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中國科學家歷時4年完成大蒜基因組測序和組裝
中國青年報客戶端北京8月8日電(中青報•中青網記者 邱晨輝)據中國農科院最新消息,該院麻類研究所南方蛋白飼料植物資源開發與利用團隊聯合有關高校和企業,歷時4年完成了大蒜基因組的測序和組裝。相關研究成果已於近日在線發表於學術期刊《分子植物》。據中國農科院麻類所研究員劉頭明介紹,大蒜是重要的蔬菜作物之一,我國大蒜年播種面積在1000萬畝以上。
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我國科學家完成草地貪夜蛾染色體級別的基因組測序和組裝
新華社昆明6月19日電(記者白靖利)我國科學家完成草地貪夜蛾染色體級別的基因組測序和組裝,目前基因組數據已經面向全世界公開下載使用。科學家們還研究發現了多種防控草地貪夜蛾的有效「武器」。雲南農業大學、深圳華大基因、中國科學院動物研究所、中國農業科學院等研究機構通力合作,與國內各省區及美國樣本互動,共產出1.5太(TB)的基因組測序原始數據,目前已經完成了一雌一雄兩個染色體水平的基因組組裝,大小分布達到542.42兆和530.77兆。「無論是基因組完整性還是基因集的完整性都超過了目前已有版本。」
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我國科學家完成「龍井43」基因組組裝和群體重測序
Nature Commun | 我國科學家完成「龍井43」基因組組裝和群體重測序,助力茶樹基因組學研究責編 | 奕梵茶樹(Camellia sinensis)起源於中國而風靡於世界,世界茶飲料消費人口已超過三分之二。
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我國科學家完成草地貪夜蛾染色體水平基因組測序
新華社昆明10月30日電(記者趙珮然、嚴勇)我國科學家近日完成了草地貪夜蛾染色體水平基因組的測序分析。相關研究成果日前在線發表於細胞生物學權威期刊《蛋白質與細胞》上。論文第一作者、雲南農業大學教授桂富榮介紹,該校研究團隊對草地貪夜蛾進行了染色體水平的基因組組裝,通過比較全球多個草地貪夜蛾種群基因重測序結果,發現中國和非洲的草地貪夜蛾種群與美國的種群之間有著顯著的遺傳分化,入侵中國的草地貪夜蛾種群極有可能來自非洲。同時,研究團隊還找到了草地貪夜蛾的耐藥基因。
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我國率先完成草地貪夜蛾染色體基因組測序和組裝
僅用25天,從害蟲採樣到論文發表,我國首次在全球完成對這種外來入侵者染色體級別的基因測序與組裝。 「草地貪夜蛾基因組的解讀和深層次回答,對進一步研究其亞型、耐藥性和長期防控具有重要意義。」中國科學院院士、華大基因學院院長楊煥明18日在昆明表示,入侵生物的耐毒性與遺傳機制、確定入侵中國的樣本類型、遷飛路線、基因防禦技術、雜食性遺傳機制等研究與應用,都離不開高質量參考基因組。
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龍井茶樹染色體級別基因組完成組裝
本報訊(記者李晨)近日,《自然—通訊》在線發表了我國科學家在茶樹全基因組組裝和茶樹起源演化研究上取得的重要突破。該研究由中國農業科學院茶葉研究所和中國農業科學院深圳農業基因組研究所主導,並攜手中國科學院昆明動物研究所等單位完成。該成果為茶樹基因組學和育種研究,以及茶樹遺傳和進化研究提供了豐富的素材。
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遊隼和獵隼基因組測序完成
來自英國卡迪夫大學、深圳華大基因研究所等處的研究人員近日完成了對遊隼和獵隼的基因組測序,提供了關於捕食生物生活方式演變的一些新認識,相關論文「Peregrine
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Molecular Ecology Resources精選 | 基於第三代測序的赤點石斑魚基因組的從頭組裝
納米孔測序在降低測序成本和時間上具有較大潛力,但僅憑藉納米孔測序的長讀長數據進行基因組組裝的研究目前僅限於果蠅、線蟲等少數模式動物。福建省水產研究所等單位藉助納米孔測序和Hi-C測序技術,利用長讀長數據完成了我國重要經濟魚類赤點石斑魚的基因組的從頭組裝。▉ 原文信息
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中國科學家完成草地貪夜蛾染色體水平基因組測序
新華社昆明10月30日電(記者趙珮然、嚴勇)我國科學家近日完成了草地貪夜蛾染色體水平基因組的測序分析。相關研究成果日前在線發表於細胞生物學權威期刊《蛋白質與細胞》上。論文第一作者、雲南農業大學教授桂富榮介紹,該校研究團隊對草地貪夜蛾進行了染色體水平的基因組組裝,通過比較全球多個草地貪夜蛾種群基因重測序結果,發現中國和非洲的草地貪夜蛾種群與美國的種群之間有著顯著的遺傳分化,入侵中國的草地貪夜蛾種群極有可能來自非洲。同時,研究團隊還找到了草地貪夜蛾的耐藥基因。
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基因組測序是什麼
基因組測序正在弄清楚基因組中DNA核苷酸或鹼基的順序-組成生物體DNA的As,Cs,Gs和Ts的順序。人類基因組由超過30億個這些遺傳字母組成。如今,大規模的DNA測序-雄心勃勃的項目(例如對整個基因組測序)所必需的規模-大多是由高科技機器完成的。就像您的眼睛掃描字母序列來閱讀句子一樣,這些機器「讀取」 DNA鹼基序列。
