由於雜交信號的強度與探針的特異活性成正比,而與其長度成反比

2020-11-22 小鋪情感

動物基因組DNA這種初始DNA基因組複雜性較高且(或)序列很複雜的情形，最好使用一個基因組瀏覽器去選擇一個合適的探針序列。

有一種比對工具可被用來在起始基因組中尋找和鑑別出對靶DNA特異，且對初始DNA的其他序列沒有高度同源性的一段序列。有時要鑑別出不與初始DNA序列存在同源交叉的探針需要工作者有較強的毅力。

另一種可供選擇的方法就是利用生物信息學方法自動設計具有高識別力的探針，這種探針的效果應當比手工設計的探針效果好(請參閱Coming et al. 2010)。

Southern雜交獲得的信號強度取決於若干因素，包括與探針互補的固定化DNA比例、探針的大小及特異性、以及轉移到膜上的基因組DNA的數量。在最佳條件下，這種方法的敏感度足以檢測到與Bp標記的高特異性(> 109 cpm/μg)探針互補的<0.1 pg的DNA。

如果有10μg的DNA轉移到膜上，並用長度為幾百個核苷酸的探針雜交，用傳統的X射線片曝光過夜(或者在感光影像儀上曝光15~60min)，可以檢測到一段1000bp的哺乳類動物基因組中的單拷貝序列(即300萬分之一)。

由於雜交信號的強度與探針的特異活性成正比，而與其長度成反比，所以當使用極短的探針進行雜交時，Southerm 雜交的靈敏度將達到極限。當用寡核苷酸作為探針去檢測單拷貝基因組序列的雜交信號時，則必須對探針進行放射性標記以獲得可能的最高特異活性，

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