在本文的開頭，我們首先要明白三個最基本的概念，什麼是傳染病？什麼是流行病？什麼是瘟疫？美國演化生物學家賈雷德·戴蒙德在《槍炮、病菌與鋼鐵》一書中，提出了一個重要的觀點，他認為農業的出現是人群傳染病形成的開端，並且隨著城市的出現，傳染病的流行速度被加快了，我們應該如何理解賈雷德·戴蒙德的觀點呢？
第一：傳染病、流行病與瘟疫
傳染病是指具有傳染力的疾病，這種疾病是由病原性的微生物導致的，並且這些微生物能夠在體內繁殖，這些微生物可以是細菌，也可以是病毒，還可以是寄生蟲；流行病是可以感染眾多人口的疾病，但這種病在工業時代，並不一定是傳染病，比如20世紀50年代發生在日本的水俁病就是一種地方性的流行病，但這不是由病毒、細菌和寄生蟲導致的傳染病，而是因環境汙染而造成的一種流行病。
1912年，巴拿馬人在消毒，預防瘧疾
瘟疫是漢語裡面的一個詞彙，在古希臘文、拉丁文和英語裡並沒有相對應的詞彙，中國古代歷史上發生的瘟疫，在英語裡是流行病的意思，即epidemic；而傳染病在英文裡是infectious disease。因此，流行病、瘟疫（epidemic）是兩個不同的概念。傳染病超過一定的傳播閾值，才會引發流行病，即我們中國人常說的「疫」、「疫氣」。
人類進入到21世紀，瘟疫、饑荒、戰爭在全球範圍內都已經消失了，目前發生的流行性的傳染病，其規模一般都是很小的，遠遠小於歷史上的瘟疫，所以，在中文詞彙裡，現代社會發生的流行病，不能稱之為「瘟疫」，瘟疫是一個歷史名詞。
公元17世紀，發生在歐洲的黑死病
我們理清了傳染病、流行病與瘟疫的概念，對於賈雷德·戴蒙德在《槍炮、病菌與鋼鐵》一書中提出的「傳染病的流行始於農業的發明」這個觀點就很好理解了。原始人類會得傳染病，但是，原始社會卻不會發生流行病。
第二：原始社會為什麼不會發生流行病？
病毒、細菌、寄生蟲這些微生物在自然界與多細胞動物是一種共生關係，它們並不是總會對多細胞動物產生傷害。當然，病毒到底是不是生物，目前仍然有爭論，因為生物最小的單位就是細胞，病毒連細胞都不是！但無論如何，病毒是一個生命，它是活的，有生有死，這是毋庸置疑的。
黃熱病病毒
病毒與多細胞動物同樣是共生的，它不會總是傷害宿主，想想看，地球上的病毒如果總是傷害宿主，那麼，它們會隨著宿主一同死亡，地球上也就沒有病毒了。我們舉個例子來說明這個問題，澳大利亞大陸其實就是一個「島」，長期與世隔絕，澳大利亞連兔子這種動物都沒有，19世紀，歐洲人把歐洲的兔子帶到了澳大利亞，由於當地沒有兔子的天敵，於是導致了澳大利亞的兔子泛濫成災。怎麼把這些兔子消滅呢？1950年，澳大利亞人想到了一個好辦法，那就是引入黏液病毒，黏液病毒對歐洲的兔子會產生致命的傷害，當時的人們認為，用這種病毒可以將澳大利亞的兔子全部消滅，但是，令人萬萬沒想到的是，黏液病毒在不久以後開始與兔子和平相處了，澳大利亞的兔子堅強地存活了下來。為什麼會產生這種意想不到的情況呢？因為病毒自身也在演化，所謂「物競天擇，適者生存」，毒力太強的病毒反而不容易存活，它會隨著宿主一起死亡，而毒力較弱的病毒反而容易存活下來，長期生活在宿主體內。病毒作為一個生命，它也要考慮自身的利益，當然這並不是說病毒是有意識的，而是說病毒也在進化，也要學會適應宿主體內的環境。病毒從高毒力轉換為低毒力，基因發生了變異，當然，基因變異之後，它可能也會變成另外一種病毒。總之，宿主在進化，病毒也在進化，地球上的生物都在進化。
