Nature子刊:北京大學解析人基因組中脫氧尿嘧啶修飾圖譜

2021-02-20 測序中國


5月 21 日,北京大學生命科學學院伊成器課題組在《Nature Chemical Biology》雜誌上在線發表了題為「Genome-wide mapping reveals that deoxyuridine is enriched in the human centromeric DNA」的研究論文,解析了 人類基因組上脫氧尿嘧啶的圖譜,發現該修飾在染色體的著絲粒區域高度富集。

dU-seq 揭示了尿嘧啶脫氧核苷在人類基因組的著絲粒區域高度富集

基因組 DNA 中的脫氧尿嘧啶來自於胞嘧啶脫氨或者複製時 dUTP 的錯誤摻入。除了被認為是一種 DNA 損傷外,越來越多的研究表明脫氧尿嘧啶也很可能具有調控作用。然而,由於缺少高靈敏度的全基因組檢測技術,至今為止人們對脫氧尿嘧啶在哺乳動物基因組上的分布情況還知之甚少。

該研究中,研究人員首先開發了一種特異性標記並且脫氧富集尿嘧啶的測序方法(dU-seq),並發現在多種人類細胞系的基因組中,脫氧尿嘧啶均集中分布在染色體的著絲粒區域。還發現著絲粒區域的脫氧尿嘧啶與組蛋白 H3 變體 CENP- A 共定位,並且能夠被 DNA 糖基化酶 UNG2 切除。該研究報導了人類基因組上脫氧尿嘧啶的分布規律,提示脫氧尿嘧啶有可能作為一個「化學標籤」參與了著絲粒的維持。

伊成器

北大清華生命科學聯合中心博士研究生舒小婷、劉夢豪以及魯志科博士為該論文的並列第一作者,北京大學生命科學學院伊成器研究員是該論文的通訊作者。該研究得到了國家自然科學基金、國家基礎科研基金、霍英東教育基金和北大清華生命科學聯合中心的資助。

