論文發表情況是科研評價體系中繞不開的指標，在中國高校和科研機構中，申請獎學金、畢業、晉升、申報經費，均離不開論文指標。
近日，福建師範大學數學與計算機學學院講師林賢祖將矛頭對準論文發表亂象，在微信公眾號「學術周刊」刊文《學術界每年向國外「進貢」數十億論文版面費，驚心觸目！！！》，引發學界爭議。
林賢祖在文中稱，一些國內學術期刊會對發表論文收取幾千元到幾萬元人民幣不等的版面費，這些費用名義上是用於維持學術期刊和學術出版社的運營，徵收作者的論文版面費已是中國學術界公開的潛規則。而隨著近十幾年國際學術出版界的變革，許多國外學術出版商瞄準了國內的巨大市場，打著「開放存取」（Open Access）的旗號，大肆徵收版面費。由於國人和國內學術評價體系對國外論文十分青睞，許多人通過科研經費報銷向國外期刊繳納巨額版面費，使自己一文不值的論文變成印刷品。
林賢祖表示，保守估計每年學術界向國外出版商「進貢」的論文版面費總計有數十億之多。「科研界對這樣的發稿亂象並不重視，國內期刊情況更為嚴重，收取版面費尤甚」，林賢祖這樣告訴澎湃新聞記者。
付費論文是正常模式還是取巧捷徑？徵收作者的論文版面費讓學術期刊淪為斂財機器了嗎？有別於傳統付費訂閱出版模式的「開放存取」促進了學術交流還是成為國外出版界的撈金工具？
「開放存取」模式：作者付費出版，讀者免費閱讀
開放存取（Open Access）期刊是指藉助網際網路而出現的在線出版，簡稱OA期刊。學術信息資源放在網際網路，任何人可以免費獲得而不需要考慮版權或註冊限制。開放存取期刊本身是一種免費的網絡期刊，所有用戶都可以通過網絡無限制訪問論文。但此種期刊一般採用作者付費出版、讀者免費獲得、無限制使用的運作模式，論文版權由作者保留。在論文質量控制方面，OA期刊與傳統期刊有類似之處，但不一定都採用嚴格的同行評審制度。比起傳統模式，這種開放存取模式有許多明顯的優勢，使得投稿、出版、傳播更為便捷。
開放存取變革運動早期標誌性的事件是1970年代計算機學家創立的開放存取資料庫Anonymous Ftp Archives和1990年代物理學家創立的開放存取資料庫Arxiv，特別是後者已經涵蓋幾乎所有自然科學領域的一百多萬篇學術論文，而且以每個月將近10000篇的速度增長，目前這個資料庫已經成為許多學術界學者公布自己成果的首選之地，也是開放存取運動的領頭羊。
林賢祖在文中寫道：「目前絕大部分開放存取出版商都採取作者付費（版面費）的模式，這恰恰迎合了中國和其他發展中國家發表論文的巨大需求，從而產生一個巨大的利潤空間，幾乎所有大型的開放存取出版商一開始就罔顧學術水準而追逐暴利！甚至連Nature出版集團、Science集團、Elsevier集團等老牌學術出版商也加入這場撈金運動！」
林賢祖稱，國外這些出版商的運營成本幾乎為零，而如《Scientific Reports》和《PLOS ONE》此類期刊更是「來搞不拒的爛期刊」，Nature出版集團旗下的《Nature Communications》一篇論文版面費高達3萬多元人民幣，也幾乎來稿不拒。「估計2015年中國人單單在《Scientific Reports》上發文而繳納的版面費獎就可以高達幾千萬元之多。」
因此，林賢祖發起了抵制Plos one、Hindawi、BioMedCentral這三家「臭名昭著的出版商」的倡議，《Scientific Reports》，《Nature communication》也被其指為「收取高額費用的斂財期刊」。
不過，林賢祖也承認，「在當今國際學術出版界，開放存取確實是大勢所趨」，只不過「具體方式是多種多樣的」，並不是只有收取高額版面費一條路。
對於林賢祖將Hindawi、BioMed Central、PLOS等出版社和《Nature Communications》《Scientific Reports》等收費期刊列為垃圾出版社，北京師範大學生命科學學院牛登科教授表示質疑。
「這些出版商、收費期刊是具有一定學術水準的，來稿不拒的現象不可能存在。《Nature Communications》的影響因子（Impact Factor，國際上通用的學術期刊評價指標）在10左右，這麼高的影響因子也說明了其學術地位，即使是《Scientific Reports》的影響因子相對較低，但也有一定的淘汰率。」牛登科告訴澎湃新聞記者，他所在的實驗室最近投向《Scientific Reports》的論文就被退回。
