單基因泛癌發5分SCI,這個基因打幾分?

2021-02-22 生信小課堂


今天給大家介紹一篇今年1月20剛剛online的單基因免疫相關泛癌分析。對於單基因泛癌的分析，挑選基因最為關鍵。小編認為容易發表的基因要符合以下幾點（符合條件越多越好）：

1 在多種腫瘤中該基因高表達

2 在多種腫瘤中該基因高表達的患者預後差

3 在多種腫瘤中該基因在高分期表達較高

4 不同腫瘤中的富集分析有比較集中的幾種結果

5 在一種或者多種腫瘤中與特定免疫細胞浸潤相關，如巨噬細胞，CD8T細胞等

6 最好用不同的方法證明5中的結論

7 在某一種或者幾種腫瘤中集中與一些免疫相關基因相關性高

8 該基因最好報導過，但是又研究較少，有一定新穎性

如果能篩選到這樣的基因，再添加單基因的各種層面分析，肯定是比較容易接收的。能再加一些實驗驗證就更好不過了。新的一年，趕緊把文章投了吧，

請掃描下方二維碼


那麼我們來看這篇文章符合以上哪些條件

文章名：An Integrative Pan-Cancer Analysis Revealing LCN2 as an Oncogenic Immune Protein in Tumor Microenvironment