來源:北大生科

· END ·

相關焦點

  • 生命科學學院伊成器課題組揭示人基因組上脫氧尿嘧啶修飾的圖譜
    2018年5月21日,北京大學生命科學學院伊成器課題組在Nature Chemical Biology雜誌上在線發表了題為「Genome-wide mapping reveals that deoxyuridine is enriched in the human centromeric DNA」的研究論文,解析了人類基因組上脫氧尿嘧啶的圖譜,發現該修飾在染色體的著絲粒區域高度富集
  • Nature:發表野生擬南芥表觀基因組圖譜
    基因組中表觀遺傳變化是能遺傳的,近期來自Salk生物學研究所等處的一組研究人員完成了一項野生植物表觀基因組學全範圍內的研究分析,從中發現了這種修飾與遺傳信息相互作用的共同模式。這一成果公布在3月7日Nature雜誌在線版上。
  • Nat Comm|何川組構建基因組5hmC修飾的人體組織圖譜
    責編 | 酶美基因組DNA上的Cytosine甲基化(5mC)在抑制基因表達、抑制沉默基因組的重複序列元件以及基因組印記等生物學過程中發揮著重要作用。作者發現,儘管組織類型不同,5hmC在基因組上的分布特徵呈現出一致性,比如在外顯子、啟動子和增強子上的富集,以及在基因組沉默區域的相對缺失,提示5hmC分布在基因組的功能活化區域。確實,5hmC修飾區域也富集了大量轉錄調控因子的結合位點,例如BRD4、EP300等,提示從去甲基化到最終轉錄激活的調控次序(圖1)。
  • Nature子刊:非編碼RNA癌症藥物基因組圖譜新突破
    predictive pairs)並繪製出了lncRNA癌症藥物基因組圖譜。在本研究中,研究人員對5,605個TCGA病人樣本與505個腫瘤細胞系進行相關性分析,發現lncRNA在兩者中的表達譜十分相似。因此,他們利用先前篩選出的lncRNA-藥物可預關聯,為每一個藥物建立了一個藥敏預測模型。這些基於lncRNA的模型不僅可以很好地預測細胞系中的藥敏數據,在這些病人樣本中亦具有很好的預測表現。
  • 麵包小麥精細表觀組圖譜繪製及全基因組順式作用元件鑑定
    近日,中國科學院植物生理生態研究所和南京農業大學團隊合作生成並繪製麵包小麥精細的表觀組圖譜,以此為基礎針對性開發整合計算流程對全基因組順式調控元件進行了系統的挖掘與鑑定,並初步探索了其作用機制,為小麥基因調控機制解析研究提供了重要的資源。
  • Nature子刊報導中國乳腺癌基因組圖譜
    圖片來源:Nature Communications 該研究通過綜合分析1134 例乳腺腫瘤的基因測序及突變數據,揭示了中西方患者最顯著的差異發生在激素受體陽性 / 人表皮生長因子受體
  • 「Nature子刊」裡程碑!人類蛋白質組高嚴格性藍圖公布
    這項工作涵蓋了人體中90.4%的蛋白質圖譜,使人們對單個蛋白質間如何相互作用以影響人類健康有了更深入的了解,為疾病預防和個性化醫學提供了啟示。這項工作於10月16日發表在《自然通訊》雜誌,題為「A high-stringency blueprint of the human proteome」。
  • Nature子刊報導中國乳腺癌基因組圖譜
    圖片來源:Nature Communications 該研究通過綜合分析1134 例乳腺腫瘤的基因測序及突變數據,揭示了中西方患者最顯著的差異發生在激素受體陽性 / 人表皮生長因子受體
  • Nature | 人基因組複製過程中姐妹染色單體的構象
    染色體構象捕獲技術(Hi-C)可以用以分析細胞中染色體中複雜的基因組景觀,但是目前姐妹染色單體由於其序列相同還很難確定它們如何在複製的染色體中相互作用。近日,奧地利科學院分子生物技術研究所Daniel W.
  • 4篇Nature齊發!揭開人類基因組變異研究新時代
    gnomAD目前已經收集了15,708個全基因組和125,748個外顯子組的數據。目前,gnomAD資料庫中的大規模數據已對公眾開放。BioArt編輯部將對gnomAD資料庫文章集合進行解析,讓該資料庫為更多的科學研究服務,為更好的從群體以及個體角度解析基因組變異發掘新的工具。
  • Nature|人基因組複製過程中姐妹染色單體的構象
    染色體構象捕獲技術(Hi-C)可以用以分析細胞中染色體中複雜的基因組景觀,但是目前姐妹染色單體由於其序列相同還很難確定它們如何在複製的染色體中相互作用。近日,奧地利科學院分子生物技術研究所Daniel W.
  • Nature|嶽峰組揭示斑馬魚表觀圖譜和基因組三維結構
    對斑馬魚基因組的功能元件以及基因組三維結構的注釋,也將為研究從低等脊椎動物到高等脊椎動物基因組功能性序列進化進化提供寶貴的數據。斑馬魚的基因組功能元件與人的功能元件在進化中產生了什麼差異?斑馬魚的基因組三維結構與人的基因組結構相比有哪些相似的地方?什麼因素可能影響基因組的進化?
  • 由德林等破譯DNA磷硫醯化修飾基因組分布圖譜—資訊—科學網
    上海交大
  • 我國科學家解析蠟梅染色體水平的基因組圖譜
    我國科學家解析蠟梅染色體水平的基因組圖譜中國花木園林快訊 記者柏斌報導 近日,華中農業大學劉秀群(副教授)、趙凱歌(副教授)研究組和金雙俠(教授)研究組,聯合西南林業大學陳龍清(教授)研究組在開放獲取期刊Genome Biology 上,以「The chromosome-level wintersweet (Chimonanthus
  • Cell子刊新成果:建立人類精子發生過程高精度轉錄組圖譜
    人類精子是人類自身繁育和物種延續的重要保障,承載著將父源基因組遺傳信息延續下去的重任。近日,北京大學BIOPIC中心、北京未來基因診斷高精尖創新中心湯富酬課題組,北京大學第三醫院喬傑課題組和南方醫科大學趙小陽課題組在國際知名學術期刊《Cell Stem Cell》發表了最新研究成果,在國際上首次完成了人類精子發生過程中的細胞命運轉變和基因表達圖譜的繪製。
  • Nature子刊:「跳躍基因」或助長癌症
    跳躍基因」(jumping genes)又被稱為轉座因子,它是一種可以改變其在基因組中位置的DNA序列。跳躍基因可能會產生突變,亦或是逆轉突變,細胞的遺傳特性和基因組大小會因此而改變。而DNA如果發生變異則可能會促進癌症的發展。
  • B肝病毒DNA與人基因組互作景觀圖
    因此,研究B肝病毒與宿主基因組相互作用特徵具有重要意義。近期,中國科學院生物物理研究所研究員楊鵬遠課題組與北京大學生命科學學院研究員季雄課題組合作,在Cell Discovery上,發表了題為3D landscape of Hepatitis B virus interactions with human chromatins的研究論文。
  • 今日關注:我國科學家解析蠟梅染色體水平的基因組圖譜
    今日關注:我國科學家解析蠟梅染色體水平的基因組圖譜 中國花木園林快訊 記者柏斌報導 近日,華中農業大學劉秀群(副教授)、趙凱歌(副教授)研究組和金雙俠(教授)研究組,聯合西南林業大學陳龍清(教授)研究組在開放獲取期刊Genome Biology 上,以「The chromosome-level wintersweet (Chimonanthus praecox) genome provides
  • 我國科學家解析蠟梅染色體水平的基因組圖譜
    聯合西南林業大學陳龍清(教授)研究組在開放獲取期刊Genome Biology 上,以「The chromosome-level wintersweet (Chimonanthus praecox) genome provides insights into floral scent biosynthesis and flowering in winter」為題,發表了我國傳統名花蠟梅的染色體水平精細基因組圖譜
  • 何愛彬研究組開發新一代單細胞itChIP技術解析早期胚胎細胞命運...
    9月3日,北京大學分子醫學研究所、北大-清華生命科學聯合中心何愛彬組在Nature Cell Biology在線發表了題為「Profiling chromatin state by single-cell itChIP-seq」的文章,報導了利用一種全新的普適性,易操作的單細胞ChIP-seq技術解析早期胚層和器官發育中細胞命運的選擇決定機制,並將這一方法命名為