蘭州理工大學理學院馬軍教授目前擔任德國Spinger出版社旗下《Nonlinear Dynamics》期刊副主編，並同時效力於《PLOS ONE》期刊。馬軍向澎湃新聞記者介紹，他所效力的這兩家期刊稿件審理非常嚴格，「首先編輯就會過濾一部分論文，再是審稿人接著篩選。至於其他開發存取期刊比如Hindawi出版社旗下的個別期刊會出現審稿松一些的情況，但畢竟要考慮期刊的長遠發展。此外，任何期刊都會有一些人情稿件，但不能以極端的例子來誇大。」
2012年，中國知名學者、北京大學生命科學院前任院長饒毅就曾對國內一些研究人員在《Nature Communications》期刊上灌水提出過批評。牛登科直言：「在中國90%以上的科研人員（包括我）眼裡，在《Nature Communications》上投稿還是有很大難度的。如果把中國大多數知識分子視為洋奴或者沒用的廢物，那是否應該先開除掉90%以上的科研人員，然後再禁掉開放存取期刊。」
澎湃新聞記者查閱了《Nature Communications》的近年來的影響因子，從2011年度到2014年度，分別為7.396、10.015、10.742、11.47，呈現逐年上升狀態。MedSci熱門指數顯示，《Nature Communications》的平均投稿命中率約為13.27%。
澎湃新聞記者再查閱了PLOS出版集團旗下的各大收費期刊版面費用標準，價格最低的是《PLOS ONE》的1495美元，《PLOS Biology》《PLOS Medicine》價格相對較高，為2900美元。
牛登科表示：「《Nature Communications》的收費確實比較高的，但不要忽略了Nature系列非開放存取期刊的訂閱費也是相當昂貴的。 此外，學術交流大多靠論文，如果能把那些幾十人、幾百人學術會議的經費省下來，用在投稿費用上，是不是更有效率？」
PLOS出版集團旗下的各大收費期刊版面費用標準
問題二：開放存取模式是否罔顧論文質量只斂財？
牛登科也在OA期刊上發表過多篇論文，選擇期刊投稿時，一個重要的考量點是期刊在學術界的影響力。「OA期刊像傳統期刊一樣有好有差，即便是相對較差的OA期刊也發表過很多高水平的論文。」牛登科告訴澎湃新聞記者，檢索《PLOS ONE》的論文被引用情況，可以看到最高的被引用845次，被引用次數達到100次的有597篇。雖然存在一定爭議，但論文引用率目前依然是國際上公認的最客觀衡量論文影響力的指標。
「OA期刊和傳統期刊一樣，影響因子分布很廣，有10也有1，還有很多沒有被SCI（Science Citation Index 著名的科技文獻檢索工具）收錄的。有影響力的著名學者一般會優先選擇影響因子高的期刊。在生物醫學界，如《eLife》《PLOS Biology》《PLOS Medicine》《BMC Biology》等期刊影響因子都接近10，自然也就吸引了很多著名學者，中國首位入選美國科學院院士的分子生物學家王曉東也是《eLife》期刊的創始人之一，並曾擔任編委。」
打開《eLife》期刊的編審專家名單，除卻國外知名院校、各研究中心的學者，中國籍編審中有中國科學院院士結構生物學家施一公、中國科學院院士韓斌。
《eLife》編審人員名單（部分）
澎湃新聞記者搜索在《eLife》上發表的有重要影響力的論文，可以看到，2013年加州大學伯克利分校生物化學家杜德納（Jennifer A. Doudna）就在《eLife》發表了基因編輯技術（CRISPR-Cas9）在人類細胞中的應用，這一研究結果堪稱重磅，為杜德納贏得巨大榮譽；今年10月，芝加哥大學演化生物學家文森特·J.林奇（Vincent J.Lynch）和其團隊刊發了由基因P53編碼的蛋白質對於抵禦癌症的重要研究；曾於1976年幫助發現伊波拉病毒的倫敦大學衛生和熱帶醫學學院主任Peter Piot博士、杜蘭大學病毒學家 Robert F. Garry領導的團隊也曾就發現伊波拉病毒抗體發表論文。
