我校免疫化學研究所在Nature Protocols發文報導基於核酸酶蛋白質的基因編輯新技術

2021-02-15 上海科技大學

10月22日,國際一流學術期刊Nature Protocols(2014年度影響因子:9.673)在線發表了我校免疫化學研究所(SIAIS)抗體化學實驗室的最新研究成果「Efficient delivery of nuclease proteins for genome editing in human stem cells and primary cells」。

在這篇論文中,副研究員劉佳及其同事報導了基於核酸酶蛋白質的基因編輯新技術。和傳統方法相比,新技術將蛋白質運輸進細胞直接進行基因編輯,能使核酸酶快速發揮活性,並減少基因組DNA暴露在核酸酶中的時間,從而在實現高效靶向基因編輯的同時,降低基因編輯的細胞毒性及「脫靶」效應。這項新技術將對基因編輯用於臨床治療起到顯著的推動作用。

位點特異性核酸酶是高效的基因編輯工具,三種核酸酶技術(ZFN、TALEN、CRISPR/Cas9)的出現和發展為生物科學研究帶來了重要變革,同時也為基因相關疾病的治療提供了新思路。但是,要使基因編輯技術得到更廣泛的應用,特別是用於臨床治療,則需要安全、高效的方法將核酸酶運輸進細胞內。傳統方法中,核酸酶是以DNA或mRNA形式被運輸到細胞中,然後依靠細胞自身的轉錄、翻譯機器產生有活性的核酸酶蛋白質。

基於核酸酶蛋白質的基因編輯技術由斯克利普斯研究所(The Scripps Research Institute)的Carlos F. Barbas III(已故)研究組率先報導。Barbas教授生前是我校免疫化學研究所的特聘教授。

文章通訊作者、並列第一作者(排在第一)劉佳副研究員在Barbas實驗室進行博士後研究期間對此技術進行了優化及拓展。「同很多重大的研究發現類似,這個技術是在一次組會集體討論過程中碰撞出的火花,」劉副研究員回憶到,「結果令人沒有想到的是,當用ZFN進行測試時發現,這個蛋白質自身就能高效穿過細胞膜並對基因組進行高效基因編輯」。

他在後續研究中對ZFN進行了蛋白質工程改造,使其在CD4+ T細胞中的基因編輯效率得到大幅提升,期望這項技術能用於愛滋病的基因治療。他還發明了一種新方法用於將TALEN蛋白質運送到細胞中,這種方法通過化學偶聯將細胞穿膜肽共價連接到TALEN蛋白質上,賦予其穿膜能力。他還將繼續研發此項技術,希望能實現對TALEN核酸酶的細胞特異性運輸。和前兩者不同,Cas9核酸酶及其單鏈RNA(sgRNA)的複合物則是通過核轉染方式運輸到細胞中。

在這篇最新報導中,劉副研究員及其同事用ZFN和Cas9核酸酶蛋白質在CD4+ T細胞和胚胎幹細胞中分別實現了25%及33%的基因編輯效率。「通過進一步優化,我們現在已能在CD4+ T細胞和胚胎幹細胞中分別實現39%及65%的基因編輯效率」,他補充道。高效的靶向基因編輯及顯著提高的安全性使得核酸酶蛋白質成為精準基因編輯的有效工具。

本研究的合作單位包括美國斯克利普斯研究所、韓國首爾基礎科學研究所、義大利Edmund Mach基金會、韓國首爾國立大學。

文章連結:Efficient delivery of nuclease proteins for genome editing in human stem cells and primary cells

(DOI:10.1038/nprot.2015.117)

三種核酸酶蛋白質運輸入細胞的模式

我校作者合影。左起:2013級研究生王楠(第四作者)、副研究員劉佳(通訊作者、並列第一作者)、

博士後楊異鳳(第三作者)、2014級研究生水賽蘭(第五作者)

