熟茶微生物發酵的微觀世界中還有著許多未解之謎，但是對於普通消費者來說，了解一些熟茶發酵一般性的工藝流程，對於進一步認識熟茶、品鑑熟茶確是有著深遠意義的。
一是：微生物對茶葉的直接作用，主要與構香，構色有關；
二是：由微生物產生的胞外酶對茶葉的間接作用，主要與構味有關。
微生物在渥堆葉中大量繁殖，新陳代謝過程從茶葉中吸收可溶性物質並放出熱量，分泌有機酸等代謝產物，使葉溫升高，酸度增加。渥堆過程中嗅到的「甜酒香」，是由酵母菌作用產生的。渥堆葉的酸度到了一定程度，就會產生「酸辣味」，辣味可能來自酪氨酸，組氨酸的腐敗轉化物酷氨和組氨，與有機酸的酸味和氧化生成的醛，酮組成酸辣味，工藝上，把這種氣味作為渥堆適度的表徵；微生物的胞外酶，是對渥堆葉起作用的外源酶，是渥堆後期的優勢黴類產生的，如纖維素酶，果膠分解酶，氧化酶，蛋白酶等。微生物分泌的酶類對渥堆葉的有機物質起分解，水解，氧化作用，如氧化酶引致兒茶素氧化聚合，進而轉化為茶黃素，茶紅素等有色物質，這是黑茶湯色轉紅的原因。是滋味變純和的原因之一；各種酶的作用，使部分纖維素分解。多酚類含量下降，可溶性糖減少（作為微生物能源）。此外，作為渥堆的連帶效果，是茶葉胺基酸被微生物作用為氮源利用，部分胺基酸減少的同時，有一些對人體有益的胺基酸明顯增加，如賴氨酸，蛋氨酸，苯丙氨酸，亮氨酸，異亮氨酸，纈氨酸等。
普洱茶具有陳香，有研究認為，是由於初制日曬和渥堆微生物的作用，茶葉中脂肪酸，胡蘿蔔素氧化降解，使某些醛類物質和沉香醇氧化物增加的結果。