食品工業總體發展成效顯著，但仍然還存在一些突出問題。
《2017中國食品產業發展報告》指出，食品工業發展呈現出較為明顯的「四個並存」特徵：生產集中度提升與「小、弱、散」並存、綠色高新精深加工與粗放生產方式並存、品牌價值凸顯與自主品牌培育不足並存、食品安全穩定向好與風險隱患嚴峻並存。
這些問題導致產業規模巨大而有效供給不足、製造能力較強而創造能力不足的結構性矛盾依然突出。
瓶頸一：生產集中度提升與「小、弱、散」並存
食品工業領域，骨幹企業不斷壯大，生產集中度進一步提升。2016年，規模以上工業企業已達到42144家，是2012年的125.32%，佔全國工業的11.1%。
但同時，食品工業兼併重組力度尚且不足，大中型企業數量偏少，市場競爭結構離散，集約化進程緩慢。
全國1180萬家獲得許可證的食品生產經營企業中，絕大部分在10人以下，小、微型企業和小作坊仍然佔全行業的 90%以上，「小、弱、散」格局沒有得到根本改變。
大量中小微企業技術和管理水平不高，產品質量得不到可靠保障，人才匱乏，信用等級低，信貸困難，普遍存在資金缺口，大多徘徊於低水平競爭，很難擴大市場規模，開發新產品和新市場力不從心，且隨著原料價格、交通、能源價格上漲，生產成本持續增加，獲利更加艱難。
面對消費升級，「小、弱、散」格局無法保證有效供給能力，大量需求「外溢」，致使消費能力外流：2017上半年，我國乳製品、凍牛肉、葡萄酒、植物油進口數量分別增長5.2%、10.6%和12.7%、13%。
方便食品製造業中，米麵製品、速凍食品、方便麵及其他方便食品三個小類的規模以上生產企業中，小企業佔比分別為89.91%、80.9%和66.83%，導致了產品低水平重複，靠價格戰進行同質化競爭。在釀酒行業，僅有啤酒產業形成了較高集中度，白酒、黃酒、葡萄酒等其他釀酒子產業集中度均較低，全國上萬家白酒生產廠，2015年規模以上白酒企業僅1563家，白酒行業龍頭企業貴州茅臺、五糧液的銷售合計還不到行業的10%。
由於實力不足，絕大多數食品加工企業缺乏配套的原料生產基地，缺乏必要的倉儲和物流設施，原料價格和質量不穩定，供應保障程度低，原料供求結構性失衡問題凸顯，優質化、專用化、多元化原料發展相對滯後，某些原料供給嚴重依賴國際市場。我國小麥產量居世界首位，但優質專用品種數量不足，每年仍需進口部分優質專用小麥；國內適合加工橙汁的柑橘品種和產量少，95%的橙汁依靠進口。落後產能仍然佔有較大比重，日處理稻穀 100噸以下、小麥 200噸以下、大豆 400噸以下、生鮮乳 100噸以下規模不合理的小型企業產能在行業中的佔比分別為 25%、24%、15%和25% 。
瓶頸二：綠色高新精深加工與粗放生產方式並存
綠色精細生產體現在運用新技術、新工藝、新渠道及先進管理方法，實現對產品品種類型、質量安全和高附加值的追求以及對節能環保責任的承擔。我國食品工業產業鏈不斷延伸拓展，產品結構向多元化、優質化、功能化方向發展，產品細分程度加深，市場供應品種豐富多彩，精深加工產品比例上升，從對過去量的追求變成對質的提升。
近幾年，食品製造業、酒、飲料和精製茶製造業、菸草製品業的能源消耗總量呈下降趨勢，整個食品工業能源消費雖然呈上升趨勢，但增長幅度越來越小。2015年，食品工業能源消費增幅為0.2%，低於能源消費總量0.8個百分點。
但是，食品工業以數量擴張為主的粗放型發展方式仍然未得到全面改變。大量中小企業自主創新能力不強，創新主體地位不突出，產學研用結合不緊密，缺乏工程技術中心、工程實驗室等創新平臺，自主研發水平和成果轉化率較低。