相關焦點

  • Nature綜述:鹼基編輯的前世今生
    單核苷酸變體(SNV)約佔已知致病等位基因的一半,因此,開發出高效的SNV糾正方法和工具是遺傳疾病研究和治療的重要目標。 早期糾正SNV的工具有鋅指核酸酶(ZFN)和類轉錄激活樣效應因子核酸酶(TALEN),但這些方法由於需要為每個新的靶點編輯位點設計和驗證新的鋅指核酸酶或TALEN蛋白而受到阻礙。 規律成簇間隔短回文重複序列(CRISPR)平臺的開發和應用為廣泛的蛋白質工程需求帶來了有力的支持。
  • 北京大學魏文勝課題組報導新型基因編輯技術
    與傳統的核酸編輯技術需要向細胞同時遞送編輯酶(如Cas蛋白)及嚮導RNA不同,LEAPER系統僅需要在細胞中表達嚮導RNA即可招募細胞內源脫氨酶實現靶向目標RNA的編輯。利用該技術,研究人員在一系列疾病相關基因轉錄本中實現了高效、精準的編輯,並成功修復了來源於Hurler症候群病人的α-L-艾杜糖醛酸酶缺陷細胞。該技術的建立為生命科學基礎研究和疾病治療提供了一種全新的工具。
  • CRISPR/Cas基因編輯技術最新研究進展
    其中一部分基因編碼的蛋白為核酸酶和解旋酶,這些關聯蛋白(CAS, CRISPR-associated proteins)與CRISPR組成了CRISPR/CAS系統。由於CRISPR/Cas技術作為一種最新湧現的基因組編輯工具,能夠完成RNA導向的DNA識別及編輯,為構建更高效的基因定點修飾技術提供了全新的平臺,受到眾多科學家的追捧。
  • 我校校友在基因克隆技術上取得重大突破 相關研究成果在《自然...
    近日,我校校友符軍博士和卞小瑩在《自然-生物技術》發表的論文中介紹了基於RecET的直接克隆技術。這項基於RecET的直接克隆技術結合高通量DNA測序技術,為生命科學研究提供了有力的工具。
  • 基因編輯技術——以色列TargetGene公司能否成為王者?
    這一獨特的專利分子工具——TargetGene基因組編輯引擎(TGEE)具有其基因靶標前所未有的特異性。該系統的開發結合了對蛋白質工程,分子基因編輯機制和細胞生物學的深入了解。 TGEE系統已在人細胞系中成功實施,目前正應用於人類基因治療。TargetGene希望利用T∙GEE」平臺能夠用於人類基因治療,重點是遺傳性疾病和基於細胞的免疫治療。
  • 新研究揭示嗜熱鏈球菌Cas9核酸酶催化機制並進化拓展其可編輯位點
    CRISPR/Cas9基因組編輯技術由於簡便性和高效性,已經被廣泛應用於生物學、醫學、農學等領域的基礎與應用研究。發掘和改造來自不同物種中的Cas9核酸酶是解決目前CRISPR/Cas9技術問題的一種行之有效的方法。嗜熱鏈球菌St1Cas9是最早發現的Cas9核酸酶之一,具有尺寸小(1121個胺基酸,適用於單個AAV載體組裝)、脫靶率低、低細胞毒性等優點,並且近年來報導了其在哺乳動物細胞中具有較高的基因編輯活性,具有潛在的臨床應用價值,然而其嚴格的PAM識別特性限制了其可編輯的位點。
  • 基因編輯技術及其在中國的研究發展
    當然,ZFN和TALEN技術均依賴蛋白質對DNA序列的特異性識別,組裝的複雜性是限制它們在基因編輯中應用的主要障礙。中國科學院健康科學研究所常興研究組利用靶向性胞嘧啶脫氨酶在體內實現了高效、高通量DNA鹼基編輯新方法;上海科技大學陳佳研究組發展了一系列基於CRISPR/Cpf1的新型鹼基編輯器(Cpf1- BE)[66, 67]。北京大學魏文勝研究組建立了基於CRISPR系統的高通量篩選方法,並在全基因組範圍內實現了對編碼基因和非編碼基因的功能性篩選[44, 68]。
  • Nature子刊:第二代鋅指核酸酶技術
    據Sangamo介紹,這些改進使得ZFN的多樣性增加到64倍,從而有望對特定基因組位點進行高度精確的編輯。文章的通訊作者Edward J. Rebar博士是Sangamo的高級副總裁兼首席技術官,第一作者是David Paschon博士。Paschon博士及其同事通過一系列蛋白質改造工作,開發出新的ZFN結構。
  • 一文讀懂基因編輯技術的發展
    基因編輯技術是一種通過使用靶序列特異性工程核酸酶來操縱真核基因組的新興治療手段,包括模型細胞系的開發、疾病機理的發現、疾病靶標的確定、轉基因動植物的開發和轉錄調節。由於基因編輯技術在促進基因組中序列的正確校正方面所具有的特殊優勢,基於基因編輯的療法正被積極地開發為治療多種疾病的下一代治療方法。
