從海外中文網絡社區的元老，到科普作家，又到職業打假鬥士，方舟子的社會角色已歷經幾番嬗變，沒有改變的是他高昂的勁頭和不依不饒的性情；不過，自從他妻子學位論文的抄襲醜聞被揭露之後，他的心態似乎也發生了很大改變，不僅舉止失態，打假對象也已從學術界和權力層轉向了與他有過直接或間接關係的社會名人。
特別是之前針對羅永浩的行動，純粹起於私人恩怨，而且在毫無事實線索的情況下草率發動，結果也沒抓到對方把柄，只好不了了之；本來這件事情已將他陷於十分難堪的境地，幸好緊接著出現了另一個目標，而韓寒又恰好是羅永浩的朋友，符合他近來選擇目標的口味，於是焦點很快就被轉移了。
方舟子的打假行動，對公眾究竟有沒有價值，歷來爭議不休，一方面，他確實揭露了許多抄襲、剽竊、誇大學術經歷或研究成果的造假醜聞，對淨化學術界起了正面作用，也為關心某些領域真相的人們提供了另一個信息來源。
「方舟子式」打假價值
而另一方面，許多人也指出，他在進行質疑時，對證據材料的選擇和採信常常是片面的，推理過程經常是草率的，甚至違背基本的邏輯常識，判斷經常是基於預設立場的，並且常把不可靠的判斷當作鐵板釘釘不容置疑的信條而加以無限制演繹，而同時很少顧及相反證據，也不願聽取基於相同證據而做出的替代分析，反而將一切反對意見斥為偽科學或幫兇之類。
其實，這兩方面的觀感是可以同時成立的，因為兩者並不矛盾，這也是另一個例子，表明推進了某項公共事業、為公眾帶來某些好處的人，未必是一個在智慧、品質和能力等方面符合他們所期望水平的人，甚至不必是一個心懷善意的人，他可能很偏狹，缺乏理性與科學精神，也沒有造福公眾的理想，但在客觀上卻導致了某些可欲事態的出現，果若如此，我們何必要求更多呢？
誠然，由於缺乏聽取反面證據的開放心態，缺少嚴謹的邏輯推理和因果分析能力，以及對既有信念保持審慎懷疑和進行自我反思的習慣，等等這些常被概括於所謂科學精神之中的品質，方舟子的打假行動很難說是遵循科學界標準的，如同他的科普寫作一樣，對於示範和傳播科學精神恐怕不會有多大益處。
但是，傳播科學精神只是諸多公共事業之一，他做不到做不好，別人不妨來做，揭露造假作弊同樣有其公共價值，他在證據選擇、因果分析和邏輯上的缺陷，儘管會妨礙其打假的質量、效果和命中率，但這不是什麼值得緊張的事情，他的行動價值主要在於花力氣收集早期線索，並且有勇氣將問題推上檯面，而最終結果，要麼在法庭上解決，要麼更多的由聽眾自己做出判斷。
只要討論空間是開放的，在他發動案例之後，自然會引來許多質量更高的分析，也會刺激相反的證據浮出水面，當事人也有機會做出辯解，這些都是聽眾據以判斷的信息，當然有些人會因為偏聽他這一方而被誤導，但容易偏聽偏信的人無論到哪裡都會被誤導，有沒有方舟子都一樣。
實際上，像打假這種充滿對抗性、需要花費大量精力、吃官司是家常便飯，有時還要冒點生命危險的事情，反倒需要方舟子這樣認死理、有些偏執和狂熱、並且精力旺盛的人，才能長期堅持下來，而那些擁有良好科學精神的人，通常不會具有這些品質，我們也很少有機會見到他們公開質疑其學術同行；魚和熊掌往往不可兼得。
當然，指出其價值所在，並不意味著他是免受批評和指責的，假如他的打假行動因其拙劣草率而誤傷無辜，無論是無意的誤傷還是故意的錯傷，旁人都有理由做出批駁並加以譴責；不過這裡仍需指出一條界線，可以被譴責的行為未必是有罪的或者構成了對既有權利的侵犯，因而需要加以司法矯正或施以懲罰。
對他人品行的錯誤陳述確實可能減損後者的利益，但未必構成侵權，因為利益未必是權利，也可能只是一個不受保護的隨機事態，比如我家附近有一家我特別喜歡的餐館，它的消失將減損我的利益，但這並不意味著我有權阻止老闆關門，類似的，方舟子的言論只要沒有逾越其自身權利的邊界而構成辱罵、誹謗或侵犯隱私等言語侵權，即便損及他人利益，也只是可以被譴責而無須接受司法系統的矯正或懲罰。