達爾文的生物進化論一直是生物進化學的根基，100多年來人們對這一理念深信不疑。1月21日出版的英國《新科學家》雜誌卻載文稱，達爾文認為生物進化呈樹狀的理論是錯誤的。
「生命進化樹」就像大家譜
1837年7月，年僅28歲的英國生物學家達爾文，在倫敦的寓所裡靈光一閃，在筆記本上畫了一棵假想的樹，以此來闡述物種進化方式，這是達爾文首次提出「樹狀生命進化論」。22年後，這一理論公之於眾，在「生命進化樹」理論的基礎上，LUCA概念形成了。LUCA指的是「所有物種在分化之前的最後一個共同祖先」。由LUCA衍生出的一個軀幹，經過一次次分裂，生長成一棵枝葉繁茂的大樹，每個分支都相當於一個物種。「生命進化樹」就像一個大家譜，展示了各個物種之間的關聯。
在過去的150年中，生物學家們一直致力於完善「生命進化樹」，使其更加細節化。法國巴黎第六大學生物學家艾瑞克·巴普提斯塔說：「長久以來，我們的夢想就是畫出完整的『生命進化樹』。」
近年來，「生命進化樹」日趨完善，但該命題本身卻受到質疑。生物學家們目前正在討論，有人認為「生命進化樹」概念是錯誤的，是應該摒棄的。巴普提斯塔說：「我們沒有證據能證明『生命進化樹』正確。」這種質疑就像一顆炸彈，轟動了生物界，因為它動搖了我們有關生物進化的根本理念。
簡單的說，這個問題源於DNA（脫氧核糖核酸）。1953年DNA結構的發現，為生物進化學打開了新篇章。當研究了DNA序列，以及其他生物分子如RNA（核糖核酸）、蛋白質等，生物學家們認為，這樣的發現證實了達爾文的「生命進化樹」理論。他們的根據是，越接近的兩個物種，其DNA、RNA、蛋白質序列就越接近。
20世紀90年代早期，生物學家發現了DNA排序中的問題。在實現了RNA排序之後，生物學家研究了細菌以及單細胞基因的排序。原本，人們期待DNA排序可以進一步證實RNA排序，可DNA與RNA的指向有時是統一的，有時卻是相悖而行的。比如，根據RNA排序，物種A、B、C之間，物種A與物種B更接近；而根據DNA排序，物種A與物種C更接近。
進化樹
「樹狀」還是「網狀」？
越來越多的細菌和動植物的基因測試顯示，異種交配要比我們想像的複雜得多，這意味著基因並不是簡單遺傳給生命樹上的個別枝條，它們還在物種之間以不同的進化路徑轉換，其結果是一個雜亂無章的「生命網」，或者說，呈灌木狀。
水平基因轉移（HGT，指在不同生物個體間或單個細胞內部細胞器之間，遺傳物質的交流）系統讓生物學家意識到「生命進化樹」理論暗含的意思。早在1993年，就有生物學家提出細菌的基因排序不是樹狀，而是網狀。1999年，美國《科學》雜誌發表言論說：「『生命進化樹』並不是真實存在於自然界中的，而是人類用來規劃自然界的一個理論。」但是，有研究者運用更多的研究捍衛達爾文的觀點，認為所謂網狀的進化論是理想化、不切實際的想法。
「樹狀」和「網狀」的辯論在2006年正式拉開帷幕，位於德國海德堡的歐洲分子生物實驗室派出由皮爾·博克領導的工作組，研究了來自細菌、古細菌以及真核細胞的191個基因組，他們發現，其中31組基因，沒有任何跡象表明曾經被水平轉移過，和尚未完善的「樹」相近。
但是，來自德國杜塞道夫大學的達岡和馬汀教授認為，31組的結果不能夠證明什麼，這個數字太小，不能代表其他基因組。
到目前為止，這場辯論仍然持續兩極化狀態，博克和他的團隊繼續研究「生命進化樹」理論，他說：「我們相信『生命進化樹』理論，雖然有水平基因轉移的存在，但最終的形狀還是樹狀的。」達岡及其團隊也在為推翻「生命進化樹」而不懈努力。2008年，達岡和他的團隊研究了181個基因組，發現80％的基因組存在水平基因轉移。
物種雜交催生新理念
有學者相信，雜交是物種進化的有力驅動。來自倫敦大學的生物進化學家詹姆斯·馬裡特說：「（雜交）是非常普遍的現象，有1／10的動物都是雜交的。」2008年，美國德克薩斯大學的科學家在包括家鼠、野鼠和非洲爪蛙在內的8種動物的基因組合中發現了一種奇特的DNA。這是雞、大象和人類所沒有的DNA，這說明它是一些動物通過異種交配形成的基因組。幾年前，科學家也曾在牛體內發現蛇的DNA，魚類、昆蟲和植物中也都曾發現水平基因轉移現象。這些新發現意味著，用達爾文的進化枝條來連接物種過於簡單了。
正如法國生物學家巴普提斯特所說：「如果『生命進化樹』真的不存在，這對生物進化學意味著什麼呢？這是非常恐怖的，我們堅信多年的理論居然是錯誤的。」巴普提斯特表示，「生命進化樹」理論可能是錯誤的，但這不代表進化論本身是錯誤的，只不過，它並不像我們想得那麼簡單。有一些物種的進化是呈現樹狀的，有一些卻不是，這比達爾文的理論要複雜一些。「生命進化樹」理論也是具有深遠意義的，只不過目前我們對進化論有了更深的認識，所以需要進一步研究。
對「生命進化樹」的質疑在學界引起很大波瀾。加州大學進化生物學家麥可·羅斯說：「『生命進化樹』正被掘墳埋葬。雖然有些人不承認，但我們對生物的整體基礎觀點需要改變。」(生物谷Bioon.com)