基因表達+突變分析利器

2020-11-14 事事聊生信

小夥伴們大家好呀，今天要為大家介紹的是於2020年9月1日發布的資料庫muTarget（http://www.mutarget.com/），分析實體瘤中基因表達變化和突變狀態的資料庫。


muTarget資料庫：連接實體瘤中基因表達變化和突變狀態的平臺

muTarget介紹

muTarget資料庫主要來自癌症基因組圖譜（TCGA）存儲庫，主要包含200多個癌症標本的實體瘤收集到資料庫中。

muTarget資料庫的分析是基於R v3.5.2統計環境，從而進行數據處理步驟和算法開發。使用MAFtools R Bioconductor程序進行匯總。對於特定於癌症的體細胞突變，使用了突變注釋格式（MAF）文件，該文件已排除了質量低下的信號和最有可能代表種系改變的變體。


根據snpEff為規範轉錄本生成的序列本體將每個突變分為三個功能組，包括「所有突變」，「蛋白質編碼突變」和「破壞性突變」。所有突變組都包括基因的任何改變;蛋白編碼突變組包括那些蛋白編碼序列的突變，包括錯義，同義，移碼，翻譯起始和終止密碼子相關突變；破壞性突變組僅包括那些實際上破壞蛋白質結構的突變，即翻譯起始和終止密碼子相關突變和移碼突變。

對於基因表達，使用了由Illumina HiSeq 2000 RNA Sequencing Version 2平臺生成的原始高通量測序（HTSeq）分析RNA-seq數據。使用基於負二項式分布的「DESeq」軟體包對原始計數數據進行了歸一化處理。應用「AnnotationDbi」包來用基因符號注釋Ensembl轉錄本ID。


下面就讓我們來看看這個資料庫吧……


Home

muTarget的主頁界面非常簡潔，配色也突出重點。主頁的正中間是資料庫的使用方法，可以說是非常人性化了。

Seach

檢索和分析方式分為有2種，一種是同通過突變去檢索相關差異化表達的基因，另一種是通過差異表達基因去檢索相關的基因突變。詳細的描述和檢索方式為：


第一種：通過「Genotype」分析，可以鑑定出攜帶突變輸入基因的樣品中表達改變的基因。

以TP53和TP53BP1突變檢索實體瘤類型Bladder cancer, Breast cancer, Brain Lower Grade Glioma, Liver cancer, Melanoma, Gastric cancer為例：


結果展示Liver cancer為例，檢索不僅可以得到突變基因在實體瘤中影響的基因表達目錄以外，還能得到表達的箱線圖。

第二種：通過「 Target」運行，可以識別導致輸入基因表達變化的突變。


以TP53基因為例，去檢索TP53在實體瘤中相關的基因突變。


以liver cancer為例，檢索TP53相關的基因突變，得到以下結果，不僅得到基因突變目錄，也可以得到基因的表達箱線圖。

Download

檢索得到的基因或者突變，都可以進行數據和圖的下載。下載連結直接在表格或者圖的下面，點擊後，表格的下載，得到一個網頁數據，在TXT文件中去掉格式後，可以在excel中粘貼得到完整的表格。

圖的下載，點擊後生成PDF的箱線圖，可以直接下載保存PDF文件。

其他

如果使用這個資料庫，可以直接引用文章。


資料庫還提供了團隊的聯繫方式，有問題可以直接訪問他們的網頁去聯繫科研小組。

這麼方便好用又強大的資料庫，快來pick一下吧……

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  • 心臟病發作風險的基因突變因素
    他們著重檢測了病人體內GNB3、GNAQ和GNAS這三個基因上的7種不同的單核苷酸多態性(SNP)與室性心動過速的關聯。研究發現在GNAS基因上的兩個SNP顯著增加室性心動過速的風險。在研究的第二部分中，研究人員考察了1335名心臟性猝死者的基因多態性，試圖驗證與室性心動過速相關的GNAS基因上的SNP是否也與心臟性猝死相關。
  • 我國478例DMD家系基因突變分析
    專業特長: 具有紮實的科學專業知識，包括物理，化學，生物，分子生物學，遺傳學，分子腫瘤學，現代分析儀器等。由張旭博士的努力推動了 DHPLC 技術在中國基因檢測各個領域的發展和應用。張旭博士近五年來開始從事臨床基因檢測技術的應用，在包括遺傳性基因，腫瘤個體化綜合治療相關的基因檢測，取得的很大成績。摘要： 目的  假性肥大型肌營養不良(Duchenne/Becker musculardystrophy，DMD/BMD)是常見的X-連鎖隱性遺傳性肌肉疾病，由DMD基因突變所致。
  • 微生物產生抗藥性的唯一途徑就是基因突變?
    然而，來自杜克大學醫學院的研究者們發現，卷枝毛黴菌（Mucor circinelloides）還有第二種產生抗藥性的途徑——利用表觀RNA幹擾（RNAi）來抑制相關基因的表達，從而獲得暫時的、可逆的抗藥性。這是研究者們第一次通過常規的基因篩選法發現真菌內源基因的表觀突變。研究論文於7月27日發表在《自然》（Nature）上[1]。
  • 最矮的基因突變找到了
    僅以遺傳因素而言，迄今就發現了不少基因與身高有關。然而美國科學家在2020年5月13日的《自然》雜誌上報告，他們發現了一個對決定身高具有巨大影響的基因突變。 美國哈佛醫學院、麻省理工學院Broad研究所等機構的研究人員稱，他們確定了迄今為止最重要的決定身高的遺傳因素，一個先前未知的特定人群的基因突變——FBN1基因的E1297G變體。
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  • 警惕,這些基因突變,癌症術後易復發
    今天我們給大家解讀一篇研究報導，也就是只通過早期肺癌手術後組織測序結果來分析，那部分患者可能預後不好，容易出現復發的風險。二、I期肺癌中與總生存期相關的基因突變只要是癌症就一定存在基因突變，所謂的陰性結果，只能說是測序錯誤或基因公司的判讀錯誤。I期肺癌也是有基因突變，這些基因突變對手術之後的預後有影響嗎？