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全新升級｜安諾發布新一代10x Genomics單細胞轉錄組結題報告
-好心動，趕緊讓我也看看~10x Genomics單細胞轉錄組測序是當下單細胞研究領域最常用的技術之一，自發布以來，一直深受科研人員的關注。10x Genomics單細胞轉錄組測序在細胞異質性研究中具有顯著價值，目前已廣泛應用於細胞圖譜構建、細胞異質性研究、發育及分化、免疫反應、新型細胞發現等領域。
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聊一聊10X genomics的技術發展史
因此，10X genomics公司在單細胞轉錄組後，緊接著推出單細胞免疫組庫就是順理成章的事情。對於這樣的課題，對樣本開展10X genomics免疫組庫研究，可以實現一份實驗兩套數據（分別檢測5』轉錄組和免疫組測序），是性價比非常高的方式。所以，10X genomics V(D)J測序也非常受歡迎。2018 單細胞DNA-seq單細胞測序必要性的基礎是對應組學在機體各個細胞中不同。
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神助攻帶你「撩」起單細胞轉錄組
帶著無比喜悅，無比激動的心情，小編用幾個數字給您炫一下10x Genomics這一神助攻應用於單細胞轉錄組測序的六大優勢！本研究應用10x GemCode™平臺對29個細胞系及RNA樣本，共250,000個單細胞，及68,000個外周血單個核細胞（PBMC）進行3』單細胞轉錄組測序分析。1.
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Direct-seq:單細胞水平分析CRISPR基因編輯篩選實驗 | Genome...
論文標題：Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen 期刊：Genome Biology 作者：Qingkai Song, Ke Ni et.al 發表時間：2020/06/08 數字識別碼：10.1186/s13059-
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希望組正式推出納米孔單細胞全長轉錄組測序分析服務
單細胞RNA測序(scRNA-Seq)是分析細胞間異質性的一項關鍵技術，但是基於短讀長的單細胞測序缺乏識別全長轉錄本的能力，不能開展更深入的細胞間異質性研究，例如可變剪接、基因融合事件等。因此，結合了長讀長測序技術的單細胞全長轉錄組備受矚目。
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泛癌單細胞RNA-seq識別22種癌症類型細胞異質性重複程序
例如，罕見的腫瘤細胞亞群可能是造成癌細胞耐藥性及轉移的潛在因素。目前，實驗室培養的細胞系是癌症研究的主力軍，但不清楚它們在多大程度上概括了腫瘤惡性細胞之間的異質性。隨著測序技術的發展，單細胞RNA測序（scRNA-seq）已經成為研究腫瘤內異質性（ITH）的有效工具。
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10x單細胞免疫組庫VDJ數據分析就看它
2015年，10x Genomics發布了基於微流控和油滴包裹技術的Chromium單細胞系統平臺，可實現高通量的單細胞轉錄組和單細胞V(D)J測序。不但可以將TCR/BCR雙鏈完美匹配，而且可以細化到單細胞水平，同時獲得表達譜信息。目前該技術也是研究單細胞免疫組庫應用最廣泛的技術，那麼10x 單細胞免疫數據該如何分析？分析結果又有哪些呢？今天小編帶大家來聊聊單細胞免疫組庫測序數據分析那些事。
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單細胞轉錄組+蛋白組+bulk RNAseq！多組學繪製全面肺衰老圖譜
本文作者使用單細胞轉錄組學和基於蛋白質組學的質譜分析（mass spectrometry-based proteomics）來量化年輕和年老小鼠肺部30種細胞類型的細胞活性狀態變化。作者發現，衰老會導致轉錄噪聲增加，並且放鬆對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對於細胞類型特異性的影響，發現2型肺細胞和脂肪成纖維細胞膽固醇合成的增加，以及呼吸道上皮細胞的改變，是肺部老化的幾大標誌。
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單細胞轉錄組+蛋白組+bulk RNAseq!多組學繪製全面肺衰老圖譜
本文作者使用單細胞轉錄組學和基於蛋白質組學的質譜分析（mass spectrometry-based proteomics）來量化年輕和年老小鼠肺部30種細胞類型的細胞活性狀態變化。作者發現，衰老會導致轉錄噪聲增加，並且放鬆對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對於細胞類型特異性的影響，發現2型肺細胞和脂肪成纖維細胞膽固醇合成的增加，以及呼吸道上皮細胞的改變，是肺部老化的幾大標誌。
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【中文在線網絡研討會】單細胞ATAC-Seq入門:高解析度表觀基因組學研究
對單細胞分析感興趣？想在單細胞水平高解析度的研究組織樣本？在單細胞解析度下發現表觀遺傳異質性。探索單細胞ATAC-Seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using Sequencing）技術，這是一種創新的方法，用於分析數百至數千個細胞的全基因組染色質可接近性。
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一篇文章終結你對單細胞核測序的所有困惑
單細胞測序（single-cell sequencing）是解析生物學現象最強有力的技術手段自19世紀30年代細胞學說提出以來，「細胞是生命活動的基本單位」這一概念便成為生物學研究和發展的基石，近200年來的實驗不斷證明，我們只有了解細胞的特性與功能，才能深入理解生命現象的深層機制
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我國科學家實現單細胞表觀組學新突破:兩種革新單細胞ChIP-seq技術...