澳大利亞兔子泛濫，圖為兔子皮毛交易
地球上所有的多細胞動物都是攜帶病毒的，我們的身體不僅屬於自己，還屬於這些微生物。然而，在自然界，是不會發生流行病的。菸草花葉病毒是人類認識的第一個病毒，黃熱病病毒是人類認識的第一個人類病毒。黃熱病病毒在人類社會很早就存在了，並且它還感染猴子，這就是說在很早的時候，我們人類以及我們人類的近親都擁有一些共同的病毒。但是呢，黃熱病只在非洲的某個角落裡傳播，從未形成流行病。直到新航路開闢，黃熱病才成為一種流行病，17世紀時黃熱病病毒因奴隸貿易而傳播到美洲，之後在歐洲爆發了大流行。這就是說在原始社會，人們會感染病毒，並且這些病毒有的時候還是致命的，但是，卻不會發生流行病，即這種傳染病不會在人群中廣泛傳播，不會突破傳播的閾值而形成大疫、瘟疫。因此，農業的發明是人群傳染病形成的開端。
植物也會感染病毒，圖為菸草花葉病毒
那麼，黃熱病病毒在非洲的某個角落裡傳播，這些土著居民不是會長期受到這一病毒的折磨嗎？我們不要忘了，病毒自身也在演化，改變自己的基因組，但是我們人類也在演化啊，我們每一代人和上一代人的基因是不一樣的，只不過這些差別很小而已，在面對病毒時，具有更強的能力對付這些病毒的人，往往容易生存下來，於是，我們的基因就擁有了對抗這種特定的病毒的能力，雖然這種能力很弱，但是會代代相傳，代代加強。如果一種病毒，只在某個原始部落中間傳播，那麼，人們的免疫系統是有足夠的時間來應對的，只不過生物通過演化策略來抵抗病毒，是非常緩慢的過程而已。
農業發明之後，人們開始了定居生活，農業社會的人口密度遠遠高於採集狩獵社會的人口密度。農業發明之後，我們還把動物關在了一起，長期與動物生活在一起，與動物生活在一起，就為病毒從動物身上轉移到人類身上提高了條件。與此同時，在農業社會，人類自己的糞便和動物的糞便，也往往聚集在村莊的周圍，這些糞便上面有大量的寄生蟲、細菌和病毒，並且我們還把糞便當作肥料，播撒到田野之中，而原始社會的居民是遊動的，從來不會收集糞便，也不需要把糞便當作肥料。這些現象都表明，農業發明之後，傳染病成為流行病的機會增多了。
人類把火雞關在一起
事實上，人類社會最早的瘟疫，恰恰是在農業發明以後產生的，比如歐洲最早的瘟疫是公元前430年發生的「雅典大瘟疫」，中國歷史上發生的最早的瘟疫發生在西漢時期。我們不禁要問一個問題了，人類在很早之前就發明文字了，難道在公元前430年之前，歐洲就沒有發生過瘟疫？
我們以中國古籍的記載來簡單說明這個問題，甲骨文中有「蟲」、「疾年」的說法，「疾年」很有可能與傳染病的大流行有關，不過無法確定當時是否出現了瘟疫。中國歷史上最早的可以確定的瘟疫，發生在西漢時期，《漢書》記載道：「（元始二年），民疾疫者，舍空邸第，為置醫藥。」東漢、三國時期瘟疫比較頻繁，從東漢建武二十五年（公元49年）至曹魏正始三年（242年），史書中屢屢出現「大疫」的記載，其中以建安二十二年（217年）在我國北方地區發生的「大疫」最為兇險，建安二十三年，曹丕給吳質寫了一封信，他說：「昔年疾疫親故多罹其災，徐、陳、應、劉一時俱逝，痛可言邪？」當時，中國有七位著名的文學家，稱之為「建安七子」，建安七子中有五人皆死於這場「大疫」，他們分別是：陳琳、徐幹、王粲、應瑒和劉楨。孔融在此之前，已被曹操誅殺，死於建安十三年（公元208年），阮瑀在建安十七年（公元212年）也已經病逝了。發生在建安二十二年的這場「大疫」、「疫氣」究竟是什麼原因造成的呢？當時的醫學並不發達，難以考證，有人認為這是鼠疫。