  • Nature Communications||綜述:突破PAM限制CRISPR-Cas核酸酶庫
    CRISPR-Cas核酸酶需要通過與目標靶點互補的sgRNA以及靶點兩側的短序列(PAM)來識別靶標基因進而進行切割。
  • 三大基因編輯技術PK及市場分析
    醫療市場分析公司Kalorama對基因編輯技術和公司進行梳理,動脈網(微信:vcbeat)為你做了編譯和整理。基因編輯技術目前正在面臨索尼和JVC公司式的困境。在基因編輯領域,很多年前就已經出現了包括基於鋅指核酸內切酶和TAL效應因子在內的精準有效的基因編輯技術。
  • 清華謝震研究組在《自然·通訊》發文報導控制Cas9活性的新策略
    清華謝震研究組在《自然·通訊》發文報導控制Cas9活性的新策略清華新聞網10月8日電 10月3日,清華信息科學與技術國家實驗室(籌)謝震課題組在《自然·通訊》(Nature Communications)發表了題為「利用拆分dCas9結構域的整合與置換實現哺乳動物細胞的轉錄控制」(Integration and exchange of split
  • 李湛:基因編輯技術與其帶來的醫學突破
    兩位科學家發現了CRISPR/Cas9基因編輯技術,基於此技術,研究人員能夠以極高精度改變動物、植物和微生物的DNA,對於生命科學研究產生突破性影響,並有望帶來醫學領域的重要突破。那麼,基因編輯技術究竟是什麼,將給醫學領域帶來哪些突破,基因編輯行業的發展現狀和投資機會又如何呢?
  • 基因編輯迭代 | 從CRISPR-Cas9到鹼基編輯
    如今,蛋白質工程對基因工程的驅動作用愈加明顯。 第一代的CRISPR基因編輯系統使用的是核酸酶Cas9,這種酶能在特定位點切斷DNA。
  • 科普:基因編輯技術和CRISPR
    你知道基因編輯技術嗎?你知道CRISPR技術嗎?你知道20年前的基因編輯核心技術都被掌握在同一家公司手裡嗎?通過生產和分離帶有與待編輯基因組部分相似的基因組序列的DNA片段,將這些片段注射到單核細胞中,或者用特殊化學物質使細胞吸收,這些片段一旦進入細胞,便可與細胞的DNA重組,以取代基因組的目標部分。這種方法的缺點是效率極低,且出錯率高。後來,我們發現了核酸酶。核心技術是:鋅指蛋白和限制性核酸內切酶。
  • 基因編輯簡史
    本文首發於美柏醫健,作者Fernweh;經億歐大健康編輯,供行業人士參考。基因編輯(Gene editing)是指特異性改變基因序列,利用酶,特別是核酸酶來對DNA鏈(DNA strand)進行剪切,移除已有的DNA,或者插入代替的DNA。
  • Nature綜述:基因編輯 「童話」 暗面猶存,效率低下成致命缺陷
    作為一種新興治療技術,基因組編輯技術可以治療多種單基因疾病或複雜性疾病,科學工作者們也對它寄予了厚望。尤其是近來序列特異性核酸酶技術的發展,將極大助力於致病基因的清除和內源性突變基因的修復。值得一提的是,超過 7000 種孟德爾遺傳病,比如鐮狀細胞貧血症和亨丁頓舞蹈症,原則上可以通過修復突變基因來治療。
  • CRISPR基因編輯利器之化學合成sgRNA
    化膿性鏈球菌(SpCas9)是第一個為哺乳動物基因組編輯Cas9酶。當與gRNA 序列結合後,這些酶可以在特定位點上進行基因組雙鏈斷裂。因其簡捷性,特異性以及高效性,CRISPR / Cas9系統在基因組編輯中廣泛使用。
  • 基因編輯技術獲諾貝爾化學獎,華人科學家張峰無緣獲獎
    另外,基因編輯技術已成為植物育種的標準工具,比如通過CRISPR 技術改造水稻從土壤吸收重金屬的基因,降低鎘和砷的含量。還有公司已經開發出能在溫暖的氣候下更好地抵抗乾旱、昆蟲和害蟲的作物,比如陶氏化學公司利用 CRISPR 技術種植玉米和大豆,使得它們不必使用化學殺蟲劑就能驅蟲,並提高了作物對除草劑的耐受力。
  • 基因組編輯工具鋅指核酸酶(ZFN)研究進展——2011生物谷研究盤點
    但是在NHEJ存在缺陷的遺傳背景,如即缺乏NHEJ必需的基因DNA連接酶IV (lig4)的胚胎,完整的同源重組修復途徑也介導靶基因替換的效率。但在哺乳動物模式系統中,這種技術的一個主要不足在於純合子小鼠中lig4基因敲除在胚胎階段是致命性的。小鼠中NHEJ途徑的其他組分敲除也是類似胚胎致命性的,或者導致嚴重聯合免疫缺陷相關綜合症。