通常，乳腺癌患者是需要通過細針（或粗針）穿刺或直接手術切除後的病理確診的。病理報告上會有免疫組化結果分析，其中有幾項指標對乳腺癌患者的後續治療非常關鍵，這幾項指標分別是：ER、PR和HER-2，這些指標決定了患者的後續治療方案。
ER的全稱是estrogen receptor，譯成中文是雌激素受體，ER（+）表明該患者的雌激素受體呈陽性表達，ER（-）表明該患者的雌激素受體呈陰性表達。PR的全稱是progesterone receptor，譯成中文是孕激素受體，PR（+）表明該患者的孕激素受體呈陽性表達，PR（-）表明該患者的孕激素受體呈陰性表達。女性的乳腺終生受雌孕激素影響，所以雌孕激素受體陽性的乳腺癌患者，可以通過抗雌孕激素受體的治療來遏制乳腺癌的發展。
HER-2的全稱是human epidermalgrowth factor receptor-2，譯成中文是人類表皮生長因子受體2，這是乳腺癌患者的一種原癌基因。HER-2（+）表明人類表皮生長因子受體呈陽性表達，HER-2（-）表明人類表皮生長因子受體呈陰性表達。
通常，免疫組化分析結果中還可能會對以上三項指標標註（1+）（2+）或（3+），這是為了進一步說明患者的這些指標陽性表達的程度，（3+）為強陽性，（1+）為弱陽性。
雌孕激素受體陽性的患者，通常要採用內分泌治療。人類表皮生長因子受體2是乳腺癌的原癌基因，HER-2陽性的患者需要用到目前已經發現的針對該基因失活的一種藥物曲妥珠單抗（商品名赫賽汀，英文名Herceptin），曲妥珠單抗是一種人源化抗體，用於靶向和阻斷HER-2，從而達到遏制HER-2陽性患者的乳腺腫瘤的目的。
如果以上三項均為陰性表達，即我們常說的三陰乳腺癌。對三陰乳腺癌患者來說，常用的內分泌治療方案和曲妥珠單抗均不適用。如果以上三項均為陽性表達，即我們常說的三陽乳腺癌，三陽乳腺癌患者可以同時使用內分泌治療藥物和曲妥珠單抗。
是不是ER、PR和HER-2的陰性表達就意味著患者的情況更糟糕呢？答案是未必。三陰乳腺癌患者一旦通過手術和化療取得了較好的療效，維持了五年不復發，再復發的概率就會相對較低。而ER、PR和HER-2三項中有陽性表達的患者，經治療維持五年不復發後，再復發的概率會相對較高。而且，HER-2陽性反應的患者，如果不接受昂貴的靶向治療的話，病情通常會發展得更快。幸運的是，赫賽汀雖然昂貴，但是已經被列為我國的醫保用藥，有醫保的患者需要自付的比例有限。
雌孕激素受體陽性的患者需要接受抗雌孕激素的治療，亦即常說的內分泌治療。該項治療對絕經前和絕經後的婦女的方案是不同的，絕經前的婦女一般是用他莫昔芬或雷洛昔芬，絕經後的婦女一般是用芳香化酶抑制劑。絕經前的婦女在使用了兩年的他莫昔芬後，也可以改用芳香化酶抑制劑。一般內分泌治療需要堅持五年。內分泌治療不足五年，患者復發的風險較高；超過五年，亦會帶來更高的風險，所以它的標準療程就是五年。
他莫昔芬有導致骨質疏鬆的副作用，也有導致婦女罹患子宮腫瘤的風險，所以近年來，很多絕經前的婦女是採用先服用兩年的他莫昔芬，後用芳香化酶抑制劑（如弗隆來曲唑）治療三年的方案。相關研究顯示，這種用藥方案和連續使用五年的他莫昔芬能夠達到同樣的療效，而副作用相對較小。
有很多乳腺癌患者排斥手術和病理檢查，這種做法是相當錯誤的。通過病理檢查而非保守的中醫治療，患者可以明確自己屬於哪種類型的乳腺癌。如果屬於雌孕激素陽性的乳腺癌，採用內分泌治療，甚至可以達到治癒的效果。如果屬於HER-2陽性的乳腺癌，採用赫賽汀治療，也會有良好的效果。
腫瘤的治療需要採用包括中醫在內的綜合手段，多數局限期的乳腺癌患者在進行了綜合治療後，存活期有望在15年以上。有些患者在一些對乳腺癌的現代醫學知識一竅不通的中醫師那裡進行純中醫治療，筆者認為這是一件風險極高的事情，患者將因為自己以及自己所找的醫生的無知而損耗壽命。
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