還有比較好的方法是，用酚：氯仿抽提最後所得的DNA,用標準的乙醇沉澱法回收，並用70%乙醇洗滌；或者使用大體積酶切體系(100~200uL)， 用5倍以上的酶量，酶切後用標準乙醇沉澱法回收DNA。
問題(步驟15):在消化過程中DNA變成了彌散帶。
解決方案： DNA可能被細菌DNA酶(如EndA)汙染，這種酶會被酶切緩衝液中的Mg21激活。DNA酶的最可能來源是溶解質粒DNA所用的TE儲液。如果不是十分小心，TE會被細菌汙染。較小的可能性是酶切緩衝液的問題。可以嘗試以下方法：
●每批TE都經高壓滅菌，分裝於1mL無菌離心管中，每天用新鮮的。
●使用儲存液時儘量無菌操作。如果純化質粒DNA含有DNA酶，用酚：氯仿抽提，標準乙醇法回收，重懸於新鮮的TE中。
該實驗方案是從少量(1~2mL) 細菌培養物中分離質粒DNA。DNA產量為100ng~5μg，這取決於質粒的拷貝數。少量的DNA作為體外酶促反應的底物或者模板是足夠的，但是，如果質粒DNA用於測序則需要進一步純化。
很多年以來，鹼裂解法提取質粒DNA一直是標準的方法。如今，人們更傾向於用試劑盒提取。下列方案是早期實驗的回顧，已經包含在所有4個版本的《分子克隆實驗指南》一書中。它一定不會再出現了。
近些年來，隨著PCR技術的出現，以及DNA克隆和測序方法的發展，對大量質粒載體和重組子的需求也大大減少。因此，本方案曾一度廣泛應用，但已經被更為快速和簡便
的柱純化方法代替(見本章導言部分的「純化DNA的商業試劑盒」)。