養菌階段的菌棒香菇屬好氧真菌，在生命活動過程中，不斷吸進氧氣，放出二氧化碳。菌絲短期缺氧時，雖能藉助酵解作用暫時維持生命活動，但要消耗大量營養物質，菌絲會逐漸衰弱老化，縮短壽命。菌絲嚴重缺氧時，其生長會受阻，同時由於菌絲難以覆蓋培養料，還容易感染雜菌。因此，香菇菌棒在培養階段，必須刺孔，通過刺孔使菌絲吸氧充分，並使其生長處於活躍狀態，代謝活動加強，保證菌絲健壯生長。
刺孔應掌握的原則是：做好工具消毒，先少後多，先淺後深，先細後粗，在料面結合緊密處刺，不能帶起薄膜，不能觸及生料。不能在瘤狀物上刺，不能在雜菌感染處刺，氣溫在30℃以上時不刺，料袋過松不能刺小孔，待菌絲長滿袋再刺孔，大袋、溼袋適當多刺孔。
刺孔的時間或方法：
培菌中期
在接種後的10～25天，菌絲在一定的外界條件下緩慢生長，當接種口菌絲生長至直徑6～8釐米大小時，接種孔為石蠟或紙膠布封口的菌棒，因塑膠袋的阻隔，接種口又被封死，袋內氧氣嚴重不足，菌絲的生長速度會變得十分緩慢，前端菌絲生長變得纖細，有時甚至在接種口四周出現瘤狀物，此時就必須進行刺孔通氣，以增加袋內氧氣，促進菌絲生長。而對接種孔沒有封口或用套袋封口的，因氧氣可以從接種孔進入，刺孔的時間則可以適當往後推，一般可在接種孔一面菌絲連接在一起時進行。刺孔方法是用約5釐米（1.5寸）長的鐵釘或竹籤在每個接種孔的菌絲生長末端以內2釐米處刺孔一圈，孔數6～8孔，整段菌棒的刺孔總數15～24孔。菇農習慣上把這一時期的刺孔通氣稱為通「小氣」。
培菌後期
在菌絲已長滿全袋至開始轉色前的這一培菌期，菌絲生長極為旺盛，菌絲總量增長極快，對氧氣需求也是成倍增長，此時必須加大刺孔量，以增加氧氣供應，滿足菌絲生長要求，菇農稱這一時期的刺孔通氣為「放大氣」。「放大氣」一般在菌絲長滿全袋後的5～7天時進行，刺孔時，環境溫度應在25℃以下。
在實際生產中，大部分菇農是把菌棒挑到室外遮蔭棚裡越夏時進行刺孔通氣的。通風條件較好的發菌室，也可放在室內進行刺孔，但要分批進行，並注意疏散通風。每段菌棒的打孔數量和深度要根據實際情況靈活掌握。這期間有些菌棒因缺氧和見光，表面形成瘤狀物，若任其發展會把筒袋頂破，這時除對窗戶進行遮光外，需沿瘤狀物外圍用5釐米鐵釘或竹籤刺孔一圈，數天後瘤狀物就會軟化，該部位整塊轉成褐色菌膜。如室內溫度在28℃以上，一般不應刺孔通氣，超過30℃時嚴禁刺孔通氣，否則極易造成「燒菌」爛筒。
刺孔數量和深度可根據實際情況靈活掌握，最終目的是使菇木在出菇前菌膜轉色厚薄適宜、含水量適中，使出菇前每段菇木重量保持在1.3～1.4千克左右。因此，對於含水量高（偏重）的菇木，可適當增加刺孔通氣，孔也可深點，以加速水分散發，偏輕的菇木可提前移至溼度較高的菇棚中，刺孔後平放於地面，讓其自然吸收水分，以期達到適宜的含水量。
在栽培實踐中，我們還發現在一定的範圍內，有刺孔通氣多的菇木，頭潮發生也多，但菇體偏小，而刺孔通氣較少的菇木出菇量較少，但菇體大，菇肉厚的現象，這說明了菇蕾發生與刺孔通氣有著直接關係，這種關係是通過刺孔通氣來調節菇木含水量和氧氣的供應量來實現的。因此，可以利用刺孔通氣的多少來控制菇蕾的發生數量。一般說來，每段菇木的刺孔數量應控制在100孔以內，以60～70孔最為適宜。
刺孔後的菌棒在刺孔通氣操作中，無論是通「小氣」還是通「大氣」，在刺孔後3～10天菌絲生長都會非常旺盛，呼吸顯著增強。這時候應注意觀察，隨時掌握室溫和空氣溼度，保證不發生燒菌。