布政使和巡撫的設置，要追溯到明朝。明初地方各省不設主官，權力一分為三，分屬布政使司、按察使司和都指揮使司。布政使司負責地方民政及財政，主官為左、右布政使。
後來為加強統治，又開始向地方派遣巡撫和總督，以便節制三司。最初巡撫不是常設，不過受皇帝差遣，到地方巡視，有欽差性質，後逐漸演變為地方常設軍政長官。
清朝繼承了明朝這一官制，也在地方設置了布政使，負責一省民政和財政，品級從二品。與此同時，清朝徹底將巡撫的職守固定化，作為一省最高軍政長官出現，品級也是從二品。但是，巡撫不是尋常的行政主官，其手下有直屬的撫標可以調動，肩負著制約一省綠營最高長官提督的重大使命，同時還參與一省司法，所以一般巡撫都會加兵部侍郎銜和都察院右副都御史銜，官品提升為正二品。
最初，布政使也並非完全淪為巡撫的屬官。由於布政使主要掌管財政，是一省的錢袋子和財神爺，俗稱藩臺，其地位至關重要，故巡撫也多以拉攏為主。
在《雍正王朝》中，江蘇巡撫李衛為了推行雍正的攤丁入畝，可謂煞費苦心，不僅要靠劉王氏一案去搬倒黃倫，還要跟江蘇的士紳鬥智鬥勇。他跟雍正抱怨，說江蘇的官不行，希望能把江蘇的藩臺、臬臺全換了。由此可見，此時的巡撫當然可以管轄布政使，但二者的關係卻遠比簡單的上下級關係複雜得多。
直到乾隆年間，才正式規定了巡撫與布政使之間嚴格的上下級關係。至此，巡撫正式成為布政使的頂頭上司，而布政使則為巡撫屬官，雙方權力和地位上的差別才真正拉開。巡撫是真正的封疆大吏，而布政使僅僅是一名地方官。
即便如此，清朝地方權力架構依然是犬牙交錯且相互制衡的。布政使雖然為巡撫屬官，但依然保留了密折專奏權，可以上折直達，這也多少令巡撫有所忌憚。
當然了，在清朝，巡撫和布政使之間，究竟誰高誰低，誰大誰小，這其實並不重要，重要的是誰獲得了皇帝的恩寵，誰就腰杆挺得直。