「類似刊發在開放存取期刊上的重要論文還有很多，不過這些期刊中國研究人員發表概率較低，但低影響因子的傳統期刊上中國論文也多。中國研究人員在差期刊上發表論文多，是中國現階段科研水平相對低造成的，與是否是開放存取期刊無關。」牛登科說。
從事化學領域研究的科研人員諸平表示：「Hindawi，BioMed Central，PLOS等出版社其實只是把傳統出版的讀者付費改成了作者付費，個人認為目前的收費也比較合理。《PLOS ONE》《Nature Communications》《Scientific Reports》 等收費期刊影響因子一路高升，佐證了期刊辦得比較成功。當然單純以影響因子來評價學術期刊是幼稚的，垃圾期刊影響因子虛高的例子也比比皆是，但比起《PLOS ONE》此類期刊，國內某些生物科學期刊的影響因子飆升得更加畸形。」
此外，牛登科強調，應該慎用「垃圾論文」一詞。低影響因子期刊上的大多數論文一種是很小的進展、發現，另一種是爭議較大，重要期刊不願承擔風險的論文。「客觀評價，這些論文就一文不值嗎？好比英雄人物對社會的貢獻比一般人大，但一般人的存在也是有意義的，普通的論文也是一樣。」
牛登科表示，「我個人的主張是認認真真做了研究，沒有造假、沒有編造數據，不管結果好壞都應該發表。好的發表了是經驗，差的結果發表了是教訓，也提醒後來人不要走彎路。基礎研究不光是有成功、有失敗，還有大量介於成功失敗之間的不符合預期的不理想研究結果。這些結果也許永遠都意義很小，但也不排除其中有一小部分在幾年後發現意義很大。科學研究是一步步往前進的，經過小步積累才能是一大步。」
問題三：「開放存取」模式是否一本萬利？
林賢祖認為，「開放存取」模式近乎是一個「高利潤低成本」運作，所收取的「論文版面費」是一筆赤裸裸的暴利，「現在是網際網路時代，這些出版商都是採用網絡運營模式，絕大部分期刊沒有紙質版，所有的運作，投稿審稿錄用都是靠電子郵件完成的，編委和審稿人是免費服務的，我實在想不出它需要什麼成本。」
一些科研人員亦在此基礎上提出對讀者和作者實行雙向免費的主張。馬軍向澎湃新聞記者列舉了幾項支出：伺服器和網絡的維護成本、給所掛靠出版社的管理費、編輯部定期召開的用以討論期刊運行政策的編委沙龍或會議等等。
「一些國外期刊的編委和審稿編輯確實是義務的，但期刊仍然需要向高級編輯、高級顧問、副主編、主編支付津貼。此外開放存取期刊來稿很多，後臺需要一批工作人員來受理，這也是一筆很大的人工開支。」
問題四：中國科研人員是否每年「進貢數十億」？
為什麼科研人員不將論文發在同等層次的免版面費的學術期刊？
「你選擇避開開放存取，就意味著你的文章別人要讀需要繳費訂閱。」牛登科覺得這種行為並不合適，「目前，國家投資的圖書館購買的文獻佔了我們閱讀文獻的大部分，但還是有不可忽視的一部分（我所在領域大約佔比為1/3左右）來自於國家不用掏錢的開放存取。這些期刊的論文，來自於全世界科學家的貢獻。」
馬軍表示：「無論是開放存取還是單位圖書館訂閱，只是換了一種方式來支付論文研究成果的閱讀費用，文章的質量讀者自有評價，不能因為發表在開放存取期刊就備受非議。」
開發存取期刊的付費論文是否有與科研單位重複購買的嫌疑？牛登科表示，負責任的開發存取期刊在作者投稿時會識別作者的單位地址，如果作者單位已經支付了訂閱費，作者就無需繳納論文出版費。「還需要注意一個問題，不同學科科研經費充裕程度差別很大，作者支付能力也隨著差別巨大。以往統一由單位圖書館支付訂閱費，而在開放存取模式下，作者需要自己繳費，在經費少的學科領域就困難。」
對於林賢祖文中提到的每年數十億論文版面費，馬軍認為數十億「並沒有根據」，「以我效力的開放存取期刊《PLOS ONE》為例，如果作者說自己沒經費且論文沒掛基金號碼可以申請豁免或者減免版面費。還有就是如果審稿人對稿件內容的評價非常高也可以豁免版面費。」
問題五：「開放存取」的期刊，到底有沒有渾水摸魚者？
開放存取期刊有沒有問題？牛登科說：「也有一定問題，比如一些無德出版商可以忽視學術規範，隨意發表任何交足費用的論文，負責任的同行已經列舉了出了無良出版社名單。」
2009年開始，美國科羅拉多大學副教授、學術出版專家Jeffrey Beall涉足學術開放存取出版的問題研究，近年來不斷更新開放存取期刊出版社的黑名單，提醒作者謹慎投稿和參與編輯或編委。截止至2015年12月28日，Jeffrey Beall更新的黑名單包含了929家期刊。