我國食品研發投入強度為 0.44%，不僅低於發達國家2%以上的水平，也低於新興工業化國家1.5%的水平。
食品裝備問題突出，自主智慧財產權核心技術缺乏，一些關鍵設備長期依賴進口。國產裝備普遍存在能耗較高、可靠性和安全性不足、衛生保障性差、自動化程度低、關鍵零部件使用壽命短以及成套性差等問題，生產的標準化程度低。
精深加工技術水平偏低，資源加工轉化效率低，副產物綜合利用率不高，低端產品產能相對過剩，中高端產品偏少，高品質食品有效供給不足，難以適應消費變化。
食品添加劑和配料行業是高新技術產業，我國大多數食品添加劑產品在國際市場佔主導地位，特別是一些大宗產品的產量和國際貿易量均居世界前列，但以成熟產品居多，高端產品和新產品少。罐頭行業中，雖然產品類型繁雜，覆蓋面廣，但在口味、包裝等方面的創新遠遠不足，產品科技含量不足，導致在國內市場缺乏對新生消費群體的吸引力，難以開拓新興消費群體，低端同質化競爭嚴重。食品裝備行業中，中低端市場已為國內企業佔領，但高端產品市場依然為國際企業把持，如中國市場72000—120000罐/h的高速易拉罐生產線完全被歐洲公司壟斷，包裝設備整線的智能化管理方面，也幾乎都由歐洲供貨商壟斷。
循環經濟發展不足。飲料行業產品豐富，涉及茶葉、果蔬、穀物等農產品的加工，但加工副產品的綜合利用技術應用較少，造成資源浪費。製糖行業中，依然是「一糖獨大」的產品格局，利用糖廠副產物開發高附加值產品、開發高附加值食堂產品遠遠不足。玉米澱粉行業原料利用率僅為 95%，低於國際先進水平約 4個百分點。
清潔生產發展滯後，能耗物耗高，水耗和汙染物排放仍然較高，節能減排壓力較大。我國幹制食品噸產品耗電量是發達國家的 2-3倍，甜菜糖噸耗水量是發達國家5-10倍，罐頭食品噸耗水量為日本的 3倍。發酵工業的廢水排放量佔全國總量的 2.3%，是輕工業重點汙染行業之一。2014/2015製糖期，全國糖廠綜合能耗和COD排放分別是國外先進水平的2倍和9倍。從表30可以看出，農副食品加工業能源消費2015年的增幅為2%，比能源消耗總量高出一倍。
瓶頸三：品牌價值凸顯與自主品牌培育不足並存
食品品牌以食品生產企業的綜合經濟實力為後盾，是食品工業信用的象徵，是消費者信息的保證，蘊含了大量的食品信息，包括產品的歷史文化、檔次、色香味、質量和安全性能等。隨著食品企業組織結構進一步優化，一批具有市場競爭優勢的骨幹食品企業發展壯大，成長起一批知名企業和名牌產品，食品工業自主品牌的培育和發展也進入了新階段。
但同時，食品生產企業品牌發展良莠不齊，自主品牌的培育和建設能力不足，品牌管理普遍存在品牌意識淡薄、品牌定位不準、品牌形象不鮮明、品牌維護力弱的現象，消費者信賴的自主知名品牌不多，國際知名品牌不多，這是導致我國是食品生產大國，但不是食品生產強國的一個主要因素。可以說，市場品牌消費和企業品牌培育的矛盾，已成為當前我國食品行業進步和發展的一大瓶頸。
罐頭食品製造業中，原來創立的一系列品牌走向了沒落，我國出口的罐頭幾乎沒有自主品牌，大多以貼牌加工為主，出口中代工生產的產品比例佔95%，內銷市場的大部分產品沒有太多的品牌宣傳，消費者無從選擇。焙烤食品糖製品行業中，外資和港臺品牌佔據了巧克力、餅乾、膨化食品的中高端市場主導地位，產銷量和市場佔有率逐年增加，雖然國內民營企業中，也有福建達利園、東莞錦泰等知名品牌，但若想實現整體的超越和突破，仍然任重而道遠。
