這幾年,不同規模的基因組計劃經常見於報導,目前這些計劃進展如何呢,現在就扒一扒現在這些人類基因組計劃進展。
1. 人類基因組計劃(Human Genome Project, HGP)
人類基因組計劃起始於20世紀80年代左右,主要目的就是攻克癌症。很顯然,人類基因組計劃證明癌症現在還攻克不了。項目一開始準備花15年,共30億美元來完成這個宏偉的計劃,2003年HGP提前宣布完成。這是一個非常典型的項目驅動技術快速發展的計劃,按照當時的技術水平來說,人類基因組計劃在15年內根本不可能完成,但是90年代後期一代測序技術及各種輔助技術迅速發展,使得HGP可以提前完成。
說到HGP,不得不提Celera這個公司,其在1998年成立,採用鳥槍法測序,預計3年時間測通人類基因組並組裝出來,並宣布與HGP展開競爭。這也加速了HGP項目的進展,使得HGP可以提前完成。最後Celera與HGP項目達成和解,共同宣布HGP完成。
HGP最偉大的意義在於:把基因市場這個盤子做大了!
2. 1000人基因組計劃
HGP計劃促進了測序技術迅猛發展,同時為測序技術的應用奠定了基礎。而千人基因組計劃則拓展了整個測序行業,加速測序行業的成熟及快速發展。千人基因組計劃是目前免費的、高質量的、利用率高的最大規模的基因組計劃,沒有之一。
該項目的主要目的就是研究人群變異分布。千人基因組計劃推動了整個生信產業的成熟。
3. 中國基因組計劃
中國地大物博,人口眾多,不來點基因組計劃不符合自己大國身份。2017年正式啟動了10萬人基因組計劃,這也是十三五計劃的一部分,話說到現在這個計劃不知道有官網沒,一點消息也沒找到。當年新聞吹這個計劃是全球最大的基因組計劃,不知道如何計算的。
目前在國內做基因組計劃的機構還挺多,目前看就這個10萬人基因組計劃還靠譜點,有點追求。希望中國能通過這個10萬人基因組計劃在算法、軟體、分析流程、大數據高效存儲分析以及大隊列分析等方面培養大量的人才。其他成果還是小事,軟體、人才沒搞到位,這個計劃就白做了,為他人做嫁衣的節奏。
4. 韓國基因組計劃
大韓基因組計劃厲害的不行,開始的計劃還挺正常,後面韓國人飄了啊,太飄了。具體不知道進展如何了,其項目主頁也沒人更新進展。
5. 英國基因組計劃
大英帝國開展了個10萬人基因組計劃,預計今年年底完成。這就很尷尬了,在大家都在互相吹牛的時候,大英帝國的基因組計劃要完成了,這是當前進展非常透明的一個計劃了。這個項目完成後,人家就要開展500萬人基因組計劃了。
目前(2018.10.1)已經測序87231個基因組,整個計劃預計產生21Pb的數據,每個基因組約200Gb數據(官方是這麼算的)。目前該項目正在高速產生數據,數據分析整合有所滯後,所以最終結果可能還需要一些時間。該計劃主要針對腫瘤及罕見遺傳病患者,繼續HGP未完的事業。
當然還有其他國家也開展了10萬人基因組計劃,暫時先介紹這麼多了,後面再續。
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