道教神系的形成與完善，是一個漸進的歷史。從早期三官、老君的崇拜，到最終形成以三清為核心的神真體系，經歷了由分散雜亂到統一有序的過程。 而其中老子一氣化三清，就是一個至關重要的點。
（一）一氣化三清
在談論道教神系的演變與發展時，人們往往會用一句「老子一氣化三清」來加以概括。然則這一說法出現甚晚，始見於《封神演義》。其書第七十七回《老子一氣化三清》中曰：「一氣三清勢更奇，壺中妙法貫須弭。移來一本還生我，運去分身莫浪疑。」是講老子在陷仙門大戰，自己頂上現出玲瓏寶塔，頂上三道氣出，化為三清，老子復與通天教主來戰。
道教氣化三清的思想本於道氣論。作為道教整個神仙信仰系統的主體三清信仰，早在隋唐時期已經確立，其一氣化三清的神仙信仰之說，自有相當悠久的思想淵源。道教氣化三清的思想本於道氣論，它的源頭是《道德經》。老子說：「道生一，一生二，二生三，三生萬物。」道生一，一者混沌的元氣。一生二，二者分判之陰陽二氣。二生三，三者玄、元、始三氣。三生萬物，玄、元、始三氣，化生萬神萬物。
北宋張君房《雲笈七籤》卷三曰：「其三氣者，玄、元、始三氣也。始氣青在清微天，元氣黃在禹餘天，玄氣白在大赤天，故云玄、元、始三氣也。又從玄、元、始變生陰、陽、和，又從陰、陽、和變生天、地、人。故《道德經》云：道生一，一生二，二生三，三生萬物。」這裡所言的「變生陰、陽、和」，正是對老子「道生一」思想最好的闡釋。元始天尊，太上道君，太上老君，他們是由玄、元、始三氣化生而成的，是由道向氣化生的第一階段即元初之際的氣化。
（二）何謂三清之境
三清之稱，開始指「三清境」。北宋張君房《雲笈七籖》卷三《道教本始部》曰：「原夫道家由肇，起自無先。垂跡應感，生乎妙一。從乎妙一，分為三元。又從三元，變成三氣。又從三氣，變生三才。三才既茲，萬物斯備。其三元者，第一混洞太無元，第二赤混太無元，第三冥寂玄通元。從混洞太無元化生天寶君，從赤混太無元化生靈寶君，從冥寂玄通元化生神寶君。大洞之跡別出為化主，治在三清境。其三清境者，玉清、上清、太清是也，亦名三天。其三天者，清微天、禹餘天、大赤天是也。天寶君治在玉清境，即清微天也，其氣始青。靈寶君治在上清境，即禹餘天也，其氣元黃。神寶君治在太清境，即大赤天也，其氣玄白。」
到了後來，三清為道教至高無上之尊神。南宋金允中《上淸靈寶大法》在探討與總結以上三清、三寶、三洞之間的關係後，認為：「三尊之號，在經中只稱元始天尊、太上道君、太上老君；其別號則曰天寶君、靈寶君、神寶君；以三境之名而稱之則曰玉清、上清、太清；以三洞之書而名之則曰洞真、洞玄、洞神。」
可以說，漢代至唐代，經過南北朝道教各派相互融合的歷史過程，終於確定了道教最高尊神三清至聖的地位，即玉清境元始天尊、上清境靈寶天尊、太清境道德天尊，道教神系亦步入了新的格局。
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