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清華大學在世界上首次解析NAT家族蛋白結構
Transporter,核苷鹼基-維生素C轉運蛋白)家族蛋白UraA的晶體結構,由此解決了困擾廣大生物學家的一大難題。UraA三維晶體結構各種核苷鹼基(nucleobases)以及維生素C的吸收由一類跨膜轉運蛋白家族NAT蛋白介導。而他們通過怎樣的機制完成跨膜轉運,一直是個謎。
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Science:鑑定出一類保守的基因家族編碼質子選擇性離子通道
毫不奇怪的是,質子不會穿過細胞膜;它們必須通過離子通道等特定蛋白跨膜轉運。儘管編碼讓質子離開細胞的離子通道的基因已被鑑定出,但是人們並不清楚是否需要一個或幾個基因來形成讓質子進入細胞的離子通道。如今,這項針對酸味的研究鑑定出編碼質子傳導離子通道的otopetrin基因家族。
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Genes:北京林業大學丨鹽脅迫下鉀轉運體LrKUP8抑制K+外排
NMT是基因功能的活體檢測技術,已被103位諾貝爾獎得主所在單位,及北大、清華、中科院使用。期刊:Genes主題:鹽脅迫下鉀轉運體LrKUP8抑制K+外排標題:Potassium Transporter LrKUP8 Is Essential for K+Preservation in Lycium ruthenicum, A Salt-Resistant Desert Shrub影響因子:3.331檢測指標:K+流速
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Nature:MLL家族蛋白甲基轉移酶活性調節機制
賴氨酸甲基化修飾通常發生在組蛋白H3賴氨酸4位、9位、27位、36位、79位殘基(H3K4、H3K9、H3K27、H3K36、H3K79)以及組蛋白H420位賴氨酸殘基(H4K20)上。H3K4甲基化通常被認為是基因的活化信號,主要分布在常染色質區轉錄活化基因的啟動子區,在轉錄起始和延伸過程中都發揮了重要的作用。
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科學家破解MLL家族蛋白結構 有助於攻克癌症
)的研究論文,中國科學家率先報導MLL家族蛋白的複合物晶體結構,並提出其活性調控模型。 MLL 家族蛋白是表觀遺傳學的「明星」分子,其功能異常與白血病和多種癌症有關。這是自1991年MLL家族蛋白被發現以來,人類首次報告其蛋白複合物的原子解析度的結構。
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樹鼩KLF基因家族特點及進化分析
導讀:昆明動物所腫瘤生物學學科組陳策實研究員團隊將全部17種樹鼩KLF家族因子鑑定出來,然後對基因家族全長以及鋅指結構域進行系統分析
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研究解析硝酸鹽轉運蛋白晶體結構
,指出這種轉運蛋白具有一種與經典搖杆開關模型不同的轉運新機制。 磷脂雙層膜為細胞或細胞器提供了一道疏水屏障,其中的膜轉運蛋白承擔著營養物質吸收、代謝產物分泌、細胞與外界的物質信息交換以及產能耗能等一系列重要的生理活動。根據轉運能量的來源可以將轉運蛋白分為初級主動轉運蛋白(primary active transporters)和次級轉運蛋白(secondary transporters)。
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MLL家族蛋白甲基轉移酶活性調節的分子機制被揭開
以基因組DNA和組蛋白的共價修飾為主要標誌的表觀遺傳調控研究已成為生命科學前沿快速發展的熱點領域,其中組蛋白甲基化對於基因的轉錄表達起著至關重要的調控作用,相關甲基化修飾酶基因的突變會導致多種遺傳疾病和癌症
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基因家族擴增與收縮分析
基因家族擴增與收縮分析基因家族的擴張和收縮分析一般會使用orthoMCL進行同源基因識別,然後選擇直系同源基因進行物種樹構建
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基因家族專題(3):基因家族成員的鑑定
hmmer一般尋找基因家族,都可以通過保守結構域來預測,從而找到物種的某一基因家族,從而進行之後的分析。這裡就需要用到HMMER,來鑑定物種某一基因家族。,首先在全基因組的範圍內使用hmmersearch和NBS-ARC基因家族的隱馬可夫模型進行基因家族的進行初步搜索,接著把質量比較高的基因家族候選基因篩選出來E-value < 1 × 10−20, 然後使用clustalw2對高質量的序列進行多序列比對,多序列比對後,對這些置信的序列進行隱馬可夫模型的構建(使用hmmbuild),最後使用該新建的隱馬可夫模型,進一步篩選完整的NSB基因家族序列
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基於基因家族的生信發文思路
本次分享一下基因家族的生信發文思路,文章發表在Cancer Medicine上,影響因子:3.491,中科院分區:三區。作者分析了exostosin蛋白家族的兩個基因:EXT1和EXT2 ,主要進行表達水平的差異分析、功能分析、預後分析,最後發現只有EXT1可以成為具有預後價值的biomaker。
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基因家族聚類之OrthoFinder
做進化、基因家族分析、比較基因組使用OrthoFinder is simple to use and all you need to run it is a set of protein sequence files (one per species) in FASTA format.