野生狀態下的火雞
所以，我們從史書的記載上，也可以驗證賈雷德·戴蒙德在《槍炮、病菌與鋼鐵》一書中提出的觀點，傳染病的流行與農業的發明有關。傳染病的流行需要有密集的人口，並突破一定的傳播閾值，在人口稀少的農業社會的早期以及漫長的原始社會，有傳染病，但一般沒有「大疫」、「疫氣」。原始社會和農業社會的早期，傳染病規模很小，不會成為流行病，史書也就不會記載。我們從人口數量上也可以看得出來，春秋戰國至西漢初年，我國的人口數量不超過2000萬，黃河流域、長江流域、珠江流域都分布有大量的原始森林，土地面積大，人口密度非常小，不利於傳染病的傳播，也就很難形成「大疫」、「疫氣」。西漢末年開始，中國的人口數量突破到6000萬，隨著西漢時期社會經濟的繁榮，城市的發展，在經濟發達的地區，人口密度增大了，這就為傳染病的傳播提供了一個有利的條件，也正是從這一時期開始，史書中才開始提到「疾疫」、「大疫」這些詞彙。
第三：古代的新病毒：天花、麻疹。
農業的發明，還為「新病毒」的提供了條件，病毒不是一個完整的生物，但是，它具備生物的一些基本特徵，病毒可以通過基因重組的方式實現進化。農業社會，人們把牲畜關在了一起，並且自己也長期與牲畜接觸，這就為病毒進化並轉移到人類身上提供了條件。對於古人來說，天花、麻疹其實就是一種新的病毒，為什麼這麼說呢？
天花病毒的近親是牛痘病毒，麻疹病毒的近親是牛瘟病毒。牛痘病毒和牛瘟病毒都來源於牛的身上，人類在原始社會就開始接觸牛了，但是，天花和麻疹的流行則是很晚的事情。
天花病毒
天花這種疾病最早出現在古埃及，因為在公元前1145年，古埃及法老拉美西斯五世的木乃伊上有被感染天花的印跡，出現明顯的痘痕。印度與埃及之間，早就存在貿易往來，埃及商人後來將天花病毒帶到了古印度，但是呢，在長達1000多年的時間裡，天花只是存在於印度和埃及的一種流行病。到了西漢時期，世界貿易路線開始出現，天花病毒也隨著世界貿易路線，在亞洲、歐洲和北非廣泛傳播了開來，東漢時期，天花病毒被傳播到我國的西南地區，魏晉南北朝時期，我國北方地區發生的瘟疫，很有可能與天花有關，如《北史·魏本紀》記載道：「（皇始二年）時大疫，人馬牛死者十五六。」皇始是北魏道武帝拓跋珪的年號，皇始二年，即東晉隆安元年，公元397年。
天花傳播到歐洲的時間，目前並無結論，因為人類對於疾病的認識有一個過程，不過可以肯定的是古希臘和古羅馬的文獻均沒有提到類似於天花症狀的傳染病，公元前429年至公元前427年，發生的「雅典瘟疫」，可能是天花病毒造成的。中世紀的時候，天花經常出現在歐洲，但是，並沒有發生大流行，直到中世紀的後期，隨著歐洲人口的膨脹，城市人口的密集，天花病毒才廣泛地在歐洲流行了開來，一直困擾著歐洲人長達數百年的時間。1796年，英國醫生愛德華·詹納發明了牛痘種植術，人類才開始慢慢戰勝天花病毒。
最初的牛痘種植術，人們對此還產生誤解