保健品行業中，我國保健品市場上的知名品牌多來自於進口產品，包括安利、康寶萊、健安喜、自然之寶等，國內保健食品生產企業雖多，但大多規模小實力弱，沒有形成有競爭力的品牌，造成同質化競爭、無底線促銷、企業估值低下現象嚴重。據億邦動力網數據統計分析，2017年「雙十一」全網保健品店鋪交易指數TOP10榜單中，僅有湯臣倍健和姿美堂兩家銷售國內保健食品品牌，交易指數之和佔比前十名的19%，無論線上還是線下，國內保健食品市場佔有率均較為低下。
瓶頸四：食品安全穩定向好與風險隱患嚴峻並存
近幾年，各地方黨委、政府高度重視食品安全工作，各部門工作力度加大，監管措施加強，食品安全保障水平明顯提高，形勢穩定向好，但食品安全仍然存在風險隱患，與人民群眾的期待還存在差距。
根據國家監督抽檢的結果，2015年市場上肉及肉製品合格率為96.6%，未達到「十二五」規劃中97%以上的目標，按照當年肉類生產總量測算，不合格品的數量約為293萬噸，減掉這部分數量，肉類總產量未達到「十二五」規劃目標，也成為肉類進出口貿易逆差不斷擴大的原因之一。
水產品行業中，國家食品藥品監督管理總局抽檢水產品特別是海米產品不合格率高等問題多次曝光。保健食品行業生產中非法添加物質現象屢禁不止，如在聲稱減肥、抗疲勞、增強免疫力等功能產品中非法添加藥物成分，對消費者健康構成極大威脅。焙烤食品糖製品行業中，食品添加劑的使用不當及非法添加也時有發生。
我國食品安全的主要隱患表現在：（1）源頭安全問題。儘管農業部近年來對大中城市主要農產品的抽檢結果顯示，合格率基本達到97%以上，但由於監測網點覆蓋面不足，抽檢樣本偏少，無法全面反映真實情況。事實上，受農獸藥不合理使用、重金屬汙染、工業「三廢」汙染和城市垃圾排放等因素影響，農獸藥殘留、有毒有害物質超標的農產品大量存在。養殖業抗生素濫用、蔬菜水果植物激素濫用和農藥殘留、糧食化肥過量使用等，不但造成食品工業的原料安全出現問題，還使得大量有毒有害物質進入土壤和水，危害更加長遠，治理更加艱難。（2）企業主體責任問題。食品生產主體以小微企業為主，有相當部分工藝設備技術落後，資金有限，缺乏檢測設備，管理水平較低，質量安全意識不足，自律意識不強，缺乏保證食品安全的必要條件。一些無良企業以犧牲產品質量和安全換取一己之利，在生產中非法添加、摻雜使假，不僅嚴重降低了人民對本土食品的信任度，甚至影響了中國食品的國際形象和貿易。（3）監管機制問題。食品工業聯結一二三產業，分屬多部門管理，難免存在監管漏洞，食品安全責任追溯制度尚不完善。（4）質量標準體系問題。農獸藥殘留等基礎和通用標準、產品標準、檢測方法標準等與美國、日本、歐盟等存在較大差距，食品衛生標準、食品質量標準、農產品質量安全標準和農藥殘留標準等標準體系有待進一步整合，新品種、新物質、新技術、新工藝和新材料的標準建設滯後。（5）安全檢測問題。檢測方法不配套，有些標準規定了限量值，但缺乏配套的檢測方法；檢測技術相對落後，儀器設備配置不足，部分檢驗設備嚴重老化，基層檢驗機構和人員數量偏少。（6）冷鏈建設問題。食品冷鏈由冷凍加工、冷凍貯藏、冷凍運輸及配送、冷凍銷售四個環節構成。目前食品工業的現代化冷鏈設施開發與升級不足、冷鏈能源效率低低下，作業標準執行不力，冷鏈物流各環節缺乏系統化、規範化、連貫化運作，造成大量的肉製品、奶製品、豆製品等在沒有冷鏈保證的情況下產運銷，肉類產品冷鏈流通比例僅為15%，對人們飲食安全構成了威脅。（7）網售食品安全問題。網際網路在給食品銷售提供新渠道的同時，網絡空間的虛擬性和動態性增加了製作、存儲、配送、宣傳等多個環節監管的難度，也給食品安全帶來新挑戰，使得食品安全的風險變得更加不可控，出現的消費糾紛不斷增多。由於這些問題的存在，可以判斷，在一個較長的時期，廣大消費者對食品安全仍然有所顧慮，達到人民群眾的美好期望依然任重道遠。