人還是小人，在聽到無助的小鳥哀號時、 在看到喜愛的花木枯萎時，都會感到悲哀，這些仁愛的情感均植根於人的良心，這種情感使我們的良心明確地意識到何謂「明德」。
「明明德」使人恢復原本完整的天命之性，而合乎博愛之實行。對花草動物要關愛，對人更是如此。不過，就人而言，人之私慾往往會屏蔽人之天 性，使人墮落為小人，只有剔除私慾，即「明明德」，小人之心便可轉化為大人之心，實踐仁愛行動。以同樣的方式，「明明德」還能證明親近不同社會關係中的人們，即「親民」，乃是萬物一體的最好例證。他說：「明明德者，立其天地萬物一體之體也；親民者，達其天地萬物一體之用也。故明明德必 在於親民，而親民乃所以明其明德也。是故親吾之父，以及人之父，以及天下人之父，而後吾之仁實與吾之父、人之父與天下人之父而為一體矣。實與之為一體，而後孝之明德始明矣。親吾之兄，以及人之兄，以及天下人之兄，而後吾之仁實與吾之兄、人之兄與天下人之兄而為一體矣。實與之為 一體，而後弟之明德始明矣。君臣也，夫婦也，朋友也，以至於山川鬼神鳥 獸草木也，莫不實有以親之，以達吾一體之仁，然後吾之明德始無不明，而 真能以天地萬物為一體矣。」這就表明了仁愛精神會流轉於不同社會關係中，使所有人與我在「明明德」之精神存在中親密無間。
可見，「明明德」是「心」作為價值論的整體而「止於至善」的要點所在。 它使得人與天地親密一體。這種「天人合一」的感覺對早先思想家而言乃 是哲學追求的最終目標，現在對王陽明而言卻發展成為哲學的出發點。他說：「惟天下之至聖，為能聰明睿智。舊看來，何等玄妙；今看來，原是人人自有的。耳原是聰，目原是明，心思原是睿智。聖人只是一能之爾。能處正是良知。眾人不能，只是個不致知。何等明白簡易。」他又說：「這良知人人皆有，聖人只是保全無些障礙。」這一句話暗示了聖人是自發地具有直覺知識，而普通大眾需要通過有效努力而實踐之。兩者除了效果不同之 外，其精神卻都是集中於「心」而已。因此，我們只要通過自我覺醒以至於 「明德」，「至善」之理想便可在每個人心靈深處內在地實現。於是，王陽明把必須通過超越外界而實現理想價值的追求過程轉化為可在人心深處追求理想價值的內在超越過程，把前人未曾參透的人之主觀能動性發揮到極致。
根據王陽明的內在超越過程，許多相對立的概念都融合起來了。第一，認識之心與客體內具之理(道德理性)的融合。心剔除了私慾之偏見，便由天理構成，它來自主體內心深處的良知不是來自外在於心的客體，而理只是心之用，故二者在控制私慾的前提下合二為一。他說：「以此存乎天理之心，發之事父便是孝;發之事君便是忠;發之交友便是信與仁。」又說：「孝親之理，只存於孝子之心，非在於所親也。」所謂「心即理」便是如此。
第二，存在與價值的融合。一般而言，事物被客觀地加以認識，無涉於價值，而價值則是反映主體的精神面貌，兩者在現實中往往存在著斷裂，例如，侍奉年老父母與自身生活困難之間的矛盾；複製人類與社會倫理的衝突，等等。但是，根據王陽明的觀點，存在與價值交織為不可分割的整體，主要是因為心已經成為存在、價值整合的支點，存在和價值均由於本身至善的心的活動而得以確定。這個道理由《傳習錄》所記載的遊南鎮的故事 最能說明。「如此花樹，在深山中自開自落」，著眼的是客觀存在，不以人的 意志為轉移；「此花顏色一時明白起來」，則是相對於觀花的主體，其感受與人的主觀性相關聯，並且具有相對性。「花」因人的出現而得到反映，所謂 「心外無物」即是如此。
第三，身、心、意、知、物是一個有機的整體。在更為廣泛的形而上思考 中，王陽明把身、心、意、知、物簡化為一個不可分割的整體而闡明其有機 論。一個叫陳九川的學生問：「物在外，如何與身、心、意、知是一件？」王陽 明說：「但指其充塞處言，謂之身；指其主宰處言，謂之心；指心之發動處言， 謂之意；指意之靈明處言，謂之知;指意之涉著處言，謂之物。」這段話清楚地表明心與身、意與知、知與其所涉之物之間的相互關係，它們是一個有機的整體。從認識論上講，知是心到達其自身設定之物的一種理解活動，它的直接後果便是產生了所知之事，猶如上述的「花之顏色」，表現了認識能力與認識對象的統一，也進一步證明了「心外無物」這一命題。
第四，知行合一。根據「心外無物」、「心即理」的基本命題，知行合一則是解決先驗之知和經驗活動之間內在循環關係的邏輯展開。現代很多學者由於接受知與行的二元立場，無法將惡念掐滅於萌芽，因為惡被視為單 純的存在。在王陽明看來，「妄念始萌，已具行動之機」，因此，為善去惡須 「防於未萌之先，克於方萌之際」。他說：「知是行的主意，行是知的功夫。」也就是說，行而無知的引導乃是盲目衝動，知離開了行的檢驗則是任意的想像。在現實中，基於「明覺精察」，知即是行，有賴於「真切篤實」，行即是知。
第五，「格物」與「窮理」的一致性。與「知行合一」這一學說並行不悖的，則是對「格物」與「窮理」的解釋。在王陽明看來，「格物」與「窮理」均離不開人心。「格物」是心之用，主要是通過處理日常事務以到達「至善」。因為「心之所發便是意。……意之所在便是物。如意在事親，即事親便是一 物；意在事君，即事君便是一物」。以誠意為起點，心展開其「格物」之用， 就能將心之直覺知識傳遞到所格之物，所謂「致知」大概如此；「窮理」亦是 心之用，其重點在於通過心之直覺知識而論證心本身的性質。
有機主義的哲學立場把身、心、意、知、物都包容在一個整體內，但在最為抽象的意義上，心才是有機整體的核心，這在上文一開始就提到，現在有必要再進一步分析以說明陽明學派的思想。更確切地說，王陽明先生是把心作為統籌心與物、「格物」與「窮理」、「窮理」與「明明德」之間關係的上位 概念。既然是上位的東西，心便同時具有靜和動的性質，其靜是由於其作 為永恆之性包含於天地之中，跨越時空；其動是由於其感應了意識或情感而湧現於現實的人群中。理想的心之狀態是「靜」為永恆之性之「中」，「動」 為湧現的意識或情感之「和」。這樣，他便恰當地從心中演繹出性、理。他說：「在物為理，處物為義，在(人)性為善。因其所處而異名，而皆吾心 也。」又說：「心外無物、心外無理、心外無義、心外無善。」這就是說，與心 有關的任何事物，以及與心有關的意向或認識活動都不過是心之所涉。 「格物者，格其心之物也，格其意之物也，格其知之物也。」因為「正心者，正 其物之心也；誠意者，誠其物之意也；致知者，致其物之知也。豈有內外彼 是之分哉？理一而已」。這些論證都說明：心是一切秩序的立法者。陽明心學有兩個要點：人心完美地凝定於天理而不為外物所動；絕對保證心體本來至善，其用在於能演繹出性、理等概念，並助人「明明德」直至「止 於至善」而又不離開人心(良知)，由此便帶來有機主義的整體。