麻疹出現的時間也比較晚，麻疹病毒的近親是牛瘟病毒，我們通過歷史文獻無法確認歷史上的某一次瘟疫是哪個病原體造成的，但是，可以通過分子生物學的技術大致知道這個病毒形成的時間，通過對麻疹病毒基因突變頻率的研究，科學家一般認為麻疹病毒是在公元1100年至1200年間，由牛瘟病毒轉化而來的，牛瘟病毒是不會感染人的，並不是人畜共患疾病，但是它在公元1100年至1200年前後，轉移到人類身上，形成了麻疹病毒。分子生物學的研究與歷史文獻也能對應起來，波斯醫生拉齊 （公元854年至公元925年）在其著作中首次對天花與麻疹進行了區分，他發現天花與麻疹是兩種不同的疾病，說明在公元9世紀之時，麻疹已經在世界上開始流行了，牛瘟病毒經過變異之後轉移到人類身上，最初可能只是有限的爆發，並未突破傳播閾值，沒有引起當時的學者的注意，到了公元1100年至1200年以後，則成為了人類社會的一種流行病。
麻疹病毒
鼠疫是由鼠疫桿菌引起的一種傳染病，鼠疫桿菌是細菌，不是病毒，但是，鼠疫的形成過程也與由病毒引起的流行病的形成過程大致類似。鼠疫桿菌存在於嚙齒類與跳蚤的身上，並主要通過跳蚤傳播給人類。公元541至542年發生在拜佔庭帝國的查士丁尼大瘟疫，其病原體就是鼠疫桿菌，中國東漢至三國時期發生的瘟疫是否與鼠疫有關，並無確切的結論，總的來說，鼠疫在歐洲起初也是有限度的爆發，直到公元1346年至1353年才傳播到整個歐洲，形成了「黑死病」，黑死病爆發之後，歐洲大約有30%至60%的人死於這場瘟疫。那麼，黑死病為什麼會在公元14世紀之時，在歐洲流行開來了呢？與當時亞歐大陸上存在的一個皮毛運輸通道有關。從中亞到歐洲有皮毛交易，動物的皮毛為跳蚤的生存提供了便利。
鼠疫桿菌
綜上所述，對於農業社會的人們來說，麻疹和天花也是一種新病毒，並且這種新病毒誕生在農業社會，之所以誕生在農業社會，是因為人與人之間，人與動物之間密切接觸，為病毒的轉移、傳播提供了條件，並因城市的產生，人口的聚集而突破了一定的傳播閾值，形成了一種流行病。因此，傳染病的流行與文明的發展、城市化的進程是密切相關的。而原始社會的人們，幾乎是很少遭遇傳染病的襲擊的。
在新航路開闢之前，地球上存在著一些與世隔絕的島嶼，在這些島嶼之上並沒有傳染病的流行，隨著歐洲人的到來，這些島嶼上的土著居民則飽受流行性感冒、天花、麻疹的襲擊，比如，庫克船長剛剛到達夏威夷群島的時候，島上共有50萬居民，而到了1853年，島上的土著居民只有7萬人了。
感染了天花病毒的印第安人
美洲的印第安人從未正式進入到農業社會，雖然他們創造了瑪雅文明、印加文明和阿茲特克文明，培育了玉米、馬鈴薯、甘薯，馴化了火雞、羊駝，但是，這些文明都沒有使用金屬工具，印第安人的農業還處於刀耕火種的階段，北美地區的印第安人甚至還處於採集狩獵階段。印第安人幾乎沒有遭受過瘟疫的襲擊，然而，隨著新航路的開闢，一切都改變了。西班牙人和葡萄牙人把天花、麻疹、流行性感冒帶到了美洲，大量的印第安人因此而死亡，印第安人從未接觸過這些新病毒，沒有抗體，相應的免疫能力非常的脆弱，因此，天花、麻疹剛剛登陸美洲大陸的時候，印第安人遭受了這些病毒的折磨，如果不是天花、麻疹病毒襲擊了印第安人，西班牙人和葡萄牙人是很難在短時間內徵服美洲的，因為他們當時到達美洲的人數畢竟有限，從某種意義上來說，是病毒幫了西班牙人和葡萄牙人一個忙，當然，西班牙人和葡萄牙人也會感染這種病毒，只不過這些病毒在亞洲和歐洲已經存在了幾百年、上千年的時間了，人們有了一些免疫能力。