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中國完成家蠶基因組"框架圖"[組圖]
東方網11月15日消息:我國科學家15日宣布:經過400多名科研人員5個多月的艱苦努力,我國已率先完成家蠶基因組「框架圖」繪製工作。根據計算機組裝和數據分析結果表明,基因組測序完成了6倍的覆蓋深度,所獲序列覆蓋了家蠶基因組的95.54%,精確度達到了99.95%,完全達到了高質量工作「框架圖」的要求。
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華大組裝完成人類二倍體基因組序列
華大組裝完成人類二倍體基因組序列 5月26日,華大基因研究人員首次基於新一代測序技術,開發策略和方法組裝出迄今最完整的單倍體水平的二倍體基因組序列,為從頭組裝雜合度高的基因組奠定了基礎。該最新研究成果發表於《自然生物技術》。 人類基因組是二倍體,完整了解每個染色單體的變異對基因組信息的解讀具有重要意義。
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中科院昆明動物研究所研究團隊完成最新版樹鼩基因組高精度測序組裝及注釋
近日,記者從中國科學院昆明動物研究所獲悉,近年來,來自中國科學院昆明動物研究所的研究團隊,對樹鼩開展了長期而深入的研究,先後主導完成了樹鼩高質量基因組測定、基於樹鼩精原幹細胞的轉基因技術突破、樹鼩特殊遺傳特性和生活習性的解析等工作,拓展了人們對於這一新型實驗動物的認識。
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納米孔長讀長測序完成蜂鳥高度連續基因組組裝並提高異構體識別
PromethION測序結合短讀長測序從頭組裝高度連續準確的紅喉蜂鳥基因組利用納米孔高通量測序儀PromethION,生成超過25 Gb的測序數據,N50大於40 Kb,結合短讀長測序,使用由Aleksey Zimin和約翰·霍普金斯大學的Salzberg實驗室開發的MaSuRCA工作流程進行基因組混合組裝, 「安娜的蜂鳥(Anna’s hummingbird)」作為參考基因組
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浙大葉恭銀教授組納米孔測序從頭組裝高質量麥蛾繭峰基因組
100 ng的DNA完成全基因組組裝。解決了個體小、樣品稀有、只能獲取少量DNA的物種的基因組組裝的難題。貝納基因開發的全基因組複製後基因組組裝的流程,可以對ng級DNA的個體進行基因組組裝。研究成果發表在預印本網站 BioRxiv。摘要基因組組裝需要大量的DNA(通常是ug級),以滿足二代和三代文庫構建的需求。但是諸如昆蟲這種個體小的動物,很難得到足夠的DNA進行後續的建庫和測序。
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大山雀基因組組裝完畢
最近科學家們又破解了一種重要模式生物的基因組,這項由裡程碑意義的研究成果發表在一月二十五日的Nature Communications雜誌上。 荷蘭生態研究所(NIOO-KNAW)和Wageningen大學的研究團隊首次組裝了大山雀參考基因組、轉錄組和甲基化組。他們發現,表觀遺傳在記憶和學習能力的進化中起到了關鍵性作用。
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HiFi reads,挑戰基因組組裝不可能
相對於CLR組裝的高深度(100X subreads),HiFi模式直接用高準確度的HiFi reads進行基因組組裝,較低的測序深度(25X)即可獲得高質量的參考基因組。因用於基因組組裝的數據量較小,組裝過程中所需的計算資源也較少。而且,由於HiFi reads本身具有較高的準確度,不再需要用二代數據對三代組裝的基因組進行校正(圖1),大大縮短了組裝周期。
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首個珊瑚基因組測序完成
日本科學家完成了對鹿角珊瑚的基因組測序工作。(圖片提供:Chuya Shinzato) 第一個完整的珊瑚基因組測序結果顯示,珊瑚的起源時間比之前認定的時間早了很多,並且至少有一個重要的物種比環保人士所擔心的更為脆弱。
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PNAS:測序組裝染色體技術
這正是一些基因組研究人員在嘗試通過新一代DNA測序數據,拼接成染色體時所面臨的同樣問題。這些染色體能提供基因組組織和結構變異方面的信息,有助於解析進化歷史。為了能拼湊出這些染色體來,科學家們可以通過物理或者遺傳圖譜完成,但是對於許多物種而言,這種指導性的圖譜並不存在。
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蒙古族人全基因組序列圖譜繪製完成
2011年12月19日,由內蒙古農業大學、內蒙古民族大學和深圳華大基因研究院合作開展的第一個蒙古族人的全基因組序列圖譜繪製工作已經完成。科學家們將此圖譜譽為「天驕一號」,這標誌著我國的人類學、民族學、人類遺傳學及醫學健康研究進入基因組水平。 基因採樣的成年蒙古族男子系成吉思汗黃金家族的34代孫,具有完善的家族系譜記錄,且沒有和外族通婚史。科學家們利用新一代高通量測序技術,採取了從頭測序和重測序兩種方法分別獲得全基因組序列。