利用轉錄組學方法揭示南荻群體遺傳—新聞—科學網

2020-12-05 科學網

 

本報訊 南荻是中國特有的畝產生物量最大的芒屬能源植物。南荻原產於河濱地帶,但其遺傳變異豐富,生態適應強,移栽到黃土高原等半乾旱地區後,生長良好;由於其根系較淺,種植後不會過度利用深層土壤水分,可以有效減少地表徑流,有助於水土保持,發揮重要的生態修復功能。

近日,中國科學院武漢植物園閆娟博士在李建強和桑濤研究員的指導下,根據以往對南荻生理生態及群體遺傳的研究,揭示利用轉錄組學方法研究群體遺傳,可以捕獲群體內和群體間遺傳變異和表達變異的微弱信號,並對植物在不同環境條件下進行的遺傳水平響應有了整體認識,更清晰地闡明植物群體進化的適應性和非適應性過程,研究結果在線發表於《分子生態學》上。

科研人員篩選出10個優勢群體共78個個體開展群體轉錄組學研究,發現在分析群體間分化時,基於基因表達數據的結果比單核苷酸多樣性更為敏感,如,差異基因表達分析發現,參與光合過程及對溫度或活性氧刺激物響應的基因在某些群體異常豐富。

此外,在每個群體,核苷酸多樣性和表達多樣性呈顯著負相關;而在群體水平,它們卻表現為正相關,這表明遺傳變異和表達變異在植物維持群體穩定及適應性進化過程中發揮獨立的作用。(沈春蕾 閆娟)

《中國科學報》 (2017-09-04 第5版 創新周刊)

