不使用抗體的m6A測序技術開發成功

2020-12-04 科學網

不使用抗體的m6A測序技術開發成功

作者：

小柯機器人

發布時間：2019/9/24 15:26:32

美國杜克大學醫學院的Kate D. Meyer取得一項新進展。研究人員開發了一個名為DART-seq的技術，該方法能夠不使用抗體來對全局的m6A修飾進行檢測。相關論文2019年9月23日在線發表於《自然—方法學》。

研究人員報導了一個名為DART-seq的技術，這是一種無抗體的m6A位點檢測方法。在DART-seq中，胞苷脫氨酶APOBEC1與m6A結合的YTH結構域融合。細胞中APOBEC1-YTH的表達可在與m6A殘基相鄰的位點誘導C-U脫氨，可使用標準RNA序列檢測到。 DART-seq可從低至10ng的總RNA中識別出細胞中的數千個m6A位點，並可隨時間檢測細胞中m6A的積累。此外，研究人員使用長讀本的DART-seq來深入研究了m6A沿單個轉錄本長度的分布。

研究人員表示，m6A是一種廣泛的RNA修飾，幾乎影響信使RNA生命周期的每個方面。全局m6A檢測方法的發展促進了我們對m6A的理解，該方法使用抗體免疫沉澱甲基化的RNA。但是，這些方法有一些局限性，包括對測序RNA要求較高和與其他RNA修飾的交叉反應性。

附：英文原文

Title: DART-seq: an antibody-free method for global m 6 A detection

Author: Kate D. Meyer

Issue&Volume: 2019-09-23

Abstract: 

N6-methyladenosine (m6A) is a widespread RNA modification that influences nearly every aspect of the messenger RNA lifecycle. Our understanding of m6A has been facilitated by the development of global m6A mapping methods, which use antibodies to immunoprecipitate methylated RNA. However, these methods have several limitations, including high input RNA requirements and cross-reactivity to other RNA modifications. Here, we present DART-seq (deamination adjacent to RNA modification targets), an antibody-free method for detecting m6A sites. In DART-seq, the cytidine deaminase APOBEC1 is fused to the m6A-binding YTH domain. APOBEC1-YTH expression in cells induces C-to-U deamination at sites adjacent to m6A residues, which are detected using standard RNA-seq. DART-seq identifies thousands of m6A sites in cells from as little as 10 ng of total RNA and can detect m6A accumulation in cells over time. Additionally, we use long-read DART-seq to gain insights into m6A distribution along the length of individual transcripts.

DOI: 10.1038/s41592-019-0570-0

Source:https://www.nature.com/articles/s41592-019-0570-0

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