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研究發現與精神分裂症有關的大型轉運蛋白
長期以來,科學家們一直懷疑細胞膽固醇轉運蛋白的突變與精神疾病有關,但很難證實這一點,也很難確定其背後的機制。 近日,發表在《生物化學雜誌》上的一項研究中,來自日本京都大學綜合細胞材料科學研究所Kazumitsu Ueda領導的研究團隊提供了證據,證明ABCA13蛋白被破壞的小鼠表現出精神分裂症的標誌性行為。
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茶樹是如何進化的?我國科學家揭示茶樹基因秘密
那麼,在過去數千年中,茶樹是如何進化的呢?近日,科學家茶樹全基因組組裝和茶樹起源演化研究上取得重要突破,組裝了「龍井43」染色體級別的基因組,並揭示了栽培茶樹的進化歷史。研究結果發現,「龍井43」的基因,與抗病、風味代謝等相關的基因家族發生了擴張現象,和抗逆相關的基因也發生了正向變化,這也是它品質好、抗性強的原因。
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科學家揭示MLL家族蛋白甲基轉移酶活性調節的分子機制
MLL家族蛋白活性調控的結構基礎。 以基因組DNA和組蛋白的共價修飾為主要標誌的表觀遺傳調控研究已成為生命科學前沿快速發展的熱點領域,其中組蛋白甲基化對基因的轉錄表達、細胞增殖分化等起著至關重要的調控作用,相關甲基化酶基因的突變會導致多種遺傳疾病和癌症。組蛋白H3第4位賴氨酸的甲基轉移酶MLL1就因為其基因易位重排所引起的混合系白血病(Mixed Lineage Leukemia)而得名,與造血功能密切相關。
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Nature:顏寧等揭示人源葡萄糖轉運蛋白GLUT1的結構及工作機理
葡萄糖代謝的第一步就是進入細胞:親水的葡萄糖不能自由穿透疏水的細胞膜,其進出細胞需要通過鑲嵌於細胞膜上的葡萄糖轉運蛋白完成。其中一類屬於主要協同轉運蛋白超家族(Major Facilitator Superfamily,簡稱MFS)的轉運蛋白是大腦、神經系統、肌肉、紅細胞等組織器官中最重要的葡萄糖轉運蛋白(glucose transporters,簡稱GLUTs)。
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鉀離子進入細胞方式被破解
由於細菌暴露在更劇烈的環境變化中,鉀攝入量的控制往往會帶來特別的挑戰。來自德國法蘭克福大學和荷蘭格羅寧根大學的研究人員通過低溫電子顯微鏡,詳細地觀察了細菌膜蛋白KdpFABC,發現了鉀離子通過複合體進入細胞的途徑,揭示了細胞跨膜運輸方式的多樣化,其論文近日發表在《自然·通訊》雜誌。
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如何寫一篇家族分析文章(一)—家族分析文章的研讀
今天我們先解讀一篇發表在gene上的家族分析文章 Genome-wide identification and characterization of the Dof gene family in cassava (Manihot esculenta)—木薯中Dof基因家族的分析1.Dof家族簡介首先,讓我們先認識一下Dof轉錄因子家族。
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小G蛋白家族新成員的分子機制研究取得進展
RJL家族通常每個基因組僅呈現一個代表性的同源物。在人類中,目前共發現超過150個家族成員。在果蠅、秀麗隱杆線蟲、釀酒酵母、粟酒裂殖酵母和植物中也都發現了家族中保守的同源物。Ras癌基因蛋白是該家族的創始成員,基於序列和功能相似性的分析,主要分為六個分支:Ras,Rho,Rab,Ran,Arf和RJL。小G蛋白具有共同的生化機制,主要是作為分子二元分子開關發揮生物學功能。