相關焦點

  • 利用轉錄組學方法揭示南荻群體遺傳
    南荻原產於河濱地帶,但其遺傳變異豐富,生態適應強,移栽到黃土高原等半乾旱地區後,生長良好;由於其根系較淺,種植後不會過度利用深層土壤水分,可以有效減少地表徑流,有助於水土保持,發揮重要的生態修復功能。 近日,中國科學院武漢植物園閆娟博士在李建強和桑濤研究員的指導下,根據以往對南荻生理生態及群體遺傳的研究,揭示利用轉錄組學方法研究群體遺傳,可以捕獲群體內和群體間遺傳變異和表達變異的微弱信號,並對植物在不同環境條件下進行的遺傳水平響應有了整體認識,更清晰地闡明植物群體進化的適應性和非適應性過程,研究結果在線發表於《分子生態學》上。
  • 科研人員在南荻群體遺傳學研究中取得新進展
    新華社武漢8月31日電(記者 李偉)南荻是我國特有的畝產生物量最大的芒屬能源植物,其遺傳變異豐富,生態適應強,極具生態修復功能。記者31日從中國科學院武漢植物園獲悉,科研人員利用轉錄組學方法研究南荻群體遺傳,可以更清晰地闡明植物群體進化的適應性和非適應性過程。  這一研究是由中國科學院武漢植物園李建強和桑濤研究員指導負責。
  • 科學家解析油菜油脂合成的遺傳基礎—新聞—科學網
    該研究利用505份甘藍型油菜群體的基因組重測序數據以及從中選擇的309份代表性材料種子發育兩個時期的轉錄組數據,通過全基因組關聯分析(GWAS)和全轉錄組關聯分析(TWAS)等方法對油菜籽粒含油量的遺傳基礎進行了系統解析。
  • 科學家繪製水稻根單細胞轉錄組圖譜—新聞—科學網
    對於根尖這一重要的高異質性器官,傳統的高通量測序無法檢測不同細胞型的轉錄組差異。 12月19日,中國農業科學院生物技術研究所谷曉峰課題組與德國海德堡大學Jan U. Lohmann課題組合作,在《分子植物》在線發表研究論文。
  • 紅斑狼瘡遺傳暗物質生物學功能獲揭示—論文—科學網
    紅斑狼瘡遺傳暗物質生物學功能獲揭示為特異性免疫幹預治療提供新策略   上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院風溼病學研究所教授沈南團隊通過研究整合表觀遺傳學
  • 安諾優達攜手中科院遺傳所召開基因組學前沿技術應用研討會
    本次大會吸睛點頻現,13位專家圍繞基因組進化和多倍化、趨同和適應性化、協同進化、轉錄調控、表觀修飾調控等基因組學研究方向就最新研究進展及經驗、技術突破、應用展望進行了專題報告。同時,還結合比較轉錄組、比較蛋白質組等手段對水牛產奶性狀、肉質性狀形成的遺傳基礎進行了系統解析。中國科學院遺傳與發育生物學研究所李響研究員以單細胞DNA甲基化測序的那些事兒為主題分享了自己近期在單細胞甲基化領域所做的一些嘗試及其相關研究成果,圍繞自主開發scBRIF-seq方法展開了詳細闡述,為單細胞甲基化的研究提供了新的建庫測序和分析方法。
  • 彭廣敦教授:空間轉錄組測序技術轉錄組學研究領域的新方向
    本次會議多組學研究和臨床轉化研討會以邁向臨床精準醫療為主題,聚焦基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學等多組學技術聯用研究臨床疾病,以及多組學數據的整合交叉分析應用,會議涉及基因變異、測序分析、轉錄調控、代謝研究、RNA幹擾等,力圖打通多組學研究到臨床應用的通道,推動多組學技術在醫學轉化上的應用。來自中國科學院上海生化細胞所的彭廣敦教授分享了「空間轉錄組測序技術」精彩議題。
  • 千種植物轉錄組計劃發布新成果—新聞—科學網
    千種植物轉錄組計劃發布新成果
  • 科學家揭示入侵細菌改變灰飛蝨微生物群落機制—新聞—科學網
    他們揭示了入侵的共生細菌沃爾巴克改變灰飛蝨微生物群落結構的機制。 洪曉月介紹,昆蟲體內蘊藏著一個龐大而複雜的微生物社會,經過長期的共進化,他們與其宿主產生了千絲萬縷的聯繫,並在宿主的生長、發育、生殖和對外部環境適應中扮演重要的角色。近年來,微生物對昆蟲的影響受到越來越多的關注,但是影響微生物社會結構的因素在很大程度上仍是未知的。
  • 超級稻粒寬粒重基因調控產量機理獲揭示—新聞—科學網
    該研究克隆了一個水稻粒寬粒重QTL/基因並開展了功能分析,為闡明水稻粒形的遺傳調控機制和高產分子育種奠定了基礎。 此前,科學家已克隆了一些控制水稻籽粒大小的重要基因/QTL,但水稻粒形和粒重調控的分子機理仍不清楚。水稻育種家們利用籽粒大小的自然變異對水稻產量和品質進行改良,但只有少數幾個粒形調控基因的等位變異能被廣泛利用。
  • 科學家揭示心血管疾病家兔模型的基因組和轉錄組特徵
    科學家揭示心血管疾病家兔模型的基因組和轉錄組特徵 來源:上海生命科學研究院   發布者:張薦轅   日期:2016-06-20   今日/總瀏覽:1/3013
  • 揭示細胞表觀信息穩定遺傳的相關分子機制—新聞—科學網
    中科院生物物理所:
  • 研究揭示肺中髓系細胞多樣性的轉錄組和表觀遺傳機制
    研究揭示肺中髓系細胞多樣性的轉錄組和表觀遺傳機制 作者:小柯機器人 發布時間:2020/1/25 10:53:38 美國加州大學聖地牙哥分校Eniko Sajti等研究人員的一項最新工作揭示了肺中髓系細胞多樣性的轉錄組和表觀遺傳機制
  • 全基因組及轉錄組研究揭示開心果的環境適應以及馴化機制 | Genome...
  • 單細胞轉錄組+蛋白組+bulk RNAseq!多組學繪製全面肺衰老圖譜
    本文作者使用單細胞轉錄組學和基於蛋白質組學的質譜分析(mass spectrometry-based proteomics)來量化年輕和年老小鼠肺部30種細胞類型的細胞活性狀態變化。作者發現,衰老會導致轉錄噪聲增加,並且放鬆對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對於細胞類型特異性的影響,發現2型肺細胞和脂肪成纖維細胞膽固醇合成的增加,以及呼吸道上皮細胞的改變,是肺部老化的幾大標誌。
  • 單細胞轉錄組+蛋白組+bulk RNAseq!多組學繪製全面肺衰老圖譜
    本文作者使用單細胞轉錄組學和基於蛋白質組學的質譜分析(mass spectrometry-based proteomics)來量化年輕和年老小鼠肺部30種細胞類型的細胞活性狀態變化。作者發現,衰老會導致轉錄噪聲增加,並且放鬆對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對於細胞類型特異性的影響,發現2型肺細胞和脂肪成纖維細胞膽固醇合成的增加,以及呼吸道上皮細胞的改變,是肺部老化的幾大標誌。
  • 科學網—玉米多組學資料庫上線了
    以玉米為例,現有資料庫大多關注一種或幾種特定組學數據,不同資料庫之間難以有效整合利用。」嚴建兵指出。 於是,這些數據成了一座座「孤島」。論文第一作者桂松濤告訴《中國科學報》,有的玉米組學資料庫只包含了基因的注釋信息,有的只記錄了遺傳變異信息。僅通過這兩個孤立的資料庫資源難以判斷出某個遺傳變異是否會對附近的基因表達造成影響。
  • 靶向單細胞多組學方法,可在低深度下同時檢測蛋白表達和低豐度轉錄組
    研究發現,靶向轉錄組學方法與蛋白質檢測相結合不需要其他方法那樣高的測序深度,並仍然保持對低豐度轉錄組的高靈敏度。結果顯示,該方法可同時檢測492個免疫相關基因和41個表面蛋白。 為驗證該方法,研究團隊將來自三個健康對照組的27,258個外周血單核細胞分成兩批,一批進行多組學流程分析,另一批進行基於流式細胞的表型分析。
  • 研究揭示細胞轉錄組與染色質可及性圖譜
    研究揭示細胞轉錄組與染色質可及性圖譜 作者:小柯機器人 發布時間:2019/10/15 12:31:02 美國加州大學聖地牙哥分校Kun Zhang小組利用高通量測序方法,揭示了同一細胞中轉錄組和染色質可及性圖譜
  • 聚焦組學「三國」 演義一流期刊—新聞—科學網
    我們要堅守住自己的領域,要贏過競爭者,就必須實實在在地把好質量關。」他說。 聚焦「三國」創新刊 21世紀之交,在人類基因組計劃的帶動下,全球風靡基因組測序。借著這股「東風」,GPB誕生了。 這並不容易。創建一本期刊,從學科發展到基礎支撐再到人才的到位,「天時、地利、人和」缺一不可。