美國學術出版專家Jeffrey Beall公布的開放存取期刊出版社黑名單
從事工程材料研究的澳大利亞臥龍崗大學研究院喻海良博士整理了10個中國作者發文超過60%的國外OA期刊。
「我本人是支持OA期刊發展的，並且在《Scientific Reports》和《PLOS ONE》上都發表過論文。在澳大利亞做好一個研究開支是非常大的。寫好一篇論文，基本上都會花掉上萬澳元。相對於傳統期刊，在正規的OA期刊上發表的論文瀏覽量還是更多一些，也因此在發表的時候，不會捨不得這1千多美元的版面費。」喻海良強調，「然而，我支持OA期刊事業的發展，不代表就支持所有的OA期刊，特別是那些感覺是為了在中國市場掙錢的期刊。」
喻海良舉例，「《Advanced Science Letters》（ASL）和《Materials Research Innovations》（MRI）這兩個期刊曾經大肆在中國淘金。ASL這個期刊在2011年被SCI收錄671篇論文，其中491篇為中國作者發表；MRI在2015年上半年被SCI收錄566篇論文，其中491篇為中國作者發表。中國作者貢獻率分別為73%和86%。最終的結局呢，這兩個期刊被SCI資料庫剔除。」
「再看我上面整理的這10個期刊，現在中國作者貢獻率已經超過了60%，有好幾個已經超過70%了。如果中國作者再不認真對待這個現象，這些期刊可能會倒黴了，徹底從SCI資料庫中剔除出局，」 喻海良表示。
喻海良還整理了一張中國與美國發表OA期刊的情況。
「可以看到美國作者發表的開源期刊，基本上都是國際知名主流開源期刊，這毋庸置疑值得我們反思。《PLOS ONE》《Scientific Reports》是世界主流開源綜合期刊，《Optics Express》《Nucleic Acids Research》《Cell Reports》《eLife》都是各自專業領域內一流期刊，而中國則有大量質量一般的OA期刊。」喻海良表示。
牛登科依然看好OA期刊的發展，"灌水』期刊不可能在學術界建立威望，不可能通過學術界對學術期刊的過濾機制，如SCI的期刊篩選，而中國科研人員非常看重投稿期刊是否被SCI收錄。今後估計隨著開放存取的普及，SCI等期刊評價體系作用會進一步加強。」
諸平舉了一例，「晶體研究在我國大陸地區異軍突起，《晶體學報E輯》（Acta Crystallographica Section E）一時成為眾多關注SCI論文的研究者的首選目標，也成為大家相互攀比的重要期刊，2007年曾經一躍成為我們SCI收錄貢獻榜的頭名狀元。但是，很快就有媒體報導在《晶體學報E輯》發表的論文粗製濫造、涉嫌造假、被撤銷之事，該刊物在社會上造成了極其惡劣的影響。結果被SCI淘汰了。」
馬軍告訴澎湃新聞記者：「開放存取期刊在中國都有代表公司和人員，估計國內人員對開發存取期刊出現的負面問題已經反饋給這些出版公司決策部了。」
「一般常見輿論都認為開放存取期刊是未來期刊的發展，如果從促進學術交流、擴大學術影響（提高被引頻次）等方面，與傳統期刊相比較還具有一定的優勢。現在冒出許多假期刊，打著開放存取的旗號，敗壞開放存取的名聲，這可能是開放存取的發起者們始料未及的。」諸平認為，「我們應該抵制的是假期刊而非開放存取，不能把孩子和洗澡水一起倒掉。」
問題六：付費訂閱或付費發表，除此之外還有沒有第三條「開放之路」？
林賢祖也並不是完全反對開放存取模式，他承認開放存取是大勢所趨，不過，「主流」的開放存取模式，應該是「綠色」或「金色」的。
「綠色」模式是指，把論文發表到傳統期刊上，但同時把論文發布到上面提到的各種開放存取資料庫（OA Repositories）上，讓大家都可以免費下載，並不是所有學術期刊都允許這麼做，但根據倡議這種出版模式的網站SHERPA/RoMEO的統計，目前有超過22000個學術期刊，2168個出版商採取這種允許自存儲的辦法。
「金色」模式則是，讀者和作者雙向免費，「期刊維持運營的收入是多樣化的，比如研究機構，研究基金，財團的資助，捐贈，廣告等。」林賢祖在文章中說。
不過，在一篇有關開放存取的研究報告中指出，目前最為主要的還是作者付費模型，因為作者付費模型具有合理性並可以保證開放存取出版的可持續發展。