影響因子：4.848，即時影響因子：5.92，今年6月份應該到6分肯定不成問題。

我們首先檢索以下這個基因在腫瘤中的研究

已經522篇腫瘤相關研究了，這個時候做單基因泛癌的純生信分析，可能會有一些新的結果，但是整體新穎性不高。

Figure 1

該基因在TCGA泛癌中的mRNA表達和突變以及拷貝數變異的情況（符合條件1）

Figure 2

該基因的泛癌預後及分期表達（也只有2個腫瘤，不符合條件2）

Figure 3

該基因與免疫細胞浸潤相關性（勉強符合條件5）

Figure 4

該基因與免疫分數，基質分數相關性

Figure 5

該基因與免疫相關基因，TMB（腫瘤突變負荷）,MSI（微衛星不穩定）分數的相關性分析（符合條件7）

Figure 6

該基因的蛋白相互作用網絡構建

Figure 7

該基因的GSEA分析（雖然做了富集分析，但並沒有展示多種腫瘤中具有的相同特性，不符合條件4）

本文的內容就這麼多，總結一下總共符合了條件1，5，7。滿分8分的話只能打3分。


單基因泛癌分析套路


TCGA單基因免疫相關泛癌分析

TCGA單基因免疫相關泛癌分析-進階版本

零基礎-手把手教你重複一篇6.2分的生信文章（完整版）

經典綜述/文章解讀，點擊關注


53分最新綜述：鐵死亡在腫瘤中的作用

外泌體PD-L1在腫瘤免疫治療耐受中的關鍵作用

腫瘤微環境成纖維細胞異質性：免疫抑制和腫瘤治療新方式

靶向TGFβ信號轉導在腫瘤治療中的應用

PD-L1在腫瘤微環境中的表達調控

相關焦點

  • 單基因生信加點免疫組化,4分sci等你來發!
    我是你們的老朋友小木舟~今天給大家分享一篇2019年11月發表於《JOURNAL OF TRANSLATIONAL MEDICINE》的一篇單基因生信結合組化實驗的文章，雜誌IF= 4.098。話不多說直接進入正題~先用一張思維導圖來直觀的讓大家感受一下這篇文章的思路吧~基於TCGA的RNA序列數據和GEO資料庫，比較了AQP9在腎癌組織和癌旁正常組織中的mRNA表達。IHC染色顯示AQP9在正常腎組織中未檢測到，而在ccRCC腫瘤組織中有中等水平的表達。這些結果表明，與正常組織相比，AQP9在ccRCC組織中的轉錄水平和蛋白質組水平均高表達。
  • 研究生命的泛基因化
    基因，是來自英文的外來詞語，是gene的音譯，是生物的遺傳單位，是遺傳物質脫氧核糖核酸（雙鏈雙螺旋DNA）分子的有遺傳效應的特定片段。基因，通過DNA轉錄形成RNA，RNA通過翻譯合成具有一定胺基酸排列順序的蛋白質，蛋白質表達生物的遺傳性狀，所以，基因通過轉錄和翻譯而表達和控制生物的遺傳性狀。生命是蛋白質的運動形式，蛋白質是生命的體現著。
  • 太厲害了,利用TCGA數據發了12分的SCI
    有的人利用TCGA數據發了1-2分的SCI；有的人利用TCGA數據發了3-5分的SCI；現在有人利用TCGA數據發了12的SCI。這篇文章發表在Nat Commun上，該期刊屬於Nature子刊，影響因子：12.121，中科院分區：1區。
  • 人類基因組時代的泛基因組學
    「泛基因組學」 概念的由來和定義泛基因組——這裡還不是人類泛基因組（下文詳述），這個概念最初是美國馬裡蘭大學的 Tetterlin 教授，在 2005 年研究無乳鏈球菌的多種不同致病菌株時提出的。不過，由於時代的關係，泛基因組在不同類型的物種裡面，定義上還是有些區別的。特別是在 Tetterlin 剛提出這個概念時，他主要還是針對細菌這一類原核生物的。因此，那時研究人員所說的泛基因組，通常是指細菌的基因(gene)序列而不是全部的基因組（genome）序列。
  • 一個不存在的基因，不僅發了上海交大碩士學位論文，還發了篇SCI
    如今，對於學術造假，似乎已經見怪不怪：這次要說的這個有點不一樣，開了眼界。長話短說：就是一個根本不存在的基因MALAT2（事實上只有MALAT1基因），被用來發了一篇SCI，還發了上海交大碩士學位論文，並獲得了碩士學位。
  • 角逐萬億市場 泛癌種早篩和單癌種早篩和誰能成為主流?
    泰萊生物研發的安安盼（Meta-Pan™）是國內較為成熟的基於多組學技術的泛癌種早篩產品，覆蓋超過14種國內最高發、高死亡率的腫瘤，在超過98%的特異性之下，大多數腫瘤的檢出靈敏性超過92%。目前，安安盼已經完善了LDT產品資質，正通過第三方醫學檢驗所、體檢中心、商業保險計劃等渠道觸達終端用戶，是泰萊生物的拳頭產品。
  • 泛基因組資料庫：找到油菜的「好基因」
    據介紹，整合多種個體的泛基因組可以更加全面的檢測物種內部的遺傳變異，獲得各個樣本的共有和特有的基因集，結合不同樣本的表型差異可以為進一步挖掘重要的農藝性狀基因提供基礎。2020年1月，華中農業大學油菜團隊與生物信息團隊合作，在《自然—植物》上發布了8個甘藍型油菜種質基因組序列，並通過比較基因組分析鑑定了大量SNPs（單鹼基多態性）、PAVs（存在/缺失變異）等變異，構建了大小約為1.8Gb泛基因組，包含約15萬個基因。通過基於PAVs的全基因組關聯分析直接鑑定到了與角果長度、種子重量和開花時間相關的結構變異。
  • TSGene:腫瘤抑癌基因資料庫
    抑癌基因tumor suppressor gene，簡稱TSG,是一類存在於正常細胞內，可以抑制細胞生長並且具有潛在抑癌作用的基因。TSGene是一個從文獻中收集整理的抑癌基因資料庫，文章發表在Nucleic Acids Research，連結如下https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154資料庫的網址如下https://bioinfo.uth.edu
