初來劍橋大學三一學院的牛頓是一名減費生，因此，他為比他小一到兩歲的同學們準備過用餐，打掃過學院的庭院，清潔過廁所、教室，幹過所有減費生需要幹的活。和其他學生比較起來，牛頓雖然有些辛苦，但他完全沒放在心上，他更關心的是自己是否有機會獲得更多的時間來學習。牛頓認真求學的態度感動了院長，在院長的幫助下他獲得了「僕役生」的資格。僕役生也是同樣需要通過勞動來換取減免學費和免費就餐的資格的。
牛頓要給一名教授做僕人，但幸運的是他的導師每年只有五周的時間住在劍橋的寓所中。這樣牛頓便有更多的時間供自己自由支配，他可以把更多的精力用於學習上了。時間是寶貴的，他在通往科學聖殿的旅途上躬身前行，把生命的火焰燃燒到了極限。他不願浪費掉一絲的光陰，就連一秒的分神都令他心痛。在同學們郊遊、打撲克、下棋、唱歌、下酒館時，牛頓把自己能支配的所有時間都用在了學習上。時間對於牛頓來說是那麼的寶貴。他每天需要做什麼，都安排得緊緊張張，不留一點空餘時間。即便是這樣，牛頓還是感覺時間不夠用，他真希望能有更多的時間用於學習。
1664年，牛頓終於獲得了摘掉僕役生帽子的機會。只要牛頓通過規定的學術考試，他就可以成為劍橋大學的一名學者了。牛頓當然沒有錯過這樣好的機會，他如願通過了學術考試，按規定成了一名學者。這樣一來，他不僅可以在學院裡享受免費的飯食，而且還會有固定的薪水，不用再過減費生、僕役生的生活，可以自由自在地學習了。三一學院的研究基金是只給那些享受學院獎學金的人的，全校只有21個優勝者獎學金名額。按照學校規定，享受學院獎學金的人每人的年津貼大約是4英鎊。學校沒有明確說明選擇標準，雖然說需要是決定的因素，但很難設想完全不考慮學術上的發展前途。
三一學院的每個方面都對牛頓獲得獎學金有影響。當時整個大學實行的是贊助人制度，主要是靠影響力和各種關係，吃虧的就是那些沒有任何地位及贊助人的學生，尤其是減費生。那些享受特權的學生又成了牛頓獲得獎學金的一大障礙。他們年復一年，很容易地拿走三分之一的獎學金名額，這樣，他們當時的地位也最高。整整一個世紀，三一學院的研究員有一大半都是來自特權學派。1664年選出的獎學金獲得者人數比以往多很多，這對牛頓來說是極為不利的，這也是牛頓學生生涯中唯一的一次。如果牛頓沒被選上，在劍橋佔永久位置的一切希望都將會毀於一旦。為此，牛頓開始重讀逍遙學派的《物理學》。他利用所有的空閒時間，勤奮耕耘了另外兩章。他感覺這些還遠遠不夠，又開始閱讀福西厄斯的《修辭學》和關於倫理學的著作。
從1661年進入劍橋大學三一學院起，一直到1664年，牛頓在這裡度過了四年的難忘時光。在這四年的時光中，牛頓的學識有了很大的進步，他由對科學的懵懂，逐漸站到了他那個時代的前列，雖有不足，但非一般人可比。只要通過最後一次考試，他就能如願拿到學士學位，他和幾百位學士學位的候選人，參加了有幾百年歷史的學位考試。這是他拿到學位之前的最後一次障礙。終於，牛頓在1665年春天如願拿到了學位證書。雖然牛頓不是全才，但牛頓在除文法外的其他科學領域都是很出色的。在讀書期間，他通過自己的不懈努力，取得了不少後世公認的一些發現，有些就是在完全封閉的狀態中獨立思考完成的。這些發現牛頓並未在當時立刻就公開，但從後人的眼光來看，在這麼年輕的時候就取得了這麼大的成績，如果它們不是發生在牛頓身上，這是不可想像的。
牛頓的才學博得了年輕的客座教授巴羅的認同，通過幾年的學習交往，牛頓和巴羅已成為感情至深的好朋友。巴羅決心把牛頓引向自然科學的更高峰，他決心讓牛頓成為自己的助手，成為一名研究員。巴羅是那個時代有影響力的數學家，能做他的助手不是很容易的事情，許多人都想謀得這個職位，這對於剛畢業的年輕人來說不僅僅是無上的榮譽，更難得的是，牛頓以研究員身份工作可以拓寬其研究的領域。牛頓當選之後，就不再是減費生了，他可以享用學院提供的夥食，每年也會獲得車馬費和同等數額的薪金。更重要的一點是，他有了四年的保證，可以在無約束的情況下進行研究，直到1668年他取得了碩士學位。如果他能獲得研究員的位置，還有可能繼續下去。
障礙排除了，牛頓可以全身心地投入自己發現的研究領域了。他在小學時表現出對自己感興趣的事痴迷的程度，而在這個時期，則表現為成熟的智慧。這在他的筆記中，就隱含了那種猶豫已完全消失，取而代之的是男人那種專注的研究熱情。當牛頓一旦想要攻克某一難題的時候，經常是忘記了吃飯。他留在盤中的食物都把貓給養肥了，他的這種習慣使他的同代人感到非常吃驚。他經常忘記睡覺，第二天早上他為發現了某個新命題而心滿意足，至於沒睡覺的事他早已忘記了。