1.果蔬汁提取
目前果汁的提取方法主要是加壓榨出和過濾,果汁加工時首先將植物細胞壁破壞。大多數植物細胞壁主要由纖維素、半纖維素和果膠物質等組成,細胞壁的結構較緊密,單純依靠機械或化學方法難以將其充分破碎。
2.果汁澄清
果膠酶能隨機水解果膠酸和其他聚半乳糖醛酸分子內部的糖苷鍵，生成分子質量較小的寡聚半乳糖醛酸，使其粘度迅速下降，容易榨汁過濾，提高果漿出汁率，改善果汁澄清效果。
果膠裂解酶（果膠酶的一種）對蘋果汁有較好的澄清作用，但對葡萄汁效果不明顯。對於柑橘汁，因要求霧樣混濁，應當使用不含果膠酯酶的聚半乳糖醛酸內切酶進行處理。
由於果膠裂解酶可避免甲醇的產生，也可避免部分脫酯的果膠同鈣離子形成沉澱，還可避免構成各種水果芳香性成分的酯類物質的損失。所以有研究表明果膠酶製劑若用於果蔬汁和果酒加工，最好含有較多量果膠裂解酶。
3.改善果蔬飲料的營養成分
利用果膠酶生產果蔬汁不僅提高了出汁率,而且保留了果蔬汁中的營養成分。首先果蔬汁的可溶性固形物含量明顯提高，而這些可溶性固形物由可溶性蛋白質和多糖類物質等營養成分組成,果蔬汁中的胡蘿蔔素的保存率也明顯提高。酶處理後的果汁的葡萄糖、山梨糖和果糖含量顯著提高,蔗糖含量略有下降,總糖含量上升。
目前我國對果膠酶的工業化應用還處於相對滯後的狀態,為提高果膠酶的使用率,簡化產品提純工藝並達到連續化生產的目的,將果膠酶固定於廉價載體上已成為國際上研究的一項重要課題。
截至目前，其工業應用主要仍集中在果蔬汁加工方面，其他方面雖然有所涉及，但相關技術仍然不夠成熟，也就是說，果膠酶在應用中還存在一定的局限性。
另外，果膠酶作為一種複合蛋白酶，其作用效果受溫度、pH值、時間、底物等因素影響，且因生產者的目的不同，果膠酶在生產中的添加量及作用方式也有差異，所以在實際應用中需要綜合考慮各方面因素，選擇最佳的溫度、pH值等，力求使酶發揮最佳效用。（參考搜狐網）