突變對表達影響預測資料庫

某一個基因的突變不一定影響自己基因的表達，這個基因的突變有可能會影響這個基因的功能進而影響其他基因的表達。所以我們在進行多組學分析的時候，對於基因的突變也可以看一下是否影響其他基因的。

對於利用TCGA資料庫分析突變和基因表達之間的關係的資料庫。目前之前介紹的類似於GEPIA是實現不了的。同時Cbio一般也是看自己基因和自己基因突變的的關係的。所以今天就介紹一個可以用來分析基因突變和基因表達關係的資料庫：muTarget(http://www.mutarget.com/)

資料庫運算背景

資料庫提供了兩種輸入選項，輸入想要查看的的基因突變或者輸入那個想要查看的基因的表達。同時選擇目標癌種(TCGA資料庫)。

同時對於基因突變的定義，資料庫把基因的突變按照基因的位置分成了四種：所有突變分析、蛋白編碼突變、非編碼突變以及破壞性突變。對於每一個組裡面的具體突變類型(錯義，同義，移碼等)，這個資料庫則是沒有進行詳細分組的。

如果輸入的是突變，則基於輸入的基因的突變類型分成有突變和沒有突變，然後對其他基因進行Mann-Whitney非參檢驗。進而來確定哪些基因到突變的影響。

如果輸入的是表達，那則把這個基因的表達和所有基因突變來進行分析。統計方法和上面的一樣。

資料庫操作

整個資料庫的操作就比較簡單了，我們需要做的就是基於資料庫提供的界面，一步一步的選擇即可。例如我們想要看TP53的突變在乳腺癌當中對哪些基因表達產生影響。這個時候就可以在Genotype模塊裡面輸入TP53。然後點擊START ANALYSIS即可。

在選擇完之後，即可和突變相關的所有基因的表格和前幾的圖形的結果。這些結果都是可以下載下來的。

資料庫使用場景

以上就是這個資料庫的主要使用的功能。如果想要分析突變對於那些基因的表達有影響的話，可以通過這個資料庫來進行分析的。但是有一些不足的地方在於對於基因的突變的具體類型沒有進行細分。如果想要知道具體突變對於基因表達的影響的話，這個可能就得自己分析了。如果想要具體分析的話，可以參考使用UCSC XENA來下載具體的數據，然後進行分析。