1943年2月11日，日本海軍聯合艦隊司令部從"大和"號下來，轉移到司令部設備更完美的"武藏"號，即大和級戰列艦的二號艦。它保持了舊日本海軍的三個記錄，一是舊日本海軍建造的最後一艘戰列艦，二是擔任聯合艦隊旗艦的最後一艘戰列艦，三是太平洋戰爭期間擔任聯合艦隊旗艦時間最久的一艘艦。
在"武藏"號擔任聯合艦隊旗艦410多天的任期時，約280天停留在日本南太平洋前線基地特魯克，這麼長的時間，"武藏"號沒有上前線戰鬥，它在幹些什麼？
1、武藏體操學校
只在GF司令部在特魯克，即使一動不動，每日也要消耗一萬噸重油。為了不妨礙艦隊的作戰行動，"大和"、"武藏"號不得不考慮節省用油，大部分時間都在進行停泊訓練。有時油料情況允許，就會在環礁內行動，進行主炮射擊、編隊運動等。
"大和"號艦長松田千秋艦長曾是海軍大學校教官，也有軍令部勤務的經驗，他將士官室士官匯集到後甲板，用兵棋演習來訓練他們。如此一來，既省了油，又能進行戰術研究。"武藏"號的有馬馨艦長身材魁梧，非常熱衷於體育，他的格言是"強大的戰鬥力源於健康的體魄"。在"武藏"號寬闊的甲板上，他經常帶領全體乘員進行體操運動、刺刀術訓練等等。因此，兩艦也被稱為特魯克基地的"大和海軍大學校"和"武藏體操學校"。
▇在甲板上比拼刺刀術的水兵。
2、武藏旅館開業
GF司令部轉移到"武藏"號之後，"武藏"號的艦內就變得繁忙起來。當然，帶有軍樂隊演奏的豪華用餐也一起過來了。從此，"武藏旅館"開業了。
說起司令部的用餐，有全套西餐和豐盛的和式晚餐，其實也並非只有司令部能享用，雖然等級不同，實際上都屬於日本海軍軍艦範疇的乘組士官的慣例飲食，準士官也以此為標準。"武藏"號士官們的一日三餐由士官廚房提供。士官廚房也進行了細分，士官室廚房給分隊長級別以及上的提供飯菜；第一士官次室廚房為中尉、少尉、候補生提供飯菜；第二士官次室廚房和準士官廚房分別為特務士官的中尉、少尉以及各科兵曹長提供飯菜。與司令部一樣，各士官廚房都有身為軍屬的聘用廚師烹飪飯菜，其他廚房的烹飪工作則由主計兵負責。士官（包括準士官）與下士官兵的飲食最大的不同在於，前者以扣除工資的方式購買喜愛的食物讓廚師烹飪，後者的飯菜全部由海軍免費提供。
▇伊勢蝦是日本的高級食材，海軍軍官們想吃也是沒問題的。
司令部的飲食如此豐盛，原因就在於夥食費的差距。例如，聯合艦隊司令部以最高的司令長官為首的參謀長、參謀們當時一餐支付45錢的費用。按照規定和慣例，軍官的夥食沒有等級之分，一律同等。然而，艦長等士官、特務士官一餐卻只需支付40錢，準士官支付35錢。而且，想吃得更好還可以另外掏腰包，飲食自然就更豐富了。
3、開闢新的糧食來源
1943年4月，聯合艦隊司令長官山本五十六離開"武藏"前往拉包爾，在乘機飛往肖特蘭島方面前線視察的途中，遭到美軍機的埋伏，與機同墜毀。
4月25日，古賀峰一大將接任聯合艦隊司令長官一職，登上特魯克的"武藏"號。大概過了三周，"武藏"號帶著山本長官的遺骨暫時返回日本。待古賀長官完成軍令部和海軍省的要務，"武藏"號也結束入渠修理後，再次離開日本，8月5日到達特魯克。
▇送山本五十六司令長官遺骨回國的"武藏"號。
停泊在特魯克的"武藏"和"大和"號以及其他艦艇都需要接受聯合艦隊附屬的特務艦"間宮"和"伊良湖"號從內地直接運來的食物、被服等補給。畢竟特魯克群島只是南洋群島中的小部分島嶼，這裡不可能有充足的生鮮食物，也沒有儲存食物提供給數萬名艦隊將士。在這裡能獲得的新鮮食物只有鰹魚。
再次回到特魯克的"武藏"號等艦船開始嘗試讓乘員上島開闢種植園。於是，每天都有一大批各艦的乘員上島勞作。起初沒有任何收穫，但沒過多久，種植的黃瓜、茄子結出喜人的碩果。因為這裡是熱帶，植物的生長發育相當快。讓乘員上島勞作，除了獲取一些新鮮蔬菜之外，也是為了讓運動不足的乘員活動活動筋骨，保持身體健康，對此，乘員們也相當樂意接受，每天都開心的乘坐短艇上岸勞作。不過，海軍禁止乘員採摘椰子，因為那是島上居民重要的財產。
▇水兵們在島上開闢了菜園，用於補充新鮮蔬菜的不足。
當然，島上勞作所收穫的蔬菜什麼的根本是杯水車薪，主要還是要依靠來自內地上述兩艘給糧艦。除了米、麥、肉、魚、蔬菜等，兩艦都有強大的食品再加工能力，能給將士提供麵包、點心，甚至還能自制蒟蒻和豆腐，當然還有最受熱帶作戰將士喜愛的冰激凌。
▇舊日本海軍最有人氣的給糧艦"間宮"號。
4、旅館歇業
到了特魯克之後，"武藏"號依然沒有出戰的機會。乘員每天從全員起床的號令開始，收拾寢具、甲板大掃除、洗臉、早飯，然後又是甲板大掃除。緊接著就是日常訓練。這樣的日子每天重複著。
進入1943年10月中旬後，特魯克也變得不再太平，不斷有美軍特混部隊在特魯克方面出現的情報傳來。10月17日，古賀長官率領"武藏"號等戰艦部隊、機動部隊、迎擊部隊的決戰兵力主動尋敵迎擊。19日進入埃內韋塔克環礁錨地，24日在威克島西面海面派出偵察機搜索美軍，但未能有所發現。礙於重油問題，此次出擊只能就此結束。在撤回特魯克的途中，航母以"武藏"號戰列艦部隊為目標展開航空戰訓練，戰艦群也實施主炮射擊訓練。
▇遭到美軍轟炸的特魯克島環礁。
然而，中部太平洋的戰況急轉直下，上空烏雲密布，"武藏旅館"宣告歇業，1944年2月10日離開特魯克返回橫須賀。此後沒有再來特魯克。