單基因生信加點免疫組化,4分sci等你來發!

2021-02-09 百味科研芝士

科研芝士的小夥伴們大家好啊！我是你們的老朋友小木舟~今天給大家分享一篇2019年11月發表於《JOURNAL OF TRANSLATIONAL MEDICINE》的一篇單基因生信結合組化實驗的文章，雜誌IF= 4.098。文章題目：Prognostic implications of Aquaporin 9expression in clear cell renal cell carcinoma.原文獲取方式，後臺回覆：JTM。話不多說直接進入正題~

先用一張思維導圖來直觀的讓大家感受一下這篇文章的思路吧~

基於TCGA的RNA序列數據和GEO資料庫，比較了AQP9在腎癌組織和癌旁正常組織中的mRNA表達。IHC染色顯示AQP9在正常腎組織中未檢測到，而在ccRCC腫瘤組織中有中等水平的表達。這些結果表明，與正常組織相比，AQP9在ccRCC組織中的轉錄水平和蛋白質組水平均高表達。根據AJCC臨床分期和ISUP病理分級進行分組，顯示了AQP9mRNA的表達與不同臨床分期和病理分級的關係。（可用在線工具UALCAN ：http://ualcan.path.uab.edu/index.html完成）。採用Kaplan-Meier方法進行的Progression-Free Survial和OverallSurvial生存分析表明，在TCGA中水通道蛋白9的高表達與較短的PFS(p=0.009)和較短的OS(p<0.001)顯著相關。總體而言，在來自TCGA隊列的ccRCC患者中，AQP9mRNA的高表達與晚期臨床病理參數和不良預後顯著相關。

為了驗證AQP9mRNA在ccRCC組織中的表達，對380對腫瘤和正常組織進行了RT-qPCR。為了評價水通道蛋白9在腎細胞癌組織中的表達水平，進行了免疫組化染色，發現癌組織中水通道蛋白9的表達密度和強度均顯著高於癌旁正常腎組織。

可視化地構建AQP9及其共表達基因網絡(在線資料庫STRING（點擊查看）;http://strin g-db.org)。對涉及的11個基因進行功能富集分析，並用氣泡圖進行可視化。ClueGO功能注釋表明，AQP9生物學過程的改變與膜和膜系統的轉運、組成成分密切相關。

五、GSEA獲得ccRCC的重要相關基因和標誌通路

GSEA共獲得100個顯著基因，它們之間存在正相關和負相關。用GSEA對AQP9進行標記分析。顯示主要途徑有補體、凝血、IL6/JAK/STAT3信號轉導、炎症反應、缺氧、IL2/STAT5信號轉導、同種異體移植排斥反應和NFKB介導的TNF-α信號轉導。在熱圖中對總共100個正相關和負相關的顯著基因的轉錄表達譜進行了分析使用腫瘤免疫估計資源(Timer，https：//cistr ome.shiny apps.io/Timer/)對腫瘤浸潤免疫細胞特徵與所選HUB基因進行綜合相關性分析。腫瘤-免疫系統相互作用的集成庫門戶TISIDB,用來檢查人類癌症中28種類型的TIL的腫瘤和免疫系統相互作用,關於該資料庫的詳細用法請看我們以往推文 (TISIDB（點擊查看）)。基於AQP9表達譜的基因集變異分析，推斷TIL的相對豐度。AQP9升高與B細胞、T細胞、單核細胞、巨噬細胞、腫瘤相關巨噬細胞和中性粒細胞浸潤顯著相關(p<0.05)，導致免疫浸潤的普遍增加。

整篇文章幾乎不涉及代碼，簡單的在線工具結合一點實驗就能輕鬆上4分，偷偷說一句，這個雜誌對生信文章比較友好哈😏

如果你想用文章思路或者相關文獻發自己的文章，也可以聯繫小編分析，詳情點擊下方【閱讀原文】。

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