感染了麻疹病毒的阿茲特克人
美洲為什麼如此「乾乾淨淨」，幾乎很少遭受病毒的襲擊呢？我們看一看印第安人的農業生產模式就知道了。人類進入美洲的時間是比較晚的，印第安人在當時是帶著先進的狩獵工具進入到美洲大陸的，美洲大陸的一些大型哺乳動物從未見識過這些工具，大量的哺乳動物因狩獵而滅絕了，當印第安人想到要馴化牲畜時，美洲大陸已經沒有多少動物可供他們選擇了，因此，他們在歐洲人到來之前，從來沒有見過已經馴化了的馬和牛，印第安人只馴化了羊駝、火雞和美洲家鴨，羊駝、火雞、為什麼沒有傳播疾病呢？印第安人的農業是非常粗放的，他們飼養羊駝，從來不關在室內，不像亞洲和歐洲的古代農民，將綿羊和山羊大量的關在一起飼養，故而，人類沒有一種傳染病的病原體來自於羊駝。印第安人飼養火雞和美洲家鴨也是一樣的，都是散養，從不大規模圈養。
現在的羊駝
瘟疫、饑荒和戰爭曾經是人類社會的三大議題，在整個的農業社會，人們的平均壽命是非常短的，只有30歲至40歲左右，但這並不意味著當時的人只能活到30歲左右，而是因為瘟疫、饑荒和戰爭導致了大量的人口沒有步入中年階段和老年階段，就已經死亡了，從而拉低了人類的平均壽命。事實上，農業社會的人們，作為一個個體，活到60歲至90歲是沒有問題的，比如孔子就活到了70多歲，乾隆皇帝則活到了80多歲。進入到現代社會，瘟疫、戰爭和饑荒都已經消失了，人類的平均壽命也大大提高了。
世界大戰不再爆發的一個很重要的原因，就是原子彈的發明，核武器的產生使得戰爭的規模非常巨大，已經影響到了整個人類的生存了，會對地球的環境產生毀滅性的破壞和汙染，地球承受不起核戰爭帶來的影響，人類進入到21世紀，世界大戰已經消失了，現在的戰爭都是局部戰爭。瘟疫的消失，與人類使用抗生素和疫苗有關，抗生素主要是針對細菌的，疫苗是針對病毒的，有了抗生素和疫苗，人類社會的瘟疫也消失了，除了抗生素和疫苗的運用，人類還能夠採取有效的醫學措施來防止病毒和細菌的蔓延，這些現代醫學措施就是隔離、消毒、尋找病原體等等。饑荒的消失，與人類社會生產力的提高密切相關，人類從未生活在一個食物如此豐富、如此充足的年代，就連處於食物鏈頂端的獅子和老虎都不曾享有過。
1807年的疫苗接種
世界大戰消失了，但是，局部戰爭仍然頻發；饑荒消失了，但是，人們因食物充足卻遇到了一些新的健康問題，比如肥胖、糖尿病、高血壓等等；瘟疫消失了，但是，病毒和細菌仍然在進化，細菌會對抗生素產生耐藥性，病毒會通過基因重組的方式，造成新的破壞。
我們如何應對病毒的基因重組呢？回顧歷史，我們不難發現，最有效最古老的手段，就是地理隔離。傳染病的流行，需要有一定的種群數量，突破一定的傳播閾值。採集狩獵社會和處於刀耕火種階段的農業社會幾乎很少很少發生傳染病的流行，就是因為動物與動物隔離了，人群與人群隔離了。蝙蝠其實並不是什麼「毒王」，縱然蝙蝠身上有很多的細菌和病毒，但是地球上所有的多細胞動物的身上都帶有病毒的，病毒的生存方式就是「寄生」，傳染病流行的根本原因，是我們人類把動物關在了一起，並且過分親密接觸這些動物，動物身上的病菌傳播到人類身上，人類又生活在人口密度大的人群當中，這就為流行病的產生創造了條件，所以，傳染病的流行與人類的文明是密切相關的，而與蝙蝠是不是「毒王」沒有多少關係。