基因型填補(genotype imputation)網站學習

好久不見的軟體操作系列開始更新啦！！！

 

那麼今天我們要給大家說點兒什麼呢？那就是最近一直非常困擾小編的genotype imputation，中文名叫基因型填補。

 

首先先給大家解釋一下什麼是基因型填補呢？

 

基因型填補( genotype imputation)是一種基於觀察對象已有基因型，對未進行基因分型(genotyping) 的位點之等位基因( allele) 進行預測的方法。

 

SNP 間存在著連鎖不平衡( linkage disequilibrium)，因而人類的DNA 序列可以認為是由很多的單體型( haplotype) 構成。

 

單體型之內的位點的等位基因間存在著相關性，意味著在同一單體型內，某SNP為某個等位基因時，或某些SNP 具有某種組合時，另一個SNP 將有較大可能出現某一等位基因。

 

根據這一原理，基因型填補首先利用密度更高的參照數據( 來自於HapMap 計劃或1000 Genome 計劃)獲得單體型信息。

 

再根據樣本觀察到的基因型推測該樣本最有可能攜帶的單體型，並據此將該單體型上相應位點的等位基因作為最有可能的填補值。

 

填補能增加GWAS 中單核苷酸多態性( single-nucleotidepolymorphism，SNP) 的密度，使得在已經發現的關聯性位點周圍尋找疾病位點( disease locus) 成為可能，同時也能提高對採用了不合適的標籤( tagger) SNP 進行標記的SNP 的檢驗效能。

 

簡單點來說，就是用靠譜的統計方法來幫你填補出那些你沒有測的位點，可信度較高還省錢。

以下是做imputation的網站：

https://imputation.sanger.ac.uk/

https://imputationserver.sph.umich.edu/index.html#!pages/home

 

這次我們先來給大家說一說第一個網站怎麼用。

 

1.準備文件

 

將自己的二進位文件轉換為vcf格式（因為imputation中需要用到vcf格式文件）

 

Plink --bfile wgas3 --recode vcf --out gzhtest

 

檢查文件是否存在問題：

 

bcftools +fixref gzhtest.vcf -- -f human_g1k_v37.fas（黃色部分可以替換）

 

bcftools norm --check-ref e -f /path/to/reference.fasta input.vcf.gz -Ou -o /dev/null

 

因為小編使用的是一組示例數據，所以mismatch值會偏高，但是如果使用真實數據是不會這樣的。

那麼如果出現上面這種情況，我們應該如何減少這個mismatch值呢？

a.利用如下命令行生成含有match位點的文件：

bcftools norm --check-ref x -f reference.fasta gzhtest.vcf –o match.vcf

 

b.然後利用包涵全部位點的文件和match.vcf文件在excel中做匹配比對，將mismatch的位點篩選出來，生成list.txt

 

c.利用plink翻轉鏈

 

plink –bfile gzhtest --fliplist.txt --recode vcf –out filename

2.註冊部分：

然後你會收到一封郵件：

點擊郵件中的連結，出現以下界面：

將需要上傳的文件放在左邊，通過這個界面將自己的文件轉移到右邊框框所代表的伺服器上。

 

小編是通過使自己的電腦成為終端，然後本地上傳文件的。

 

所以就要下載相應組件：

https://www.globus.org/globus-connect-personal

下載適合自己電腦版本的組件，自己的電腦就會變成一個終端，從本地上傳文件，在transfer的框框裡就可以選擇administered by me時就會出現自己電腦的名字。

上傳成功之後，你會收到一封郵件：

好啦，到目前為止，我們需要做的工作就已經完成了，後面的工作會由網站來完成，完成之後會有一個連結以郵件的形式發給你。點擊郵件連結，就可以下載結果了。

上面是小編嘗試多次的出來的結果，如果各位還有疑問或者更好的方法歡迎留言喲！！！

以下是小編的戰果，試了好多次啊。。。。。。（一張圖都根本截不完）

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