在醫療領域，病理組織石蠟切片是診斷患者疾病的主要手段之一。由於病理切片製作過程中，影響病理組織石蠟切片製作質量的因素眾多。故這裡整理出病理組織石蠟切片的7個注意事項：
臨床所取標本要新鮮，否則細胞內溶酶體會破裂，造成細胞自溶。組織固定液多選用10%中性福馬林，其有效成分為甲醛，甲醛易揮發，使得福馬林的效用會越來越低，所以福馬林至好現配現用；固定液體積要超過標本的10～20倍，否則固定不充分，影響染色；固定標本的容器要以使標本不變形為宜;取材時，除嚴格按照病理標本取材操作規範外，小標本一般全取，大標本在去除不必要的組織後，要特別注意病變部位與正常組織交界處;取材切片觀察面要平整，否則組織經脫水後變韌，導致組織包埋時不能壓平於包埋盒中，切片時修整蠟塊很繁瑣。
現組織多採用程序化脫水浸蠟，所以要根據標本的多少及大小及時更換脫水機內試劑，否則會影響脫水效果，使組織與蠟不能相溶，無法製作出合格的組織蠟塊。條件允許的情況下可根據組織標本的不同選擇合適的石蠟，組織韌性大選擇高熔點石蠟，組織軟選取低熔點石蠟。包埋時，組織要充分壓平於包埋模底部，以保證組織的預期觀察切面在同一水平；先向包埋盒中灌滴少許液體石蠟，此步驟可使成型蠟塊底部光滑平整，再將組織觀察面壓平於包埋盒底部，組織擺放緊湊但不重疊。為使包埋組織的蠟塊快速凝固，一般先將浸液體蠟的包埋盒置於冷凍臺上，蠟塊在置於冷凍臺上後，應在蠟大部分或完全凝固後，再移動包埋盒;若蠟塊未完全凝固，而移動了包埋盒，成型蠟塊底部平整度相差甚遠，有的凝固蠟塊底部平整，有的蠟塊底部不平整，可致小標本在修片的過程中被浪費。
切片時常見問題及常用解決方法如下：
(1)切片橫向褶皺過多，不能成帶。原因：蠟塊溫度過高、切片刀變鈍、切片刀邊緣粘有少量石蠟。解決方法：將蠟塊重新放置冰袋或冷凍盒上，使蠟塊降溫；更換切片刀的位置，或換新的切片刀；或用水沾溼紗布，順切片刀刀口方向，輕輕擦拭切片刀。
(2)切片上有位置不定的數道小裂縫或裂紋。原因：蠟塊溫度過高、切片刀變鈍。解決方法：將蠟塊重新放置冰袋或冷凍盒上，使蠟塊降溫；更換切片刀的位置，或更換新的切片刀。
(3)切片上有位置固定的一道或幾道裂縫或裂紋。原因：切片刀有小缺口、蠟塊內有雜質或體積較小的似骨(鈣)化性較硬的組織、包埋時蠟塊不均勻凝固。解決方法：移動切片刀或更換新的切片刀；用少量鹽酸軟化硬的鈣化性組織；重新包埋蠟塊。
(4)切片厚薄不均，或是每固定幾片後，切出一張完整的片子。原因：蠟塊過硬或過大、蠟塊夾持器或切片刀鬆動、切片機微動失靈，不能調節出正確的切片厚度。解決方法：組織塊過硬可重新取材包埋，過大可重新包埋;調整機器，上緊刀片；修理機器。
(5)切出的蠟條明顯向一側彎曲變形。原因：彎曲處蠟塊質地不均，蠟塊未修整好，邊緣毛糙等、彎曲處切片刀變鈍。解決方法：重新修整蠟塊;移動切片刀；冷凍蠟塊，蠟塊質地稍變硬後也可以使彎曲變小。
漂片溫度選擇比蠟塊熔點低10℃即可。溫度過高會使蠟條產生數目不等的小氣泡。
烤片時溫度與時間的選擇範圍廣，可從37℃烤箱烤乾1天至75℃烤箱烤乾20min，可以根據不同目的需要，確定烤片時間和溫度，或是依石蠟熔點來確定，一般將溫度控制比石蠟熔點高10～15℃。
(1)組織脫蠟透明等過程採用物質分子相似相溶原理，試劑有效成分容易減少，所以脫蠟試劑要及時更換，若脫蠟不充分，會使切片染色不均勻；因乙醇、二甲苯等易揮發，故在操作完成時，應及時封蓋，溶液濃度降低會影響洗片效果；
(2)染色時，鹽酸乙醇分化步驟尤其重要，分化的目的是使胞核染色，而無背景色。明礬蘇木精性質使其在酸性溶液中呈現紅色，在鹼性溶液中呈現藍色。在鹽酸乙醇分化時，切片由深藍變為粉紅色時，應停止分化。分化時，有經驗者可以肉眼觀察切片至粉紅色時終止分化，初學者可鏡下多次觀察切片，至切片除胞核外，無其他背景著色時，停止分化；或是依據鹽酸乙醇濃度，確定分化時間，試劑初配製時，鹽酸乙醇濃度高，分化時間短，反之則分化時間延長。切片分化完成後，將切片移至弱鹼性的溶液中返藍，一般採用自來水，或是溫度在50℃的自來水中，因其本身為弱鹼性，且取用方便，所以被廣泛使用。
(1)需吹乾或烤乾切片上水分，否則鏡下觀察時有一層白霧，導致細胞輪廓不清楚；
(2)病理組織切片HE染色一般採用中性樹膠封片，封片時以無氣泡為準，否則會影響鏡下觀察：常用24mm×32mm大小的蓋玻片，只需用一次性的巴氏吸管滴二滴中性樹膠即可，過少則致封片不完全，過多則致中性樹膠外溢。
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