  • 原癌基因BRAF突變檢測的價值
    腫瘤基因檢測結合臨床手段精準診斷，不僅可以在早期檢測評估腫瘤發病風險，而且可以在腫瘤後期為靶向用藥、預後管理提供臨床支持。原癌基因BRAF：其V600E突變佔80%以上作為人類最重要的原癌基因之一，原癌基因BRAF突變會驅動腫瘤細胞的增殖、生長和分化，尤其在結直腸癌、甲狀腺乳頭狀癌、多毛細胞白血病、腦腫瘤和黑色素瘤中。
  • 基因TP53如何抑癌?一文解讀
    TP53基因突變常見於各種基因檢測報告，在人體基因裡，TP53是非常重要的抑癌基因，在正常細胞中低表達，在惡性腫瘤中高表達。TP53基因翻譯的P53蛋白是細胞生長、增殖和損傷修復的重要調節因子。抑癌基因如TP53、BRAC1或BRAC2、PTEN、RB1和APC等，它們負責調控腫瘤細胞的增殖，如同汽車的剎車。需要注意的是抑癌基因的突變是比較隨機的，不管在基因的任何位置發生任何形式的突變，只要這個突變導致該基因失去功能，或者功能降低，都可能導致腫瘤的發生。
  • 泛基因組資料庫:找到油菜的「好基因」—新聞—科學網
    為了克服這些困難，科學家提出了通過整合多個代表性種質資源的基因組信息，構建泛基因組的研究思路和策略。 首個油菜泛基因組 甘藍型油菜是研究植物多倍化和進化的模式物種。 據介紹，整合多種個體的泛基因組可以更加全面的檢測物種內部的遺傳變異，獲得各個樣本的共有和特有的基因集，結合不同樣本的表型差異可以為進一步挖掘重要的農藝性狀基因提供基礎。
  • 第二個免疫治療泛癌種伴隨診斷標誌物問世!TMB王者歸來
    這是TMB在獲得FDA的IVD標誌物批准之後，首次獲得FDA伴隨診斷獲批，也是繼MSI/dMMR之後第二個腫瘤免疫治療泛癌種伴隨診斷標誌物，同時也是第三個不需要考慮腫瘤器官來源tissue-agnostic的泛癌種標誌物。
  • 快來學學這個單基因新套路發11分頂刊
    （圖4）圖4.GATA3峰中ER-α和FOXA1的重定位4.ER-α和FOXA1重分布改變轉錄活動GSEA分析GATA3移碼突變對基因表達的影響：CR3細胞中，ER-α增強峰位點附近的基因常上調，ER-α減弱峰位點附近的基因常下調。同樣，FOXA1結合的改變與基因表達改變呈正相關。
  • 靠一個不存在的基因,上交大碩士寫學位論文順利畢業,還能發SCI
    長話短說：上海交大醫學院的一位碩士生，用一個根本不存在的基因MALAT2（其實只有MALAT1），發了一篇SCI，還以此完成了上海交大碩士學位論文，順利畢業。文章發表於5年前的2015年，谷歌學術顯示，該文章已被引用27次。為何近日被發現了呢？
  • 【每日一練】癌基因和抑癌基因
    ，但這些基因原本就存在於大部分生物的正常基因組中，人們把存在於病毒中的能夠使靶細胞發生惡性轉化的基因稱為病毒癌基因（故AC錯），把存在於生物正常細胞基因組中的癌基因稱為原癌基因（故B對）。2 解析：E癌基因可編碼生長因子、生長因子受體、信號轉導蛋白、細胞周期蛋白、轉錄因子等產物。本題各選項中，產物為生長因子受體的癌基因是erb-B2（故E對），其編碼的受體為EGF（人表皮生長因子）受體類似物。ras癌基因（故A錯）的編碼產物為信號轉導蛋白。sis癌基因（故B錯）的編碼產物為生長因子。myc癌基因（故C錯）的編碼產物為轉錄調節因子（轉錄因子）。
  • 刻在血緣中的詛咒:遺傳慘劇與抑癌基因的發現
    過去的很長一段時間內，人們費盡心機想去解開這種疾病的謎團，沒想到卻意外地發現了第一個抑癌基因。克努森醫生（BMJ）當然，單靠著這一個缺陷基因是不會發展出腫瘤的，腫瘤的發生，還要等到第二次的基因突變——這種基因突變的門檻並不高，細胞每天都在分裂
  • 這個人類最常見的致癌基因,終於迎來了制服它的藥物,可以阻斷約15%的癌症……
    人類最早發現的一個致癌基因，也是過去37年時間裡對其束手無策，因而被稱為「不能開發藥物的癌症靶點」的——KRAS基因出現「敵手藥物」。這種藥物面向所有致癌的KRAS突變，可以阻斷約 15% 的癌症，目前已經進入臨床試驗階段。值得一提的是，此次中國參與了研發。
  • 基因組學研究的未來之星——泛基因組
    高通量測序技術的迅猛發展，極大地推動了全基因組測序進程及物種的群體進化、遺傳多樣性、性狀定位等研究。但單一或者少數參考基因組中可能會缺少部分基因，不能完全覆蓋物種的全部遺傳信息，限制了基因組學研究的深入開展。泛基因組的提出，有效解決了該問題，成為了基因組學研究的新方向。01 什麼是泛基因組？
  • P53抑癌基因檢測項目在福建正式啟動
    我國80%的癌症患者確診時即屬於中晚期，而癌症發展到晚期，5年生存率極低。
  • 抑癌基因甲基化聯合檢測與肺癌早期診斷
    肺癌預後較差，5 年生存率僅為 16.1%[3]，而早期肺癌患者 5 年生存率可達 90%[4]。因此，肺癌早期診斷至關重要。DNA 甲基化檢測是肺癌的一種主要早期診斷方法。DNA 甲基化是指在 DNA 甲基轉移酶的作用下，以 S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將甲基基團轉移到胞嘧啶-磷酸-鳥嘌呤二核苷酸中胞嘧啶的第 5 位碳原子上[5]，其在肺癌發生發展過程中發揮著重要作用，尤其是抑癌基因啟動子區域 CpG 島的異常甲基化可以導致抑癌基因的沉默，進而影響腫瘤的發生發展[6]。