一、蛋白質的一級結構
蛋白質的一級結構指在蛋白質分子從N-端至C-端的胺基酸排列順序。
1.主要的化學鍵:肽鍵,有些還包括二硫鍵。
2.一級結構的重要意義
①胺基酸百分組成、排列順序不同而組成多種多樣的蛋白質,並具有不同的生物學功能;②許多先天性疾病是由於某一重要蛋白一級結構改變而引起;③蛋白質一級結構中胺基酸排列順序是由遺傳密碼所決定,胺基酸排列順序的改變可能是鹼基順序改變所致;④一級結構是蛋白質空間構象和特異生物學功能的基礎,但不是決定蛋白質空間構象的唯一因素。
二、蛋白質二級結構
(一)定義
蛋白質的二級結構即蛋白質分子中某一段肽鏈的局部空間結構,即該段肽鏈主鏈骨架原子的相對空間位置,不涉及胺基酸殘基側鏈的構象 。所謂肽鏈主鏈骨架原子即氨基氮、α-碳原子和羰基氧3個原子。其主要的化學鍵是氫鍵,基本單位為肽單元。
(二)形式
1.a-螺旋
①外觀:右手螺旋;②螺距:3.6個胺基酸、0.54nm;③R基團位於螺旋外側,可影響a-螺旋的形成。
2.β-摺疊
①肽段摺紙狀、鋸齒狀,相對伸展;②幾個肽段順向平行或反向平行;③R基團的位置:鋸齒的上下方。
α-螺旋和β-摺疊結構比較
(三)肽單元
參與肽鍵的6個原子Ca1、C、O、N、H、Ca2位於同一平面,此同一平面上的6個原子構成了所謂的肽單元。
(四)胺基酸側鏈基團R對二級結構的影響
1.R基團的電荷:酸性或鹼性R基團集中的區域,發生同種電荷的相互排斥。
2.R基團的大小:較大的R側鏈集中,不利於α-螺旋形成(空間位阻效應)。
3.R基團的形狀:脯氨酸,不利於α-螺旋形成。
(五)超二級結構與模體
二個或三個具有二級結構的肽段,在空間上相互接近,形成一個有規則的二級結構組合,被稱為超二級結構。二個或三個具有二級結構的肽段,在空間上相互接近,形成一個特殊的空間構象,稱為模體,模體是具有特殊功能的超二級結構。
三、多肽鏈進一步摺疊成蛋白質三級結構
(一)三級結構的定義與主要化學鍵
整條肽鏈中全部胺基酸殘基的相對空間位置,即肽鏈中所有原子在三維空間的排布位置,為蛋白質的三級結構。主要的化學鍵包括:疏水鍵(最重要)、離子鍵、氫鍵和範德華力等。
(二)結構域
分子量較大的蛋白質常可摺疊成多個結構較為緊密且穩定的區域,並各行其功能,稱為結構域。用限制性蛋白酶水解含多個結構域的蛋白質,常分解出獨立的結構域,而各結構域的構象可以基本不改變,並保持其功能。超二級結構則不具備這種特點。 因此,結構域也可看作是蛋白質的獨立摺疊單位,有較為獨立的三維空間結構。
四、蛋白質的四級結構
許多功能性蛋白質分子含有2條或2條以上多肽鏈。每一條多肽鏈都有完整的三級結構,稱為蛋白質的亞基。蛋白質分子中各亞基的空間排布及亞基接觸部位的布局和相互作用,稱為蛋白質的四級結構。
亞基之間的結合主要是離子鍵(也稱鹽鍵)和氫鍵。由2個亞基組成的蛋白質四級結構中,若亞基分子結構相同,稱之為同二聚體,若亞基分子結構不同,則稱之為異二聚體。由兩個或兩個以上的亞基組成的蛋白質可稱為寡聚體蛋白質,也稱多聚體蛋白質。寡聚體含亞基較少,多聚體含亞基較多。