文獻閱讀作為科研的基本功,是每一位科研人員的科研生活中必不可少的一部分。尤其是在基因篩選、試驗設計上,閱讀文獻都會給我們帶來很大的便利。「他山之石可以攻玉」好好閱讀文獻,對我們的科研來說可謂是事半功倍。
但是,文獻閱讀尤其是sci,本來語言表達就比較枯燥,再加上對我們來說是非母語的文字,這讓sci文章的閱讀效率大打折扣。今天就帶給大家一款sci文章快速閱讀的神器,幫助大家迅速把握sci閱讀,抓住想要的重點。
要說這款神器有多牛呢,有專門的文獻對其進行了詳細的講解,感興趣的讀者可以自行閱讀。期刊是正兒八經的影響因子十多分,但是更有趣的是作者的機構,NCBI官方實錘。這麼好用的網頁到底是什麼呢,今天就帶給大家這款叫做PubTator central的神奇網站。
(圖片來源:文獻截圖)
PubTator Central這個網站,簡單地說是一個基於Web的系統,這個系統可以在【PubMed摘要】和【PMC全文文章】中自動進行【快速檢索】和【關鍵字詞的注釋】。
PubTator Central支持六種分類的類型:基因/蛋白質、遺傳變異、疾病、化學物質和細胞系。而且PubTator Central會隨著pubmed的更新,每天進行文獻內容的更新,目前包含約300萬篇全文文章和2900萬篇摘要。
未來的網站的人員還打算改進搜索功能,增加關鍵字和語義查詢的組合,甚至還能對表格和附加材料中的內容進行檢索。
與通常我們在PubMed直接檢索,然後閱讀文獻摘要這種方式相比,PubTator Central將提取關鍵檢索字詞的數量增加了約2.6倍。當對全文文章中的段落執行信息檢索時,信息檢索也比僅對摘要執行時更有效。
作為一款文獻檢索網頁,最直接最簡單的方法肯定是直接在檢索框中輸入我們需要的關鍵詞,不過這種方式太簡單,而且沒辦法發揮出PubTator的全部實力。
那麼如何才能更好的使用呢?
首先,PubTator central網站的檢索支持布爾邏輯,也就是and、or、NOT和引號在這裡的檢索是可以用的,
簡單地說呢
【A and B】 就是檢索結果必須要同時有AB
【A or B】 就是檢索結果中有A也可以,有B也可以,當然AB都有的也會被檢索出
【A NOT B】 只能檢索出和A有關的,且裡面不能存在B
【引號】 將兩個英文單詞連接成詞組,檢索時該詞組必須同時出現才能符合檢索條件
除此之外,PubTator central還有自己獨特的檢索方式,叫做【語義檢索(Semantic search)】,語義檢索可以按照基因、疾病、試劑和藥品等不同的分類進行檢索。
在基因檢索時,需要輸入【@gene@基因ID】,基因ID可以在NCBI的基因查詢中查找到,NCBI檢索欄位置選擇gene然後進行檢索即可,每個基因的下方會有對應的ID。
筆者此處以GAPDH為例,經查找,GAODH的基因ID為2597。然後在PubTator central的檢索框中輸入@【gene@2597】,即可彈出所有與GAPDH基因相關的所有文章。
(圖片來源:網頁截圖)
同樣,在檢索某種疾病或者試劑時,我們只需要輸入【@disease@MESH:相應ID】或者【@chemical@MESH: 相應ID。】這裡的MESH的序號,我們可以通過NCBI中MESH選項裡檢索進行獲得。然後同樣點擊【檢索】即可出現對應的疾病或者試劑的檢索結果。
(圖片來源:網頁截圖)
和普通結果相比,在一個單詞有很多含義的時候,語義檢索可以明確地幫我們找到需要類型的檢索詞。
此外,PubTator Central中語義檢索的結果相比於直接搜索關鍵詞,會更加專一和準確,通常用基因進行的語義檢索的結果,檢索的基因都是文章的關鍵基因,甚至都是在題目中都包含了這個基因。而普通檢索時,儘管文章中會提及這個基因,但是相對的只是當作一個指標。
同樣由於納入範圍較窄且條件更為嚴格,語義檢索的結果也相對更少,甚至很可能出現檢索不到的情況,具體使用哪種檢索方式,還需要各位讀者根據自己的情況使用。
相信有了這款神器,在剛開學的科研中,能夠助力大家更好地科研。
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