多細胞生物體由具有相同基因組的不同細胞類型組成，在器官組織發育過程中，細胞狀態和細胞命運決定的機制一直是領域普遍關心的問題。無論在發育過程還是疾病狀態下，表觀遺傳因素（不改變DNA序列的情況下卻能引起基因表達變化或表型）在細胞命運決定中起著指導性作用。細胞類型和功能異質性往往通過調控基因表達來實現。
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Direct-seq:單細胞水平分析CRISPR基因編輯篩選實驗
第二，細胞異質性是近年來生物學研究的重點與熱點問題。在對篩選終點的細胞群進行分析時，儘管它們呈現出類似的表型，然而它們在分子水平上的異質性是不明確的。西湖大學近期在開放獲取期刊Genome Biology 上發表了一項研究成果Direct-seq，該研究開發了一種將CRISPR遺傳篩選與單細胞RNA-seq結合的新技術，通過改造gRNA序列，在單細胞水平將細胞的「基因型-基因表達譜-表型」關聯起來，從而克服了上述兩點局限性。
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湯富酬課題組與合作者開發出單細胞轉錄組三代單分子測序新方法
2009年首個單細胞轉錄組測序技術問世，開啟了單細胞組學時代（scRNA-seq）（Tang et al., 2009）。過去十餘年間單細胞測序技術的不斷發展極大地加速了生物醫學領域的相關研究，幫助科研人員克服了稀有生物樣本以及生物樣本內生異質性等重大挑戰，一系列模式生物及人類自身的單細胞轉錄組圖譜也由此誕生。然而目前的單細胞測序技術幾乎全都是基於二代測序平臺，測序讀長短，一般在150bp左右，即使採用雙端測序技術，測得的有效讀長也不超過500bp。
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【學術前沿】張世華課題組提出解決單細胞轉錄組數據高度缺失及...
>傳統的基因測序技術採用「混池」（bulk）測序，得到的是一群細胞中基因表達水平的平均值，掩蓋了細胞之間的異質性，這對於理解生物細胞的多樣性存在明顯的局限性。單細胞轉錄組測序（single-cell RNA-seq）能夠獨立地提供每個細胞的基因表達圖譜，這樣就可以揭示各個細胞間的微小差異，找到單個細胞的獨特性，對於我們理解細胞的起源、功能、發育等有著至關重要的作用。
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單細胞多組學技術的深度解析
一，單細胞多組學技術的誕生單細胞測序技術的進步使人們能夠以前所未有的解析度和規模研究多細胞生物的基因調控程序。單細胞多組學工具的開發則是邁向了解生物系統內部工作的又一重大步驟。單細胞技術發展的最初努力集中在單細胞RNA測序上，它可以剖析轉錄組異質性，揭示給定複雜組織中以前未知的細胞類型或細胞狀態。
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綜述科普|染色質調控區域的研究:對CHIP-seq和ATAC-seq發展的深入思考
用抗體孵育的細胞分布在孔中(每孔200~2000個細胞)，然後加入不同的PAT進行第一輪試驗。所有細胞被匯集並重新分配到不同的孔(每孔20~25個細胞)，最後用不同的PCR引物進行第二輪擴增(圖2C)。利用coBatch產生的單細胞數據，研究人員成功地實現了對內皮細胞和間充質細胞等細胞類型的高通量鑑定，深入揭示了內皮細胞群體的異質性。
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萬字長文 | 單細胞轉錄組分析最佳思路綜述
TPM實際上改進了RPKM/FPKM方法在跨樣品間定量的不準確性。單細胞測序中使用的歸一化方法由於細胞種類和基因錯綜複雜，有人就在bulk的基礎上進行了改動。）可以借用bulk的方法（如TPM），來矯正基因長度【這個問題在10X中不存在：in 10x single cell 3' or 5' gene expression assay, this gene-length bias does not exist. https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/115003684783-How-to-calculate-TPM-RPKM-or-FPKM-instead-of-counts
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寒冬12月單核轉錄組文章集錦:找點時間找點空閒,看看別人都研究了啥!
文章二：單核RNA-seq鑑定多核骨骼肌纖維的轉錄異質性 然而，這些功能紊亂背後的細胞類型及其相應的轉錄途徑尚不清楚。在這裡，作者應用單核RNA測序(snRNA-seq)和RNA-seq相結合的方法來評估模擬阻塞性睡眠呼吸暫停低通氣症候群(IH)暴露後vWAT中細胞的異質性。
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泛腫瘤單細胞RNA-seq可鑑定導致細胞異質性的常見程序
泛腫瘤單細胞RNA-seq可鑑定導致細胞異質性的常見程序 作者：小柯機器人 發布時間：2020/11/4 16:45:44 以色列魏茨曼科學研究所的Itay Tirosh團隊利用泛腫瘤單細胞RNA-seq鑑定出導致細胞異質性的常見程序