2011年8月，饒毅在博客貼出簡短聲明：「在2011年8月17日後，將不再成為候選人」。饒毅稱此舉「也許這樣做了，對改變風氣有一定促進作用。」
2011年中科院院士增選，饒毅第一輪落選。這個消息在學術界引起了不小的震動。美國科學院院士、北京生命科學研究所所長王曉東表示，饒毅是國際一流的科學家，其學術水平不僅遠在同領域的第二輪候選人之上，也高於部分院士。這是一個非常準確的評價。從目前流傳出來的候選人排名信息來看，饒毅排名相當靠後，施一公也是勉強進入第一輪末尾，排在基礎生物組第一的正是近日沸沸揚揚的武大舒紅兵。這個結果提供了一個絕好的參照系，它完全顛覆了學術界的共識。不說它排倒了，也絕對不是候選人學術水平的真實反映。如果是的話，那只能是中國院士的水平太低了。
在得知饒毅出局後，清華大學生命科學學院院長施一公表達了自己的「不理解」，「為了更好地在中國鼓勵科技創新，保持創造力、學術活力，應該提倡把學術水平及科學貢獻與科學家的個性和做事方式分開，要給有個性的科學家提供寬鬆的空間。」
對於饒毅的落選，有人開始為他鳴不平，認為是他一貫的「大嘴巴」為自己找來了麻煩。但饒毅笑著搖搖頭對記者說：「我可能話多一點，這可能是一個因素，但不是唯一的。不說話的照樣被冷藏、被打壓。」
院士增選中的潛規則已不是什麼秘密。有一定的學術成就，加上有實力的行政職務和大力度的公關已經成為進軍院士的有效途徑，現在申報人中帶長字的居多。難怪王曉東說「華人科學界特別是生命科學領域的科研人員，鮮有不感到震驚和疑惑的」。在這種情況下，饒毅的落選和舒紅兵的第一無疑是饒毅的光榮。支持饒毅，希望饒毅能夠繼續為推動國家科學的健康發展出力。
郭德綱自稱「非著名」相聲演員，結果他火了；饒毅宣布要當「非院士」科學家，結果他的落選比當選還引人注目。實際上，普通人並不具備判斷專業問題和衡量科學成就的能力，但是公眾反感院士的功利化、庸俗化、娛樂化，也有權要求更為公開、透明、獨立的院士遴選制度。